More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3156 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  86.9 
 
 		 512 aa  918    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  83.2 
 
 		 509 aa  861    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  87.05 
 
 		 512 aa  915    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  100 
 
 		 509 aa  1035    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  86.71 
 
 		 512 aa  919    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  59.22 
 
 		 518 aa  599  1e-170  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  38.76 
 
 		 491 aa  301  2e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  33.82 
 
 		 497 aa  294  3e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  33.82 
 
 		 497 aa  294  3e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  37.11 
 
 		 502 aa  289  8e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  34.73 
 
 		 498 aa  288  1e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  34.49 
 
 		 495 aa  278  1e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  33.4 
 
 		 490 aa  266  5.999999999999999e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  33.2 
 
 		 505 aa  264  3e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  32.46 
 
 		 511 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  34.9 
 
 		 495 aa  257  3e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  33.27 
 
 		 527 aa  255  1.0000000000000001e-66  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  31.34 
 
 		 553 aa  255  1.0000000000000001e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  31.19 
 
 		 501 aa  251  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  32.78 
 
 		 511 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  33.33 
 
 		 500 aa  249  8e-65  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  31.96 
 
 		 511 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  30.74 
 
 		 497 aa  248  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  30.66 
 
 		 492 aa  248  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  32.16 
 
 		 511 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  33.47 
 
 		 508 aa  247  4e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  33.73 
 
 		 492 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  33.67 
 
 		 512 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  32.03 
 
 		 497 aa  244  3e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  29.47 
 
 		 494 aa  240  4e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  31.91 
 
 		 499 aa  239  1e-61  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  34.73 
 
 		 507 aa  237  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  32.25 
 
 		 519 aa  237  3e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  30.06 
 
 		 490 aa  233  6e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  32.41 
 
 		 525 aa  232  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  34.09 
 
 		 508 aa  232  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  28.17 
 
 		 502 aa  231  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  28.17 
 
 		 502 aa  231  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  32.99 
 
 		 507 aa  229  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  32.18 
 
 		 531 aa  228  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  32.8 
 
 		 508 aa  228  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  30.24 
 
 		 493 aa  227  3e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  31.46 
 
 		 504 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  30.2 
 
 		 491 aa  225  2e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  26.55 
 
 		 488 aa  223  7e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  30.44 
 
 		 519 aa  222  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  33.08 
 
 		 536 aa  222  9.999999999999999e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  32.19 
 
 		 504 aa  220  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  31.85 
 
 		 492 aa  220  5e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  29.48 
 
 		 504 aa  218  2.9999999999999998e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  27.59 
 
 		 537 aa  216  7e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  30.99 
 
 		 506 aa  215  9.999999999999999e-55  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  32.68 
 
 		 530 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  30.85 
 
 		 518 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  32.54 
 
 		 495 aa  214  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  33.82 
 
 		 496 aa  214  3.9999999999999995e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  29.79 
 
 		 524 aa  212  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0318  phytoene desaturase  31 
 
 		 526 aa  211  3e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.158779  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  31.76 
 
 		 530 aa  211  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  32.65 
 
 		 475 aa  211  3e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  26.05 
 
 		 488 aa  209  1e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21220  phytoene desaturase  29.73 
 
 		 566 aa  208  2e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  30.79 
 
 		 530 aa  207  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  32.07 
 
 		 516 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  31.18 
 
 		 503 aa  207  4e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  33.4 
 
 		 471 aa  206  6e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  31.39 
 
 		 508 aa  206  6e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  31.39 
 
 		 508 aa  206  8e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  23.91 
 
 		 499 aa  206  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  31.02 
 
 		 519 aa  205  2e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  26.61 
 
 		 493 aa  205  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  31.36 
 
 		 524 aa  204  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  32.31 
 
 		 509 aa  203  8e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  30.21 
 
 		 529 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  30.59 
 
 		 492 aa  200  6e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  31.94 
 
 		 494 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  29.48 
 
 		 475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  31.01 
 
 		 516 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  30.84 
 
 		 509 aa  197  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  30.65 
 
 		 518 aa  196  7e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  30.65 
 
 		 518 aa  196  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  30.29 
 
 		 492 aa  193  5e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  30.3 
 
 		 498 aa  192  9e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  32.5 
 
 		 500 aa  192  9e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  32.6 
 
 		 506 aa  191  2e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  33.91 
 
 		 452 aa  191  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  31.74 
 
 		 512 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  31.1 
 
 		 506 aa  190  4e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  32.06 
 
 		 512 aa  191  4e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  32.06 
 
 		 512 aa  191  4e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  24.3 
 
 		 511 aa  189  9e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  30.74 
 
 		 548 aa  189  1e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  31.69 
 
 		 495 aa  189  1e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  35.54 
 
 		 495 aa  188  2e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  33.13 
 
 		 502 aa  187  5e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  31.29 
 
 		 503 aa  186  6e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  30.93 
 
 		 519 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  27.91 
 
 		 552 aa  184  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  31.94 
 
 		 495 aa  180  4.999999999999999e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  32.41 
 
 		 499 aa  179  8e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>