More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0340 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0340  phytoene desaturase  100 
 
 		 542 aa  1110    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0903063 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  54.85 
 
 		 536 aa  564  1.0000000000000001e-159  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12770  phytoene desaturase  56.2 
 
 		 532 aa  538  9.999999999999999e-153  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.500323 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  51.98 
 
 		 548 aa  513  1e-144  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21220  phytoene desaturase  51.94 
 
 		 566 aa  509  1e-143  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  49.44 
 
 		 552 aa  473  1e-132  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3491  phytoene desaturase  43.74 
 
 		 551 aa  406  1.0000000000000001e-112  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2891  phytoene desaturase  44.86 
 
 		 550 aa  395  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.101189 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  40.3 
 
 		 490 aa  376  1e-103  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  37.5 
 
 		 498 aa  341  2e-92  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  34.83 
 
 		 519 aa  320  6e-86  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  35.95 
 
 		 499 aa  315  1.9999999999999998e-84  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  33.75 
 
 		 527 aa  313  3.9999999999999997e-84  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  35.51 
 
 		 491 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  32.96 
 
 		 493 aa  298  2e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  34.4 
 
 		 500 aa  289  8e-77  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  34.26 
 
 		 506 aa  288  1e-76  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  32.59 
 
 		 490 aa  280  5e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0318  phytoene desaturase  34.34 
 
 		 526 aa  280  7e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.158779  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  31.39 
 
 		 488 aa  271  2.9999999999999997e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  31.4 
 
 		 501 aa  270  5e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  31.89 
 
 		 497 aa  269  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  29.87 
 
 		 488 aa  258  2e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1073  phytoene dehydrogenase-related protein  30.61 
 
 		 460 aa  214  2.9999999999999995e-54  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0409  phytoene dehydrogenase-related protein  29.83 
 
 		 465 aa  210  6e-53  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  26.06 
 
 		 494 aa  201  3e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  29.3 
 
 		 492 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  26.06 
 
 		 502 aa  193  7e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  26.06 
 
 		 502 aa  193  7e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  28.73 
 
 		 503 aa  192  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  29.49 
 
 		 509 aa  189  9e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  28.86 
 
 		 504 aa  187  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  26.06 
 
 		 512 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  26.39 
 
 		 512 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  27.58 
 
 		 521 aa  182  9.000000000000001e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  25.81 
 
 		 518 aa  180  5.999999999999999e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  25.32 
 
 		 512 aa  180  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  25.62 
 
 		 497 aa  176  7e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  25.62 
 
 		 497 aa  176  7e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  26.56 
 
 		 498 aa  176  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  27.39 
 
 		 493 aa  174  5e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  31.62 
 
 		 494 aa  172  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  27.93 
 
 		 504 aa  172  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  25.46 
 
 		 505 aa  170  6e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  23.52 
 
 		 537 aa  169  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0703  phytoene desaturase  27.12 
 
 		 453 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.687275  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  24.61 
 
 		 546 aa  167  5e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  28.02 
 
 		 492 aa  166  8e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  25.77 
 
 		 531 aa  165  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  26.57 
 
 		 553 aa  163  7e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  25.62 
 
 		 509 aa  163  8.000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  27.24 
 
 		 492 aa  163  9e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  26.97 
 
 		 512 aa  163  9e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  26.97 
 
 		 512 aa  163  9e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  27.61 
 
 		 507 aa  162  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  28.02 
 
 		 492 aa  162  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  27.86 
 
 		 506 aa  161  3e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  27.88 
 
 		 495 aa  160  4e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  26.79 
 
 		 512 aa  160  4e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  28.68 
 
 		 502 aa  161  4e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  26.31 
 
 		 508 aa  160  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  26.22 
 
 		 508 aa  160  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  25.23 
 
 		 511 aa  160  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  28.1 
 
 		 492 aa  159  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  24.63 
 
 		 511 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  26.56 
 
 		 504 aa  157  6e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  25.89 
 
 		 507 aa  156  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  25.09 
 
 		 511 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  29.62 
 
 		 491 aa  155  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  21.68 
 
 		 499 aa  155  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  24.68 
 
 		 511 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  25.1 
 
 		 495 aa  155  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  26.21 
 
 		 492 aa  155  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  26.34 
 
 		 509 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  24.21 
 
 		 552 aa  154  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  25.31 
 
 		 549 aa  154  5e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  25.64 
 
 		 497 aa  153  8e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  26.69 
 
 		 525 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  25.75 
 
 		 507 aa  152  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  28.23 
 
 		 530 aa  151  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  26.39 
 
 		 502 aa  150  5e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  26.29 
 
 		 492 aa  150  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  24.12 
 
 		 553 aa  150  8e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  26.72 
 
 		 503 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  28.15 
 
 		 489 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  26.86 
 
 		 530 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  28.42 
 
 		 530 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  26.51 
 
 		 504 aa  148  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  26.92 
 
 		 529 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  26.22 
 
 		 508 aa  144  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  26.24 
 
 		 475 aa  142  9.999999999999999e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  26.23 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  26.85 
 
 		 496 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  24.95 
 
 		 519 aa  140  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  24.12 
 
 		 512 aa  140  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  26.03 
 
 		 508 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  25.13 
 
 		 519 aa  139  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  25.23 
 
 		 556 aa  138  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  26.59 
 
 		 524 aa  138  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  28.91 
 
 		 494 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>