More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2048 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  100 
 
 		 515 aa  1029    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  61.09 
 
 		 516 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  60.59 
 
 		 516 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  61.29 
 
 		 524 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  59.17 
 
 		 503 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  60.28 
 
 		 519 aa  558  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  57.58 
 
 		 509 aa  537  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  59.26 
 
 		 511 aa  518  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  59.6 
 
 		 499 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  56.05 
 
 		 520 aa  508  9.999999999999999e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  59.78 
 
 		 499 aa  501  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  59.22 
 
 		 499 aa  489  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  58.08 
 
 		 512 aa  481  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  44.58 
 
 		 523 aa  368  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3513  methoxyneurosporene dehydrogenase  44.77 
 
 		 532 aa  348  1e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.705776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2040  phytoene dehydrogenase-related protein  43.89 
 
 		 495 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.492251 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1910  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  44.51 
 
 		 495 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.295436 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0266  methoxyneurosporene dehydrogenase  44.1 
 
 		 495 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  38.48 
 
 		 491 aa  248  2e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  35.55 
 
 		 495 aa  241  2.9999999999999997e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  36.63 
 
 		 502 aa  237  3e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  33.06 
 
 		 495 aa  204  4e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  34.5 
 
 		 500 aa  203  6e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  32.36 
 
 		 475 aa  194  5e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  30.82 
 
 		 512 aa  192  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  31.49 
 
 		 512 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  30.82 
 
 		 512 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  32.21 
 
 		 509 aa  188  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  32.13 
 
 		 492 aa  183  7e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  26.88 
 
 		 497 aa  179  8e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  26.88 
 
 		 497 aa  179  8e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  29.55 
 
 		 511 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  29.15 
 
 		 518 aa  179  1e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  28.37 
 
 		 511 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  30.98 
 
 		 496 aa  174  5e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  32.29 
 
 		 495 aa  172  1e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  29.67 
 
 		 509 aa  172  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  33.26 
 
 		 452 aa  172  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  27.77 
 
 		 511 aa  171  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  29.46 
 
 		 519 aa  169  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  28.63 
 
 		 497 aa  169  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  32.34 
 
 		 495 aa  166  9e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  28.91 
 
 		 553 aa  166  1.0000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  28.96 
 
 		 498 aa  163  8.000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  29.92 
 
 		 503 aa  162  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  32.37 
 
 		 471 aa  162  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  30.47 
 
 		 525 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  32.29 
 
 		 495 aa  162  2e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  29.98 
 
 		 506 aa  162  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  28.12 
 
 		 511 aa  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  29.13 
 
 		 530 aa  160  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  24.55 
 
 		 502 aa  159  8e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  24.55 
 
 		 502 aa  159  8e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  28.43 
 
 		 475 aa  158  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  27.45 
 
 		 498 aa  157  6e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  28.35 
 
 		 491 aa  157  6e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  30.41 
 
 		 494 aa  155  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  29.62 
 
 		 509 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  27.6 
 
 		 490 aa  154  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  29.22 
 
 		 530 aa  154  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  28.57 
 
 		 500 aa  153  8e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  29.27 
 
 		 530 aa  152  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  27.29 
 
 		 493 aa  151  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  27.33 
 
 		 492 aa  151  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  25.54 
 
 		 488 aa  151  3e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  28.88 
 
 		 489 aa  149  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  27.18 
 
 		 531 aa  149  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  22.83 
 
 		 499 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  28.28 
 
 		 508 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  30.12 
 
 		 507 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  27.03 
 
 		 492 aa  149  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  28.46 
 
 		 505 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  27.1 
 
 		 519 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  28.43 
 
 		 512 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  30.17 
 
 		 512 aa  146  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  30.17 
 
 		 512 aa  146  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  29.77 
 
 		 508 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  25.55 
 
 		 518 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  30.12 
 
 		 512 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  26.95 
 
 		 519 aa  144  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  26.99 
 
 		 492 aa  143  6e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  27.82 
 
 		 507 aa  143  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  27.78 
 
 		 499 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  27.68 
 
 		 504 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  25.15 
 
 		 497 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  26.84 
 
 		 506 aa  140  6e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  21.87 
 
 		 494 aa  139  2e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  27.78 
 
 		 503 aa  138  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  28.88 
 
 		 495 aa  137  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  28.85 
 
 		 492 aa  136  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1492  FAD dependent oxidoreductase  31.78 
 
 		 447 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.226993  hitchhiker  0.000066146 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  26.45 
 
 		 506 aa  135  3e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  29.41 
 
 		 504 aa  134  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  28.01 
 
 		 536 aa  134  3.9999999999999996e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  26.33 
 
 		 504 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  29.48 
 
 		 492 aa  134  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  25.6 
 
 		 518 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  25.55 
 
 		 490 aa  132  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  25.6 
 
 		 518 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0340  phytoene desaturase  25.85 
 
 		 542 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0903063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>