More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3248 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  92.53 
 
 		 495 aa  848    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  100 
 
 		 495 aa  957    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  50.2 
 
 		 475 aa  386  1e-106  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  51.98 
 
 		 500 aa  373  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  50.11 
 
 		 452 aa  345  8.999999999999999e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  51.95 
 
 		 495 aa  337  3.9999999999999995e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  47.73 
 
 		 496 aa  318  1e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  43.06 
 
 		 471 aa  242  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  38.26 
 
 		 491 aa  240  5e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  34.07 
 
 		 518 aa  221  3e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  35.6 
 
 		 495 aa  219  8.999999999999998e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  35.96 
 
 		 502 aa  214  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  31.77 
 
 		 512 aa  207  5e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  32.87 
 
 		 505 aa  207  5e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  35.96 
 
 		 495 aa  205  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  30.98 
 
 		 512 aa  204  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  30.71 
 
 		 497 aa  202  8e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  30.71 
 
 		 497 aa  202  8e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  30.78 
 
 		 512 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  31.96 
 
 		 509 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  34.37 
 
 		 492 aa  192  8e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  31.41 
 
 		 519 aa  190  5e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  32.32 
 
 		 509 aa  188  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  33.95 
 
 		 492 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  35.22 
 
 		 509 aa  184  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  29.43 
 
 		 492 aa  183  5.0000000000000004e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  31.31 
 
 		 524 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  30.6 
 
 		 498 aa  182  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  32.5 
 
 		 516 aa  182  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  28.49 
 
 		 475 aa  181  2.9999999999999997e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  32.36 
 
 		 516 aa  179  8e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  33.27 
 
 		 536 aa  179  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  33.47 
 
 		 506 aa  179  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  34.09 
 
 		 520 aa  178  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  32.62 
 
 		 492 aa  177  4e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  32 
 
 		 503 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  32.47 
 
 		 525 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  24.86 
 
 		 502 aa  174  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  24.86 
 
 		 502 aa  174  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  30.12 
 
 		 497 aa  173  5.999999999999999e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  33.53 
 
 		 509 aa  173  6.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  37.22 
 
 		 512 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  34.24 
 
 		 499 aa  172  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  30.6 
 
 		 506 aa  169  1e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  36.34 
 
 		 499 aa  168  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  33.13 
 
 		 523 aa  168  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  31.98 
 
 		 519 aa  169  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  32.27 
 
 		 512 aa  167  5e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  31.6 
 
 		 515 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  28 
 
 		 511 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  32.47 
 
 		 512 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  32.9 
 
 		 552 aa  166  1.0000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  32.47 
 
 		 512 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  35.37 
 
 		 499 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  31.74 
 
 		 503 aa  165  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  29.88 
 
 		 499 aa  164  3e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  30.83 
 
 		 530 aa  163  6e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  30.83 
 
 		 530 aa  162  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  35.31 
 
 		 511 aa  161  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  29.81 
 
 		 493 aa  162  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  33.53 
 
 		 494 aa  160  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  29.31 
 
 		 527 aa  160  6e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  30.95 
 
 		 531 aa  159  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  33.66 
 
 		 503 aa  158  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  29.01 
 
 		 530 aa  158  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  34.53 
 
 		 502 aa  157  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  30.75 
 
 		 498 aa  157  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  28.2 
 
 		 511 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  27.47 
 
 		 519 aa  156  7e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  30.89 
 
 		 504 aa  156  8e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  31.19 
 
 		 506 aa  155  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  28.06 
 
 		 511 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  28.69 
 
 		 490 aa  153  7e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  27.51 
 
 		 519 aa  153  7e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21220  phytoene desaturase  33.63 
 
 		 566 aa  151  2e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  28.12 
 
 		 511 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  30.23 
 
 		 500 aa  150  7e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  30.18 
 
 		 508 aa  149  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  28.49 
 
 		 518 aa  149  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  28.24 
 
 		 507 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  30 
 
 		 512 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  25.74 
 
 		 537 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0318  phytoene desaturase  29.6 
 
 		 526 aa  147  3e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.158779  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2040  phytoene dehydrogenase-related protein  34.4 
 
 		 495 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.492251 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  30.83 
 
 		 492 aa  147  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  26.16 
 
 		 549 aa  146  6e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12770  phytoene desaturase  32.26 
 
 		 532 aa  146  8.000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.500323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  28.06 
 
 		 504 aa  146  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  31 
 
 		 489 aa  146  9e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  29.82 
 
 		 507 aa  146  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  27.29 
 
 		 553 aa  145  1e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3491  phytoene desaturase  34.15 
 
 		 551 aa  145  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  29.54 
 
 		 504 aa  144  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  31.67 
 
 		 548 aa  144  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  26.27 
 
 		 497 aa  144  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  29.96 
 
 		 508 aa  144  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  33.33 
 
 		 494 aa  144  4e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0340  phytoene desaturase  29.07 
 
 		 542 aa  143  7e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0903063 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  21.53 
 
 		 499 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  28.99 
 
 		 529 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>