More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3225 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  100 
 
 		 475 aa  914    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  67.43 
 
 		 500 aa  554  1e-156  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  57.89 
 
 		 496 aa  456  1e-127  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  55.73 
 
 		 452 aa  417  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  57.68 
 
 		 495 aa  409  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  50.61 
 
 		 495 aa  385  1e-106  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  50.2 
 
 		 495 aa  379  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  47.59 
 
 		 471 aa  323  4e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  38.53 
 
 		 495 aa  275  9e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  39.16 
 
 		 491 aa  265  1e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  37.74 
 
 		 502 aa  255  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  39.83 
 
 		 495 aa  254  3e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  33.89 
 
 		 518 aa  239  6.999999999999999e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  34.66 
 
 		 509 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  36.56 
 
 		 509 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  34.78 
 
 		 516 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  36.14 
 
 		 503 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  37.05 
 
 		 520 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  32.7 
 
 		 509 aa  213  7.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  32.79 
 
 		 512 aa  205  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  31.83 
 
 		 512 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  32.64 
 
 		 505 aa  204  2e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  31.83 
 
 		 512 aa  204  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  30.25 
 
 		 511 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  32.16 
 
 		 524 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  32.51 
 
 		 516 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  30.35 
 
 		 553 aa  200  3.9999999999999996e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  34.05 
 
 		 499 aa  199  7e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  25.98 
 
 		 502 aa  198  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  25.98 
 
 		 502 aa  198  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  32.36 
 
 		 515 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  35.21 
 
 		 499 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  29.35 
 
 		 492 aa  197  3e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  28.72 
 
 		 497 aa  197  4.0000000000000005e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  28.72 
 
 		 497 aa  197  4.0000000000000005e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  29.77 
 
 		 511 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  32.43 
 
 		 508 aa  191  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  33.62 
 
 		 512 aa  190  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  33.89 
 
 		 492 aa  187  4e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  35.47 
 
 		 511 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  31.61 
 
 		 512 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  30.67 
 
 		 507 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  29.36 
 
 		 511 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  28.83 
 
 		 497 aa  180  4e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  31.9 
 
 		 519 aa  180  5.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  32.16 
 
 		 525 aa  179  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  31.86 
 
 		 519 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  30.33 
 
 		 530 aa  178  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  29.16 
 
 		 511 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3082  UDP-galactopyranose mutase  35.27 
 
 		 432 aa  177  3e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.319851  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  34.38 
 
 		 499 aa  176  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  30.13 
 
 		 530 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  30.77 
 
 		 507 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  30.04 
 
 		 529 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  31.74 
 
 		 490 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2040  phytoene dehydrogenase-related protein  33.4 
 
 		 495 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.492251 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  27.84 
 
 		 475 aa  172  1e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  33.06 
 
 		 523 aa  172  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  24.64 
 
 		 537 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  31.68 
 
 		 508 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  31.17 
 
 		 498 aa  170  5e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  30.25 
 
 		 530 aa  170  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  30.85 
 
 		 508 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  30.36 
 
 		 492 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  34 
 
 		 548 aa  165  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  30.67 
 
 		 504 aa  164  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  30.29 
 
 		 508 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  32.27 
 
 		 536 aa  163  5.0000000000000005e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  30.48 
 
 		 508 aa  163  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  30.49 
 
 		 498 aa  161  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  23.19 
 
 		 494 aa  160  6e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  27.61 
 
 		 499 aa  158  2e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  22.86 
 
 		 499 aa  157  4e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  30.23 
 
 		 492 aa  156  9e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  28.65 
 
 		 527 aa  155  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  26.75 
 
 		 490 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12770  phytoene desaturase  33.4 
 
 		 532 aa  155  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.500323 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  29.21 
 
 		 492 aa  155  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  29.22 
 
 		 518 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  28.48 
 
 		 524 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  30.71 
 
 		 503 aa  151  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  29.58 
 
 		 556 aa  152  2e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  26.19 
 
 		 497 aa  151  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  27.95 
 
 		 553 aa  150  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3513  methoxyneurosporene dehydrogenase  33.12 
 
 		 532 aa  150  6e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.705776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  27.57 
 
 		 552 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  27.33 
 
 		 504 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0266  methoxyneurosporene dehydrogenase  32.43 
 
 		 495 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  30.97 
 
 		 503 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  26.99 
 
 		 519 aa  147  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  30.9 
 
 		 494 aa  146  9e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1910  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.85 
 
 		 495 aa  146  9e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.295436 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  28.46 
 
 		 549 aa  145  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  26.3 
 
 		 501 aa  145  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  27.22 
 
 		 521 aa  145  1e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  28.35 
 
 		 546 aa  145  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  30.9 
 
 		 506 aa  144  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  28.42 
 
 		 496 aa  144  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  28.07 
 
 		 506 aa  142  9e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  25.84 
 
 		 519 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>