More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1706 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  83.53 
 
 
516 aa  874    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  74.21 
 
 
516 aa  758    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  82.05 
 
 
524 aa  876    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  100 
 
 
519 aa  1042    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  61.07 
 
 
509 aa  570  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  60.13 
 
 
503 aa  565  1e-160  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  60.54 
 
 
515 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  54.97 
 
 
520 aa  488  1e-136  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  55.6 
 
 
499 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  56.55 
 
 
499 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  54.66 
 
 
511 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  55.8 
 
 
499 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  56.11 
 
 
512 aa  451  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  43.06 
 
 
523 aa  363  4e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3513  methoxyneurosporene dehydrogenase  45.36 
 
 
532 aa  353  4e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.705776  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2040  phytoene dehydrogenase-related protein  42.56 
 
 
495 aa  325  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.492251 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1910  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  42.83 
 
 
495 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.295436 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0266  methoxyneurosporene dehydrogenase  43.04 
 
 
495 aa  307  3e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  36.64 
 
 
491 aa  243  5e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  36.19 
 
 
495 aa  241  2e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  35.32 
 
 
502 aa  229  6e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  36.34 
 
 
500 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  32.35 
 
 
519 aa  196  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  32.08 
 
 
512 aa  195  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  31.94 
 
 
512 aa  194  3e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  31.94 
 
 
512 aa  194  5e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  29.72 
 
 
511 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  32.92 
 
 
495 aa  192  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  33.59 
 
 
503 aa  191  4e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  27.66 
 
 
497 aa  189  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  27.66 
 
 
497 aa  189  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  29.04 
 
 
518 aa  189  1e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  31.99 
 
 
509 aa  188  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  34.02 
 
 
471 aa  186  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  29.29 
 
 
511 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  30.8 
 
 
492 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  32.08 
 
 
475 aa  183  5.0000000000000004e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  29.7 
 
 
511 aa  184  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  33.33 
 
 
525 aa  183  6e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  32.02 
 
 
496 aa  183  8.000000000000001e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  31.69 
 
 
509 aa  181  4e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  30.82 
 
 
504 aa  177  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  29.41 
 
 
498 aa  177  3e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  33.7 
 
 
452 aa  177  4e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  31.48 
 
 
509 aa  177  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  29.6 
 
 
553 aa  175  1.9999999999999998e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  32.21 
 
 
495 aa  172  2e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  29.26 
 
 
511 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  32.2 
 
 
495 aa  170  5e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  31.01 
 
 
505 aa  170  7e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  29.55 
 
 
492 aa  169  9e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  32.21 
 
 
503 aa  169  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  29.18 
 
 
504 aa  168  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  28.21 
 
 
475 aa  167  5e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  29.55 
 
 
492 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  29.11 
 
 
490 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  31.58 
 
 
506 aa  164  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  29.05 
 
 
497 aa  163  7e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  31.5 
 
 
530 aa  163  8.000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  27.12 
 
 
519 aa  162  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  31.01 
 
 
530 aa  162  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  31.05 
 
 
530 aa  161  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  29.96 
 
 
507 aa  160  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  31.92 
 
 
495 aa  160  5e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  26.43 
 
 
492 aa  159  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  28.54 
 
 
531 aa  157  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  29.61 
 
 
524 aa  156  9e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  22.82 
 
 
499 aa  156  9e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  29.88 
 
 
492 aa  155  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  29.96 
 
 
506 aa  155  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  22.42 
 
 
494 aa  153  8e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  29.68 
 
 
494 aa  153  8.999999999999999e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  30.38 
 
 
512 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  29.09 
 
 
508 aa  151  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  30.88 
 
 
512 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  28.17 
 
 
498 aa  150  4e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  30.88 
 
 
512 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  23.61 
 
 
502 aa  150  7e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  23.61 
 
 
502 aa  150  7e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  26.1 
 
 
493 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  26.72 
 
 
504 aa  149  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  28.06 
 
 
508 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  29.29 
 
 
504 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  30.02 
 
 
492 aa  146  8.000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  30.8 
 
 
502 aa  146  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  29.72 
 
 
489 aa  145  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  23.37 
 
 
511 aa  145  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  28.57 
 
 
507 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  26.8 
 
 
518 aa  144  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  28.54 
 
 
491 aa  144  5e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  29.75 
 
 
508 aa  143  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  26.75 
 
 
497 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  29.82 
 
 
529 aa  141  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  27.02 
 
 
492 aa  140  6e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  27.18 
 
 
512 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  28.86 
 
 
508 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  23.95 
 
 
537 aa  136  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  24.9 
 
 
519 aa  136  9e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  25.6 
 
 
546 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0386  FAD dependent oxidoreductase  32.12 
 
 
451 aa  136  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0302403  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>