More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1585 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  100 
 
 
492 aa  991    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  63.01 
 
 
493 aa  657    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  91.67 
 
 
495 aa  854    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  57.67 
 
 
492 aa  595  1e-169  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  55.58 
 
 
511 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  54.96 
 
 
511 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  54.55 
 
 
511 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  56.2 
 
 
512 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  51.86 
 
 
511 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  52.87 
 
 
508 aa  508  1e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  53.61 
 
 
508 aa  501  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  51.13 
 
 
504 aa  500  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  54.55 
 
 
508 aa  497  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  51.74 
 
 
498 aa  490  1e-137  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  52.87 
 
 
508 aa  484  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  53.08 
 
 
508 aa  481  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  50.21 
 
 
507 aa  480  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  51.86 
 
 
507 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  48.55 
 
 
531 aa  468  1.0000000000000001e-131  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  45.27 
 
 
537 aa  467  9.999999999999999e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  47.34 
 
 
504 aa  452  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  48.12 
 
 
505 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  44.91 
 
 
553 aa  439  9.999999999999999e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  44.8 
 
 
552 aa  441  9.999999999999999e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  45.71 
 
 
546 aa  440  9.999999999999999e-123  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  47.05 
 
 
492 aa  438  1e-121  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  43.79 
 
 
549 aa  433  1e-120  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  43.97 
 
 
519 aa  433  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  44.26 
 
 
518 aa  425  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  43.35 
 
 
492 aa  420  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  45.53 
 
 
524 aa  416  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  44.67 
 
 
518 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  44.67 
 
 
518 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  45.78 
 
 
496 aa  395  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  42.3 
 
 
556 aa  387  1e-106  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  32.59 
 
 
502 aa  279  7e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  32.59 
 
 
502 aa  279  7e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  33.67 
 
 
504 aa  268  2e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  36.79 
 
 
525 aa  264  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  35.69 
 
 
497 aa  264  2e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  31.19 
 
 
494 aa  263  6e-69  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  36.31 
 
 
530 aa  258  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  36.31 
 
 
530 aa  258  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  36.49 
 
 
492 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  33.06 
 
 
553 aa  253  6e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  34.97 
 
 
530 aa  253  8.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  35.18 
 
 
529 aa  251  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  35.54 
 
 
509 aa  251  3e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  32.79 
 
 
512 aa  249  8e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  32.79 
 
 
512 aa  247  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  26.35 
 
 
499 aa  247  4e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  32.79 
 
 
512 aa  246  8e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  34.03 
 
 
490 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  32.93 
 
 
509 aa  237  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  33.06 
 
 
498 aa  237  3e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  33.75 
 
 
506 aa  237  4e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  34.55 
 
 
506 aa  236  6e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  34.51 
 
 
492 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  32.82 
 
 
495 aa  234  3e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  34.79 
 
 
502 aa  234  3e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  33.54 
 
 
503 aa  232  1e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  33.67 
 
 
503 aa  231  2e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  33.81 
 
 
504 aa  230  4e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  35.76 
 
 
491 aa  230  4e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  32 
 
 
519 aa  229  6e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  35.68 
 
 
494 aa  228  1e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  33.26 
 
 
492 aa  227  4e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  33.47 
 
 
499 aa  225  1e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  32.14 
 
 
509 aa  224  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  34.67 
 
 
494 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  31.58 
 
 
491 aa  223  6e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  32.42 
 
 
519 aa  223  8e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  33.67 
 
 
512 aa  219  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  31.03 
 
 
518 aa  216  5.9999999999999996e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  33.67 
 
 
512 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  33.67 
 
 
512 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  29.27 
 
 
497 aa  212  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  31.69 
 
 
490 aa  211  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  32.4 
 
 
507 aa  211  3e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  32.36 
 
 
500 aa  208  2e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  33.83 
 
 
495 aa  205  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  32.53 
 
 
502 aa  203  6e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  33.54 
 
 
492 aa  202  8e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  30.86 
 
 
527 aa  202  8e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  29.1 
 
 
501 aa  202  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  26.63 
 
 
488 aa  200  3.9999999999999996e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  32.12 
 
 
536 aa  199  1.0000000000000001e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  31.89 
 
 
496 aa  197  4.0000000000000005e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  30.61 
 
 
552 aa  197  4.0000000000000005e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  31.21 
 
 
506 aa  196  6e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  31.05 
 
 
489 aa  196  8.000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  26.51 
 
 
511 aa  193  5e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  26.63 
 
 
488 aa  188  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  26.92 
 
 
497 aa  186  9e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  26.92 
 
 
497 aa  186  9e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12770  phytoene desaturase  31.23 
 
 
532 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.500323 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  25.05 
 
 
493 aa  180  4e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0318  phytoene desaturase  29.38 
 
 
526 aa  179  1e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.158779  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  29.18 
 
 
516 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  30.34 
 
 
548 aa  174  3.9999999999999995e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>