More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2155 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  93.3 
 
 
552 aa  1055    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  73.37 
 
 
546 aa  812    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  71.65 
 
 
556 aa  749    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  73.62 
 
 
549 aa  818    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  100 
 
 
553 aa  1117    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  47.83 
 
 
492 aa  481  1e-134  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  48.38 
 
 
512 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  46.02 
 
 
511 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  45.61 
 
 
511 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  47.45 
 
 
508 aa  457  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  45.27 
 
 
511 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  43.47 
 
 
493 aa  443  1e-123  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  47.17 
 
 
508 aa  444  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  47.17 
 
 
508 aa  439  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  44.13 
 
 
511 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  47.64 
 
 
508 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  45.85 
 
 
507 aa  438  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  46.88 
 
 
508 aa  429  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  44.72 
 
 
507 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  44.61 
 
 
505 aa  425  1e-117  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  43.18 
 
 
504 aa  412  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  44.91 
 
 
492 aa  410  1e-113  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  43.66 
 
 
498 aa  409  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  41.17 
 
 
537 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  43.45 
 
 
531 aa  408  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  44.32 
 
 
495 aa  396  1e-109  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  41.08 
 
 
504 aa  393  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  41.01 
 
 
492 aa  382  1e-105  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  41.01 
 
 
492 aa  377  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  36.48 
 
 
518 aa  335  9e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  35.03 
 
 
519 aa  325  1e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  36.79 
 
 
518 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  36.79 
 
 
518 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  36.65 
 
 
524 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  37.89 
 
 
496 aa  313  6.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  28.81 
 
 
502 aa  227  3e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  28.81 
 
 
502 aa  227  3e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  28.62 
 
 
494 aa  221  3.9999999999999997e-56  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  30.24 
 
 
497 aa  212  2e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  31.25 
 
 
492 aa  206  9e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  29.7 
 
 
498 aa  204  4e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  29.47 
 
 
509 aa  202  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  30.22 
 
 
525 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  28.78 
 
 
506 aa  195  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  29.34 
 
 
492 aa  192  1e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  30 
 
 
503 aa  192  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  27.8 
 
 
553 aa  191  2e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  28.31 
 
 
512 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  29.1 
 
 
495 aa  189  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  27.81 
 
 
512 aa  189  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  27.62 
 
 
512 aa  188  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  27.92 
 
 
499 aa  188  2e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  29.18 
 
 
529 aa  188  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  28.6 
 
 
503 aa  187  5e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  29.01 
 
 
492 aa  186  7e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  27.69 
 
 
504 aa  184  5.0000000000000004e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  28.85 
 
 
530 aa  183  7e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  29.45 
 
 
494 aa  182  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  28.25 
 
 
491 aa  182  2e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  27.61 
 
 
509 aa  181  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  28.7 
 
 
530 aa  180  8e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  28.89 
 
 
530 aa  179  8e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  29.3 
 
 
490 aa  178  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  27.92 
 
 
512 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  27.92 
 
 
512 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  27.92 
 
 
512 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  27.89 
 
 
506 aa  173  9e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  23.23 
 
 
499 aa  173  9e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  28.6 
 
 
519 aa  173  9e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  28.31 
 
 
504 aa  172  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  27.49 
 
 
536 aa  170  8e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  28.62 
 
 
527 aa  169  1e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  27.34 
 
 
509 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  27.58 
 
 
502 aa  164  4.0000000000000004e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  24.78 
 
 
519 aa  163  7e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  28.05 
 
 
495 aa  163  9e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  26.08 
 
 
500 aa  162  1e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  28.33 
 
 
491 aa  161  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  24.86 
 
 
518 aa  161  3e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  26.26 
 
 
521 aa  160  7e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  26.72 
 
 
502 aa  156  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  23.75 
 
 
511 aa  156  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  25.19 
 
 
490 aa  156  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  25.42 
 
 
488 aa  155  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  28.08 
 
 
507 aa  155  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  28.34 
 
 
506 aa  153  5.9999999999999996e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0318  phytoene desaturase  27.44 
 
 
526 aa  153  8e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.158779  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  25.79 
 
 
497 aa  153  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  29.5 
 
 
496 aa  151  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  27.19 
 
 
552 aa  150  7e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  27.07 
 
 
492 aa  150  8e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  24.77 
 
 
493 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  27.17 
 
 
489 aa  148  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  24.76 
 
 
497 aa  145  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  24.46 
 
 
488 aa  145  1e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  28.28 
 
 
548 aa  146  1e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  24.76 
 
 
497 aa  145  1e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  27.45 
 
 
496 aa  144  6e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  24.49 
 
 
501 aa  144  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3491  phytoene desaturase  26.53 
 
 
551 aa  142  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>