More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2546 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  100 
 
 		 496 aa  977    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  59.79 
 
 		 500 aa  487  1e-136  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  57.11 
 
 		 475 aa  482  1e-135  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  53.39 
 
 		 452 aa  397  1e-109  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  53.33 
 
 		 495 aa  370  1e-101  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  48.32 
 
 		 495 aa  352  1e-95  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  47.68 
 
 		 495 aa  340  2e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  40.82 
 
 		 502 aa  298  2e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  42.74 
 
 		 471 aa  290  4e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  40.53 
 
 		 491 aa  286  4e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  39.02 
 
 		 495 aa  278  2e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  38 
 
 		 495 aa  246  8e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  34.46 
 
 		 509 aa  240  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  32.94 
 
 		 512 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  32.94 
 
 		 512 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  29.11 
 
 		 502 aa  232  1e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  29.11 
 
 		 502 aa  232  1e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  32.94 
 
 		 512 aa  232  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  32.85 
 
 		 518 aa  230  5e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  33.61 
 
 		 509 aa  230  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  30.6 
 
 		 492 aa  227  3e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  34.46 
 
 		 524 aa  227  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  30.97 
 
 		 511 aa  225  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  33.67 
 
 		 505 aa  224  2e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  34.01 
 
 		 516 aa  223  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  33.13 
 
 		 516 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  30.97 
 
 		 511 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  35.68 
 
 		 509 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  34.07 
 
 		 519 aa  213  7e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  30.77 
 
 		 511 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  33.13 
 
 		 512 aa  210  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  30.36 
 
 		 511 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  29.39 
 
 		 497 aa  207  3e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  29.39 
 
 		 497 aa  207  3e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  32.86 
 
 		 508 aa  207  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  31.2 
 
 		 531 aa  206  7e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  34.56 
 
 		 520 aa  204  2e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  31.72 
 
 		 508 aa  203  5e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  30.57 
 
 		 475 aa  202  9.999999999999999e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  31.37 
 
 		 552 aa  200  5e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  30.94 
 
 		 553 aa  199  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  32.53 
 
 		 504 aa  197  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  26.96 
 
 		 537 aa  196  6e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  28.81 
 
 		 546 aa  196  6e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  30.77 
 
 		 508 aa  194  4e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  32.09 
 
 		 503 aa  193  6e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  34.4 
 
 		 499 aa  192  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  29.07 
 
 		 549 aa  192  1e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  31.05 
 
 		 507 aa  192  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  30.65 
 
 		 518 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  34.4 
 
 		 499 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  31.29 
 
 		 490 aa  189  7e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  31.31 
 
 		 492 aa  189  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  30.96 
 
 		 515 aa  189  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  25.39 
 
 		 494 aa  189  1e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  30.63 
 
 		 508 aa  187  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  30.63 
 
 		 508 aa  187  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  29.03 
 
 		 553 aa  187  4e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  30.28 
 
 		 497 aa  186  1.0000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  29.79 
 
 		 492 aa  184  3e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  28.46 
 
 		 493 aa  184  3e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  29.31 
 
 		 519 aa  184  4.0000000000000006e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  31.08 
 
 		 498 aa  182  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  29.79 
 
 		 492 aa  181  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  28.89 
 
 		 504 aa  182  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  29.32 
 
 		 507 aa  180  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  33.83 
 
 		 512 aa  179  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  30.66 
 
 		 498 aa  179  1e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  34.51 
 
 		 499 aa  177  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  32.01 
 
 		 492 aa  176  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  27.95 
 
 		 519 aa  176  9.999999999999999e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  32.19 
 
 		 492 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  32.4 
 
 		 523 aa  174  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  30.49 
 
 		 556 aa  174  3.9999999999999995e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  28.77 
 
 		 492 aa  173  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  31.38 
 
 		 509 aa  173  5e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  30.51 
 
 		 506 aa  172  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  28.66 
 
 		 524 aa  170  7e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  30.58 
 
 		 506 aa  169  8e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  28.6 
 
 		 519 aa  169  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  30.62 
 
 		 518 aa  168  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  32.37 
 
 		 494 aa  168  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  30.62 
 
 		 518 aa  168  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  31.22 
 
 		 511 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  28.69 
 
 		 490 aa  164  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3513  methoxyneurosporene dehydrogenase  32.59 
 
 		 532 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.705776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  30.33 
 
 		 536 aa  163  7e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  30.36 
 
 		 530 aa  162  9e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  30.37 
 
 		 530 aa  162  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  28.69 
 
 		 499 aa  162  2e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  29.07 
 
 		 496 aa  162  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  25.9 
 
 		 497 aa  161  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  30.66 
 
 		 503 aa  161  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  29.64 
 
 		 506 aa  160  6e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  30.78 
 
 		 489 aa  160  7e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  31.47 
 
 		 495 aa  159  8e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  28.71 
 
 		 504 aa  158  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  30.1 
 
 		 525 aa  158  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  27.1 
 
 		 529 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  29.44 
 
 		 500 aa  157  6e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>