More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3200 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  80.31 
 
 
507 aa  809    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  92.91 
 
 
508 aa  929    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  93.11 
 
 
508 aa  936    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  68.39 
 
 
512 aa  677    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  63.76 
 
 
511 aa  668    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  65.54 
 
 
511 aa  682    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  62.57 
 
 
511 aa  674    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  66.8 
 
 
511 aa  683    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  100 
 
 
508 aa  1021    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  65.04 
 
 
508 aa  639    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  76.18 
 
 
508 aa  767    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  64.1 
 
 
507 aa  621  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  53.39 
 
 
492 aa  541  9.999999999999999e-153  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  52.03 
 
 
519 aa  515  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  50.51 
 
 
537 aa  508  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  54.18 
 
 
504 aa  502  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  49.7 
 
 
518 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  50.31 
 
 
518 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  49.17 
 
 
493 aa  481  1e-134  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  50.31 
 
 
518 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  52.47 
 
 
492 aa  470  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  46.58 
 
 
552 aa  459  9.999999999999999e-129  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  47.45 
 
 
553 aa  457  1e-127  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  49.9 
 
 
531 aa  456  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  51.84 
 
 
495 aa  456  1e-127  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  47.67 
 
 
549 aa  451  1e-125  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  47.65 
 
 
504 aa  450  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  49.79 
 
 
505 aa  450  1e-125  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  47.98 
 
 
524 aa  450  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  48.83 
 
 
496 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  47.38 
 
 
546 aa  445  1e-123  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  47.07 
 
 
492 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  47.84 
 
 
492 aa  433  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  49.28 
 
 
498 aa  431  1e-119  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  44.86 
 
 
556 aa  395  1e-108  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  38.3 
 
 
506 aa  266  5.999999999999999e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  37.32 
 
 
525 aa  263  6e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  36.61 
 
 
509 aa  259  1e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  37.07 
 
 
507 aa  258  1e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  36.2 
 
 
530 aa  258  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  34.9 
 
 
497 aa  255  1.0000000000000001e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  36.07 
 
 
530 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  35.28 
 
 
502 aa  252  1e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  33.8 
 
 
512 aa  250  4e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  35.27 
 
 
530 aa  249  8e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  33.8 
 
 
512 aa  249  9e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  32.78 
 
 
553 aa  248  2e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  29.67 
 
 
494 aa  248  3e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  34.51 
 
 
492 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  33.27 
 
 
512 aa  246  6e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  34.65 
 
 
506 aa  246  9e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  34.72 
 
 
491 aa  244  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  33.8 
 
 
509 aa  242  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  35.05 
 
 
503 aa  242  1e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  32.5 
 
 
504 aa  240  5e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  29.92 
 
 
502 aa  239  8e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  29.92 
 
 
502 aa  239  8e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  35.1 
 
 
503 aa  236  6e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  34.19 
 
 
529 aa  236  6e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  32.52 
 
 
519 aa  235  2.0000000000000002e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  34.4 
 
 
492 aa  230  4e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  35.61 
 
 
502 aa  228  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  33.69 
 
 
492 aa  226  8e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  32.27 
 
 
490 aa  226  8e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  32.24 
 
 
495 aa  223  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  30.58 
 
 
518 aa  221  1.9999999999999999e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  33.68 
 
 
504 aa  220  6e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  34.48 
 
 
512 aa  217  5e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  34.64 
 
 
512 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  34.64 
 
 
512 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  25.45 
 
 
499 aa  214  2.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  29.71 
 
 
491 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  31.88 
 
 
509 aa  212  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  28.66 
 
 
497 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  32.56 
 
 
552 aa  211  2e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  30.23 
 
 
499 aa  210  6e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  27.5 
 
 
488 aa  206  1e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  34.19 
 
 
494 aa  201  3e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  27.95 
 
 
497 aa  199  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  31.42 
 
 
495 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  27.95 
 
 
497 aa  199  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3491  phytoene desaturase  34.27 
 
 
551 aa  198  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  30.12 
 
 
498 aa  198  2.0000000000000003e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  30.2 
 
 
506 aa  197  4.0000000000000005e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  27.59 
 
 
488 aa  196  7e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  27.46 
 
 
501 aa  195  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2891  phytoene desaturase  33.2 
 
 
550 aa  190  4e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.101189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  29.22 
 
 
490 aa  191  4e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  24.33 
 
 
511 aa  187  5e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  29.92 
 
 
536 aa  186  6e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  32.02 
 
 
492 aa  187  6e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  27.66 
 
 
519 aa  184  4.0000000000000006e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  28.4 
 
 
500 aa  181  2e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  31.42 
 
 
494 aa  178  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  32.25 
 
 
496 aa  178  3e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  27.57 
 
 
521 aa  178  3e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  25.36 
 
 
493 aa  177  3e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  29.04 
 
 
548 aa  172  1e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  31.72 
 
 
500 aa  169  1e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12770  phytoene desaturase  29.63 
 
 
532 aa  169  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.500323 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>