More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3488 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  75.32 
 
 		 546 aa  824    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  75.61 
 
 		 549 aa  831    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  93.3 
 
 		 553 aa  1055    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  71.65 
 
 		 556 aa  757    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  100 
 
 		 552 aa  1115    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  47.65 
 
 		 492 aa  481  1e-134  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  46.58 
 
 		 511 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  46.96 
 
 		 511 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  47.62 
 
 		 512 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  46.58 
 
 		 508 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  45.82 
 
 		 511 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  45.11 
 
 		 511 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  43.1 
 
 		 493 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  47.53 
 
 		 508 aa  447  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  47.07 
 
 		 508 aa  442  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  47.26 
 
 		 508 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  45.75 
 
 		 507 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  46.5 
 
 		 508 aa  431  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  44.49 
 
 		 504 aa  426  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  44.99 
 
 		 507 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  43.87 
 
 		 505 aa  421  1e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  44.01 
 
 		 531 aa  417  9.999999999999999e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  43.66 
 
 		 498 aa  416  9.999999999999999e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  44.16 
 
 		 492 aa  413  1e-114  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  41.56 
 
 		 537 aa  412  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  41.82 
 
 		 504 aa  400  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  43.39 
 
 		 495 aa  397  1e-109  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  41.57 
 
 		 492 aa  380  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  41.2 
 
 		 492 aa  380  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  36.74 
 
 		 518 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  36.16 
 
 		 519 aa  336  7.999999999999999e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  36.29 
 
 		 518 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  36.29 
 
 		 518 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  36.84 
 
 		 524 aa  315  9.999999999999999e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  37.3 
 
 		 496 aa  310  4e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  30.11 
 
 		 502 aa  237  3e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  30.11 
 
 		 502 aa  237  3e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  29.37 
 
 		 494 aa  228  3e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  30.8 
 
 		 497 aa  215  1.9999999999999998e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  29.7 
 
 		 498 aa  209  8e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  30.75 
 
 		 492 aa  202  9.999999999999999e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  29.33 
 
 		 499 aa  202  1.9999999999999998e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  28.41 
 
 		 553 aa  201  1.9999999999999998e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  29.73 
 
 		 492 aa  200  3.9999999999999996e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  29.65 
 
 		 509 aa  199  7e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  30.24 
 
 		 525 aa  200  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  30.75 
 
 		 503 aa  199  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  28.62 
 
 		 506 aa  197  5.000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  28.97 
 
 		 503 aa  196  6e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  29.73 
 
 		 492 aa  193  7e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  27.75 
 
 		 512 aa  189  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  27.56 
 
 		 512 aa  188  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  28.23 
 
 		 504 aa  187  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  27.56 
 
 		 512 aa  186  6e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  28.88 
 
 		 529 aa  186  8e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  27.93 
 
 		 495 aa  184  3e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  27.8 
 
 		 491 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  28.85 
 
 		 530 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  27.73 
 
 		 509 aa  182  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  28.84 
 
 		 506 aa  180  5.999999999999999e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  29.23 
 
 		 530 aa  179  9e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  29.04 
 
 		 530 aa  179  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  28.11 
 
 		 512 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  28.11 
 
 		 512 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  28.11 
 
 		 512 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  29.11 
 
 		 519 aa  177  6e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  28.65 
 
 		 504 aa  176  9e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  28.16 
 
 		 494 aa  176  9.999999999999999e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  28.65 
 
 		 527 aa  176  9.999999999999999e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  28.18 
 
 		 490 aa  176  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  23.23 
 
 		 499 aa  175  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  27.53 
 
 		 509 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  26.76 
 
 		 536 aa  171  4e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  25.13 
 
 		 519 aa  169  1e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  29.46 
 
 		 491 aa  167  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  25.52 
 
 		 500 aa  167  4e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  28.84 
 
 		 507 aa  166  9e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  27.77 
 
 		 502 aa  166  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  25.05 
 
 		 518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  24.12 
 
 		 511 aa  163  9e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  26.22 
 
 		 521 aa  162  2e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  27.1 
 
 		 502 aa  159  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  28.23 
 
 		 506 aa  157  4e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  27.36 
 
 		 495 aa  156  8e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  25.09 
 
 		 488 aa  155  2e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  24.63 
 
 		 490 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0318  phytoene desaturase  28.01 
 
 		 526 aa  155  2e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.158779  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  25.18 
 
 		 497 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  25.18 
 
 		 488 aa  154  5e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  29.89 
 
 		 496 aa  153  5.9999999999999996e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  28.19 
 
 		 496 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  27.17 
 
 		 492 aa  152  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  26.88 
 
 		 552 aa  151  4e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  28.14 
 
 		 489 aa  150  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  24.17 
 
 		 493 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  25.29 
 
 		 497 aa  148  3e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  25.29 
 
 		 497 aa  148  3e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  27.92 
 
 		 548 aa  145  2e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  24.35 
 
 		 501 aa  145  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0340  phytoene desaturase  24.04 
 
 		 542 aa  144  5e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0903063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>