More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2953 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  83.57 
 
 		 512 aa  707    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  96.18 
 
 		 499 aa  858    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  100 
 
 		 499 aa  983    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  72.14 
 
 		 511 aa  631  1e-179  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  67.13 
 
 		 499 aa  591  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  57.06 
 
 		 516 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  55.85 
 
 		 524 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  59.34 
 
 		 515 aa  518  1e-146  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  59.09 
 
 		 503 aa  511  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  55.24 
 
 		 516 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  58.03 
 
 		 509 aa  502  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  56.02 
 
 		 519 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  57.43 
 
 		 520 aa  489  1e-137  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3513  methoxyneurosporene dehydrogenase  48.2 
 
 		 532 aa  359  7e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.705776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  44.74 
 
 		 523 aa  349  7e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2040  phytoene dehydrogenase-related protein  45.7 
 
 		 495 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.492251 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1910  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  46.31 
 
 		 495 aa  317  4e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.295436 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0266  methoxyneurosporene dehydrogenase  46.11 
 
 		 495 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  38.51 
 
 		 491 aa  256  5e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  34.78 
 
 		 495 aa  246  6e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  37.45 
 
 		 502 aa  240  4e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  34.13 
 
 		 512 aa  220  5e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  33.87 
 
 		 512 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  33.87 
 
 		 512 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  37.61 
 
 		 500 aa  211  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  34.65 
 
 		 509 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  33.75 
 
 		 495 aa  209  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  35.64 
 
 		 475 aa  204  2e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  36.51 
 
 		 471 aa  204  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  33.93 
 
 		 492 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  28.28 
 
 		 497 aa  196  7e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  28.28 
 
 		 497 aa  196  7e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  29.44 
 
 		 518 aa  186  6e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  36.34 
 
 		 452 aa  186  6e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  31.51 
 
 		 509 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  35.98 
 
 		 495 aa  184  3e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  28.02 
 
 		 511 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  31.14 
 
 		 497 aa  181  2e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  34.39 
 
 		 496 aa  181  2e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  36.63 
 
 		 495 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  26.95 
 
 		 511 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  27.69 
 
 		 492 aa  174  3.9999999999999995e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  27.92 
 
 		 475 aa  173  6.999999999999999e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  27.37 
 
 		 511 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  30.94 
 
 		 519 aa  171  3e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  30.89 
 
 		 508 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  24.65 
 
 		 494 aa  171  3e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  31.35 
 
 		 525 aa  169  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  30.04 
 
 		 492 aa  168  2e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  30.86 
 
 		 503 aa  167  4e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  29.74 
 
 		 508 aa  167  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  30.78 
 
 		 505 aa  167  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  35.76 
 
 		 495 aa  166  6.9999999999999995e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  31.74 
 
 		 492 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  30.58 
 
 		 492 aa  164  5.0000000000000005e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  28.86 
 
 		 507 aa  163  6e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  29.11 
 
 		 531 aa  162  9e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  29.84 
 
 		 504 aa  162  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  27.7 
 
 		 511 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  31.6 
 
 		 502 aa  162  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  31.36 
 
 		 503 aa  162  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  29.37 
 
 		 553 aa  161  3e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  29.35 
 
 		 490 aa  160  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  30.27 
 
 		 498 aa  160  5e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  29.64 
 
 		 507 aa  160  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  31.5 
 
 		 506 aa  159  8e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  30.2 
 
 		 509 aa  157  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  24.7 
 
 		 537 aa  156  7e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  29.15 
 
 		 512 aa  156  9e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  30.72 
 
 		 508 aa  156  9e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  26.45 
 
 		 493 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  30.58 
 
 		 508 aa  155  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  31 
 
 		 494 aa  155  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  31.33 
 
 		 494 aa  155  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  29.39 
 
 		 508 aa  154  5e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  28.92 
 
 		 501 aa  153  8e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  30.08 
 
 		 498 aa  152  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  28.09 
 
 		 492 aa  152  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  26.26 
 
 		 519 aa  152  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  30.36 
 
 		 512 aa  150  5e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  30.36 
 
 		 512 aa  150  5e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  27.15 
 
 		 504 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  22.09 
 
 		 499 aa  147  3e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  24.65 
 
 		 502 aa  147  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  24.65 
 
 		 502 aa  147  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  28.79 
 
 		 521 aa  147  5e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  30.43 
 
 		 512 aa  147  5e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  30.66 
 
 		 489 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  31.33 
 
 		 530 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  26.63 
 
 		 499 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  28.32 
 
 		 500 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  29.55 
 
 		 506 aa  139  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  30.64 
 
 		 530 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  29.24 
 
 		 530 aa  139  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  27.48 
 
 		 519 aa  138  2e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  26.42 
 
 		 504 aa  138  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  25.6 
 
 		 497 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  25.45 
 
 		 488 aa  139  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  30.99 
 
 		 496 aa  137  4e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  29.68 
 
 		 504 aa  137  5e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>