More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_1910 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0266  methoxyneurosporene dehydrogenase  98.59 
 
 		 495 aa  961    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2040  phytoene dehydrogenase-related protein  90.51 
 
 		 495 aa  829    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.492251 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1910  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  100 
 
 		 495 aa  974    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.295436 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  57.79 
 
 		 523 aa  528  1e-149  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3513  methoxyneurosporene dehydrogenase  59.72 
 
 		 532 aa  503  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.705776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  44.31 
 
 		 516 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  42.71 
 
 		 524 aa  365  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  44.97 
 
 		 509 aa  361  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  43.35 
 
 		 516 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  43.98 
 
 		 515 aa  349  7e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  43.29 
 
 		 519 aa  346  5e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  46.95 
 
 		 511 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  46.31 
 
 		 499 aa  341  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  45.36 
 
 		 520 aa  337  2.9999999999999997e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  45.65 
 
 		 499 aa  331  2e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  43.09 
 
 		 503 aa  329  7e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  45.65 
 
 		 499 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  47.52 
 
 		 512 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  34.58 
 
 		 495 aa  210  5e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  33.4 
 
 		 491 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  32.65 
 
 		 502 aa  197  3e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  26.69 
 
 		 497 aa  190  4e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  26.69 
 
 		 497 aa  190  4e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  31.04 
 
 		 518 aa  189  9e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  32.61 
 
 		 525 aa  189  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  33.12 
 
 		 495 aa  187  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  29.37 
 
 		 475 aa  187  4e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  33.81 
 
 		 508 aa  187  5e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  29.68 
 
 		 504 aa  186  9e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  32.49 
 
 		 475 aa  185  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  30.41 
 
 		 504 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  30.78 
 
 		 505 aa  177  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  29.62 
 
 		 511 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  35.03 
 
 		 471 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  30.69 
 
 		 508 aa  171  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  30.68 
 
 		 512 aa  171  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  30.68 
 
 		 512 aa  170  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  30.8 
 
 		 512 aa  170  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  28.06 
 
 		 492 aa  170  5e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  31.29 
 
 		 507 aa  169  8e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  30.86 
 
 		 519 aa  169  9e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  33.63 
 
 		 452 aa  169  9e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  28.25 
 
 		 511 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  32.66 
 
 		 492 aa  167  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  27.53 
 
 		 511 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  30.32 
 
 		 531 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  28.22 
 
 		 511 aa  163  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  34.46 
 
 		 495 aa  163  8.000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  34.97 
 
 		 495 aa  160  4e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  29.72 
 
 		 497 aa  160  5e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  34.01 
 
 		 495 aa  157  3e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  29.96 
 
 		 509 aa  157  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  30.29 
 
 		 530 aa  157  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  30.12 
 
 		 492 aa  156  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  32.9 
 
 		 500 aa  155  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  29.69 
 
 		 530 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  28.23 
 
 		 497 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  29.12 
 
 		 512 aa  153  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  33.53 
 
 		 509 aa  152  8.999999999999999e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  28.77 
 
 		 553 aa  152  1e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  30.8 
 
 		 508 aa  152  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  31 
 
 		 508 aa  150  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  28.48 
 
 		 530 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  31.21 
 
 		 503 aa  148  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  28.01 
 
 		 490 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  25.2 
 
 		 502 aa  147  6e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  25.2 
 
 		 502 aa  147  6e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  28.85 
 
 		 498 aa  146  9e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  29.08 
 
 		 509 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  32.48 
 
 		 489 aa  145  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  24 
 
 		 537 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  29.71 
 
 		 492 aa  144  3e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  30.63 
 
 		 506 aa  144  4e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  28.72 
 
 		 529 aa  144  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  29.42 
 
 		 504 aa  144  4e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  31.46 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  28.01 
 
 		 507 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  28.06 
 
 		 521 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1492  FAD dependent oxidoreductase  32.04 
 
 		 447 aa  141  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.226993  hitchhiker  0.000066146 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0386  FAD dependent oxidoreductase  32.51 
 
 		 451 aa  140  4.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0302403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  26.79 
 
 		 492 aa  140  6e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  25.74 
 
 		 493 aa  140  6e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  29.27 
 
 		 492 aa  138  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  26.21 
 
 		 519 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  30.18 
 
 		 512 aa  136  8e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  27.17 
 
 		 519 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  29.7 
 
 		 512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  29.7 
 
 		 512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  27.88 
 
 		 506 aa  133  6.999999999999999e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  30.32 
 
 		 503 aa  133  7.999999999999999e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  25.79 
 
 		 518 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  30.08 
 
 		 506 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  26.57 
 
 		 518 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  26.57 
 
 		 518 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  29.81 
 
 		 496 aa  131  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  20.75 
 
 		 499 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  31.51 
 
 		 494 aa  130  6e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  32.45 
 
 		 494 aa  130  7.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  22.05 
 
 		 494 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  27.09 
 
 		 498 aa  128  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>