More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1108 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  100 
 
 		 500 aa  955    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  67.83 
 
 		 475 aa  597  1e-169  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  59.83 
 
 		 496 aa  494  9.999999999999999e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  61.39 
 
 		 452 aa  464  1e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  58.56 
 
 		 495 aa  439  9.999999999999999e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  52.47 
 
 		 495 aa  410  1e-113  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  53.06 
 
 		 495 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  44.65 
 
 		 471 aa  287  2e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  38.8 
 
 		 491 aa  262  8.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  36.31 
 
 		 495 aa  261  3e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  38.46 
 
 		 516 aa  259  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  36.29 
 
 		 516 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  38.68 
 
 		 495 aa  250  3e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  37.63 
 
 		 502 aa  250  4e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  36.22 
 
 		 524 aa  249  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  37.58 
 
 		 509 aa  249  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  36.69 
 
 		 519 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  36.89 
 
 		 503 aa  237  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  31.45 
 
 		 511 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  33.2 
 
 		 512 aa  231  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  33.4 
 
 		 509 aa  230  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  37.06 
 
 		 520 aa  230  4e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  33.4 
 
 		 512 aa  230  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  33.2 
 
 		 512 aa  230  5e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  34 
 
 		 505 aa  229  6e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  35.99 
 
 		 515 aa  228  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  38.59 
 
 		 499 aa  228  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  39.11 
 
 		 499 aa  227  3e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  32.03 
 
 		 518 aa  226  8e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  27.54 
 
 		 502 aa  221  3e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  27.54 
 
 		 502 aa  221  3e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  32.78 
 
 		 509 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  37.95 
 
 		 511 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  28.8 
 
 		 497 aa  219  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  28.8 
 
 		 497 aa  219  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  37.76 
 
 		 512 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  34.68 
 
 		 508 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  33 
 
 		 508 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  32.21 
 
 		 497 aa  214  2.9999999999999995e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  30.62 
 
 		 519 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  35.33 
 
 		 492 aa  211  2e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  33.06 
 
 		 507 aa  211  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  32.13 
 
 		 518 aa  211  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  29.58 
 
 		 511 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  37.72 
 
 		 499 aa  208  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  31.45 
 
 		 507 aa  207  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  28.76 
 
 		 492 aa  207  5e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  29.72 
 
 		 475 aa  204  2e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  29.98 
 
 		 511 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  32.51 
 
 		 508 aa  204  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  32.51 
 
 		 508 aa  203  5e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  32.14 
 
 		 524 aa  200  5e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  30.79 
 
 		 508 aa  199  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  29.78 
 
 		 511 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  31.12 
 
 		 498 aa  197  4.0000000000000005e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  31.26 
 
 		 512 aa  193  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  25.94 
 
 		 537 aa  192  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  31.74 
 
 		 518 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  31.74 
 
 		 518 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  27.45 
 
 		 497 aa  190  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  31.03 
 
 		 504 aa  189  8e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  28.46 
 
 		 504 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  29.37 
 
 		 553 aa  187  5e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  30.35 
 
 		 490 aa  186  6e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3491  phytoene desaturase  37.43 
 
 		 551 aa  186  7e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  32.33 
 
 		 503 aa  186  8e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3513  methoxyneurosporene dehydrogenase  36.38 
 
 		 532 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.705776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  34.13 
 
 		 506 aa  184  3e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  29.08 
 
 		 492 aa  182  9.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  34.55 
 
 		 523 aa  181  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  27.94 
 
 		 492 aa  180  7e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  30.66 
 
 		 492 aa  179  9e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  26.43 
 
 		 493 aa  178  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  30.56 
 
 		 530 aa  177  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  29.69 
 
 		 498 aa  176  7e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  33.66 
 
 		 525 aa  176  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  31.49 
 
 		 519 aa  175  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  31.3 
 
 		 530 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  32.2 
 
 		 536 aa  175  1.9999999999999998e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  22.14 
 
 		 494 aa  172  1e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3082  UDP-galactopyranose mutase  33.73 
 
 		 432 aa  171  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.319851  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  30.35 
 
 		 530 aa  171  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  22.31 
 
 		 488 aa  170  4e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  29.41 
 
 		 496 aa  170  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  27.6 
 
 		 504 aa  169  8e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  30.31 
 
 		 492 aa  169  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  34.06 
 
 		 494 aa  169  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  28.09 
 
 		 531 aa  169  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  29.62 
 
 		 506 aa  169  1e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  21.23 
 
 		 499 aa  169  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  27.87 
 
 		 493 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  31.68 
 
 		 503 aa  167  4e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2891  phytoene desaturase  36.08 
 
 		 550 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.101189 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12770  phytoene desaturase  33.02 
 
 		 532 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.500323 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  32.74 
 
 		 489 aa  166  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  29.83 
 
 		 556 aa  165  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  24.95 
 
 		 488 aa  165  2.0000000000000002e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  31.57 
 
 		 529 aa  163  9e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  31.52 
 
 		 492 aa  159  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  31.63 
 
 		 552 aa  159  2e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>