More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4005 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
516 aa  1041    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  73.43 
 
 
516 aa  752    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  89.73 
 
 
524 aa  944    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  83.53 
 
 
519 aa  838    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  61.41 
 
 
509 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  61.36 
 
 
515 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  60.13 
 
 
503 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  58.95 
 
 
499 aa  524  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  55.53 
 
 
520 aa  504  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  57.73 
 
 
499 aa  491  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  56.99 
 
 
499 aa  481  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  58.39 
 
 
512 aa  478  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  54.73 
 
 
511 aa  478  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  44.83 
 
 
523 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3513  methoxyneurosporene dehydrogenase  45.56 
 
 
532 aa  366  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.705776  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2040  phytoene dehydrogenase-related protein  43.6 
 
 
495 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.492251 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1910  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  43.87 
 
 
495 aa  319  7e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.295436 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0266  methoxyneurosporene dehydrogenase  43.87 
 
 
495 aa  318  2e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  37 
 
 
491 aa  248  3e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  36.36 
 
 
495 aa  246  6.999999999999999e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  36.94 
 
 
502 aa  232  1e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  35.81 
 
 
500 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  33.2 
 
 
495 aa  205  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  28.66 
 
 
497 aa  202  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  31.89 
 
 
509 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  28.66 
 
 
497 aa  202  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  31.33 
 
 
512 aa  200  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  31.33 
 
 
512 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  31.27 
 
 
512 aa  196  6e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  32.57 
 
 
475 aa  194  3e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  34.79 
 
 
452 aa  192  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  29.72 
 
 
511 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  33.2 
 
 
471 aa  189  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  29.57 
 
 
511 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  29.36 
 
 
511 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  33.83 
 
 
495 aa  184  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  30.58 
 
 
509 aa  183  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  30.51 
 
 
519 aa  183  7e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  32.14 
 
 
496 aa  182  1e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  30.37 
 
 
498 aa  182  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  32.32 
 
 
509 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  32.77 
 
 
525 aa  179  9e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  30.66 
 
 
553 aa  179  1e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  29.46 
 
 
492 aa  179  1e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  28.75 
 
 
518 aa  176  9.999999999999999e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  32.09 
 
 
503 aa  176  9.999999999999999e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  28.6 
 
 
475 aa  175  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  29.51 
 
 
531 aa  174  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  32.73 
 
 
503 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  30.14 
 
 
505 aa  174  5e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  28.97 
 
 
511 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  29.22 
 
 
492 aa  172  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  31.89 
 
 
506 aa  169  9e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  29.42 
 
 
492 aa  169  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  28.8 
 
 
497 aa  169  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  32.11 
 
 
495 aa  169  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  27.36 
 
 
492 aa  167  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  30.29 
 
 
504 aa  167  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  30.73 
 
 
530 aa  162  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  28.97 
 
 
507 aa  162  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  30.73 
 
 
530 aa  162  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  24.02 
 
 
499 aa  162  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  30.4 
 
 
530 aa  162  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  29.07 
 
 
508 aa  161  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  27.17 
 
 
519 aa  160  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  29.55 
 
 
492 aa  159  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  29.33 
 
 
492 aa  159  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  28.31 
 
 
490 aa  158  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  29.21 
 
 
508 aa  158  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  31.41 
 
 
495 aa  157  3e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  31.73 
 
 
502 aa  157  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  29.14 
 
 
524 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  28.14 
 
 
504 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  27.61 
 
 
504 aa  155  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  30.78 
 
 
508 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  29.66 
 
 
506 aa  154  4e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  23.68 
 
 
494 aa  154  4e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  26.5 
 
 
493 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  29.85 
 
 
507 aa  153  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  24.51 
 
 
502 aa  152  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  24.51 
 
 
502 aa  152  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  27.09 
 
 
518 aa  152  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  26.73 
 
 
498 aa  149  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  29.49 
 
 
504 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  29.38 
 
 
489 aa  148  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  29.65 
 
 
508 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  29.1 
 
 
508 aa  148  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  30.52 
 
 
494 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  28.8 
 
 
492 aa  147  6e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  30.84 
 
 
507 aa  147  6e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  27.33 
 
 
500 aa  145  1e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  27.55 
 
 
512 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  28.81 
 
 
494 aa  144  3e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  26.16 
 
 
497 aa  143  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  29.76 
 
 
512 aa  143  7e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  29.76 
 
 
512 aa  143  7e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  29.55 
 
 
512 aa  143  7e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  29.18 
 
 
495 aa  143  8e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  22.54 
 
 
511 aa  142  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  26.63 
 
 
546 aa  142  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.487747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>