More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3577 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  62.1 
 
 
504 aa  639    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  100 
 
 
504 aa  1023    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  64.1 
 
 
531 aa  627  1e-178  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  59.47 
 
 
492 aa  603  1.0000000000000001e-171  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  56.97 
 
 
492 aa  565  1e-160  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  54.9 
 
 
492 aa  555  1e-157  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  55.56 
 
 
512 aa  546  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  53.31 
 
 
511 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  53.31 
 
 
511 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  52.69 
 
 
511 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  51.43 
 
 
493 aa  512  1e-144  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  51.45 
 
 
511 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  54.18 
 
 
508 aa  502  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  53.77 
 
 
508 aa  496  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  53.14 
 
 
507 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  51.88 
 
 
508 aa  494  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  53.51 
 
 
508 aa  486  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  53.51 
 
 
508 aa  483  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  50.21 
 
 
507 aa  477  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  50.97 
 
 
492 aa  476  1e-133  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  50.54 
 
 
495 aa  462  1e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  49.09 
 
 
505 aa  455  1e-127  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  44.88 
 
 
537 aa  437  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  46.02 
 
 
549 aa  435  1e-121  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  45.95 
 
 
498 aa  431  1e-119  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  44.49 
 
 
552 aa  426  1e-118  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  44.9 
 
 
519 aa  426  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  45.59 
 
 
518 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  44.05 
 
 
546 aa  422  1e-116  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  43.18 
 
 
553 aa  412  1e-114  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  44.69 
 
 
524 aa  414  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  44.88 
 
 
518 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  44.7 
 
 
556 aa  407  1.0000000000000001e-112  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  46.4 
 
 
496 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  44.88 
 
 
518 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  35.48 
 
 
497 aa  294  2e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  37.68 
 
 
525 aa  282  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  31.74 
 
 
494 aa  278  1e-73  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  37.65 
 
 
506 aa  273  5.000000000000001e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  36.46 
 
 
509 aa  273  6e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  35.61 
 
 
492 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  37.1 
 
 
530 aa  264  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  37.03 
 
 
530 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  32.42 
 
 
502 aa  261  2e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  32.42 
 
 
502 aa  261  2e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  32.37 
 
 
553 aa  260  3e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  35.86 
 
 
530 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  32.79 
 
 
504 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  35.93 
 
 
507 aa  251  2e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  34.02 
 
 
492 aa  248  2e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  33.61 
 
 
492 aa  246  6e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  25.65 
 
 
499 aa  239  9e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  33.82 
 
 
491 aa  238  1e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  36.21 
 
 
502 aa  237  3e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  33.67 
 
 
506 aa  237  5.0000000000000005e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  34.65 
 
 
529 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  32.13 
 
 
512 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  32.34 
 
 
512 aa  233  5e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  34.3 
 
 
502 aa  233  7.000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  32.73 
 
 
509 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  33.8 
 
 
503 aa  228  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  32.14 
 
 
512 aa  229  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  32.93 
 
 
498 aa  228  2e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  30.19 
 
 
495 aa  228  3e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  32.68 
 
 
503 aa  227  4e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  32.65 
 
 
519 aa  223  7e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  32.08 
 
 
499 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  33.19 
 
 
495 aa  221  3e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  31.21 
 
 
518 aa  220  6e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  31.46 
 
 
504 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  32.07 
 
 
490 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  30.55 
 
 
491 aa  212  1e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  34.08 
 
 
492 aa  211  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  29.15 
 
 
501 aa  207  4e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  30.74 
 
 
500 aa  206  7e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  34.41 
 
 
489 aa  206  8e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  31.59 
 
 
509 aa  206  8e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  30.89 
 
 
506 aa  204  2e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  33.27 
 
 
494 aa  205  2e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  32.32 
 
 
512 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  32.32 
 
 
512 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  27.47 
 
 
488 aa  204  4e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  32.32 
 
 
512 aa  203  5e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  29.15 
 
 
497 aa  203  8e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  29.23 
 
 
519 aa  202  9.999999999999999e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  32.23 
 
 
494 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  29.57 
 
 
527 aa  195  1e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  28.37 
 
 
488 aa  193  5e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  29.41 
 
 
490 aa  192  9e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  25.93 
 
 
497 aa  190  4e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  25.93 
 
 
497 aa  190  4e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  28.94 
 
 
493 aa  190  5.999999999999999e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  33.13 
 
 
496 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  25.2 
 
 
511 aa  180  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  25.81 
 
 
521 aa  176  8e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  29.1 
 
 
552 aa  170  6e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  30.29 
 
 
516 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  30.82 
 
 
519 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  28.14 
 
 
516 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0318  phytoene desaturase  27.57 
 
 
526 aa  165  2.0000000000000002e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.158779  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>