More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0271 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  92.47 
 
 		 518 aa  989    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  100 
 
 		 518 aa  1055    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  63.81 
 
 		 519 aa  671    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  68.57 
 
 		 524 aa  704    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  100 
 
 		 518 aa  1055    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  53.01 
 
 		 512 aa  518  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  52.59 
 
 		 507 aa  514  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  51.32 
 
 		 511 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  50 
 
 		 511 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  51.2 
 
 		 508 aa  502  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  49.7 
 
 		 511 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  49.5 
 
 		 511 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  50.31 
 
 		 508 aa  491  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  49.8 
 
 		 507 aa  486  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  49.9 
 
 		 508 aa  474  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  49.9 
 
 		 508 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  48.47 
 
 		 508 aa  457  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  43.7 
 
 		 492 aa  425  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  44.88 
 
 		 504 aa  419  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  43.58 
 
 		 492 aa  403  1e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  42.71 
 
 		 531 aa  404  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  43.87 
 
 		 492 aa  402  9.999999999999999e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  44.15 
 
 		 505 aa  396  1e-109  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  39.64 
 
 		 537 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  42.89 
 
 		 504 aa  383  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  40.7 
 
 		 493 aa  378  1e-103  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  41.19 
 
 		 492 aa  374  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  42.46 
 
 		 495 aa  374  1e-102  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  38.55 
 
 		 549 aa  365  2e-99  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  41.96 
 
 		 496 aa  353  4e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  38.81 
 
 		 546 aa  353  5.9999999999999994e-96  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  39.92 
 
 		 498 aa  340  2.9999999999999998e-92  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  36.6 
 
 		 553 aa  335  1e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  36.11 
 
 		 552 aa  334  2e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  35.48 
 
 		 556 aa  307  3e-82  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  34.55 
 
 		 525 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  34.28 
 
 		 497 aa  267  4e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  34.74 
 
 		 530 aa  251  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  34.47 
 
 		 530 aa  251  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  34.14 
 
 		 530 aa  251  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  28.95 
 
 		 502 aa  251  3e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  28.95 
 
 		 502 aa  251  3e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  30.67 
 
 		 553 aa  249  1e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  31.42 
 
 		 529 aa  232  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  32.79 
 
 		 506 aa  231  3e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  30.12 
 
 		 494 aa  229  9e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  31.72 
 
 		 509 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  31.26 
 
 		 492 aa  225  1e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  31.07 
 
 		 512 aa  224  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  31.07 
 
 		 512 aa  224  4e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  31.55 
 
 		 519 aa  223  4e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  33.2 
 
 		 492 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  30.87 
 
 		 512 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  30.22 
 
 		 504 aa  221  3e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  30.88 
 
 		 492 aa  218  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  30.93 
 
 		 499 aa  212  1e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  31.91 
 
 		 509 aa  211  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  30.04 
 
 		 503 aa  209  1e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  29.84 
 
 		 504 aa  206  7e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  30.49 
 
 		 507 aa  205  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  29.19 
 
 		 512 aa  203  6e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  31.4 
 
 		 502 aa  202  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  29.41 
 
 		 512 aa  201  3e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  29.41 
 
 		 512 aa  201  3e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  29.47 
 
 		 503 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  31.66 
 
 		 492 aa  198  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  29.77 
 
 		 502 aa  196  6e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  25 
 
 		 499 aa  196  9e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  30.3 
 
 		 498 aa  195  2e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  28.57 
 
 		 497 aa  192  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  28.69 
 
 		 495 aa  192  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  31.28 
 
 		 491 aa  191  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  29.44 
 
 		 509 aa  191  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  27.62 
 
 		 490 aa  188  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  27.68 
 
 		 511 aa  186  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  28.97 
 
 		 506 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  26.8 
 
 		 518 aa  184  3e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  28.68 
 
 		 552 aa  182  1e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  27.03 
 
 		 519 aa  182  2e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  28.02 
 
 		 500 aa  182  2e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  32.01 
 
 		 494 aa  179  1e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  28.86 
 
 		 506 aa  177  4e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  26.23 
 
 		 493 aa  176  6e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  29.66 
 
 		 494 aa  176  9e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  26.99 
 
 		 501 aa  176  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  29.96 
 
 		 489 aa  176  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  28.86 
 
 		 490 aa  171  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  28.66 
 
 		 491 aa  171  2e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  30.42 
 
 		 495 aa  171  3e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  26.87 
 
 		 521 aa  171  3e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  25.56 
 
 		 488 aa  169  8e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  27.22 
 
 		 527 aa  158  2e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  29.77 
 
 		 500 aa  158  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21220  phytoene desaturase  28.96 
 
 		 566 aa  157  3e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  26.1 
 
 		 488 aa  155  2e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  28.37 
 
 		 496 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  27.29 
 
 		 516 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  27.56 
 
 		 524 aa  154  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  28.42 
 
 		 496 aa  149  9e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  26.81 
 
 		 536 aa  149  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>