More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1390 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  100 
 
 		 368 aa  716    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1370  hypothetical protein  90.79 
 
 		 367 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.635669 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4702  protein of unknown function UPF0118  77.05 
 
 		 371 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605317  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4026  hypothetical protein  72.05 
 
 		 374 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  64.96 
 
 		 372 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  34.27 
 
 		 374 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  31.73 
 
 		 385 aa  182  6e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  34.04 
 
 		 434 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  28.95 
 
 		 406 aa  156  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1260  hypothetical protein  29.2 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  29.18 
 
 		 387 aa  145  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  33.23 
 
 		 393 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2995  hypothetical protein  29.19 
 
 		 377 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  32.32 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  30.6 
 
 		 406 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  30.6 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1983  protein of unknown function UPF0118  30.45 
 
 		 408 aa  130  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  27.47 
 
 		 356 aa  129  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  27.33 
 
 		 357 aa  129  7.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  30.45 
 
 		 366 aa  129  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0864  protein of unknown function UPF0118  28.21 
 
 		 388 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.407336  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8661  protein of unknown function UPF0118  31.27 
 
 		 386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  28.29 
 
 		 444 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0336  hypothetical protein  31.2 
 
 		 376 aa  123  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.115948 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0992  protein of unknown function UPF0118  27.09 
 
 		 396 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.537691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0484  hypothetical protein  32.41 
 
 		 406 aa  116  5e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4370  protein of unknown function UPF0118  28.13 
 
 		 652 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2214  hypothetical protein  27.94 
 
 		 374 aa  114  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  30.03 
 
 		 606 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2059  hypothetical protein  28.83 
 
 		 382 aa  113  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.295344  normal  0.388769 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1324  hypothetical protein  30.08 
 
 		 408 aa  112  9e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0575147  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  27.57 
 
 		 644 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  25.85 
 
 		 652 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  27.75 
 
 		 805 aa  106  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  27.73 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  25.57 
 
 		 652 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  26.82 
 
 		 650 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  26.03 
 
 		 649 aa  103  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  27.41 
 
 		 650 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  28.93 
 
 		 374 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  26.23 
 
 		 338 aa  100  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  27.37 
 
 		 680 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  26.55 
 
 		 663 aa  99.4  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  25.26 
 
 		 677 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  28.07 
 
 		 359 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2644  hypothetical protein  28.53 
 
 		 393 aa  97.8  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  26.88 
 
 		 647 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0246  transport protein  27.16 
 
 		 369 aa  96.3  8e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.33291  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  26.79 
 
 		 653 aa  95.5  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  26.51 
 
 		 384 aa  95.1  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  26.3 
 
 		 662 aa  93.2  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  27.79 
 
 		 389 aa  93.2  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0216  hypothetical protein  26.19 
 
 		 369 aa  92.8  9e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  26.01 
 
 		 359 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  27.19 
 
 		 359 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  24.21 
 
 		 680 aa  92  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  25.28 
 
 		 650 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  25.84 
 
 		 821 aa  91.3  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  24.44 
 
 		 675 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01555  transport protein  30.05 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  26.11 
 
 		 679 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  23.2 
 
 		 668 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  27.89 
 
 		 662 aa  88.6  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  25.79 
 
 		 420 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  25.83 
 
 		 647 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  26.32 
 
 		 830 aa  88.6  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  24.19 
 
 		 394 aa  87.8  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  23.2 
 
 		 679 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  26.32 
 
 		 824 aa  87.8  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  27.14 
 
 		 372 aa  87.4  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  24.86 
 
 		 394 aa  87  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3145  hypothetical protein  25.28 
 
 		 660 aa  86.7  6e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.44353  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3196  hypothetical protein  25.28 
 
 		 660 aa  86.7  6e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  26.23 
 
 		 358 aa  86.7  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  28.05 
 
 		 389 aa  86.7  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  25.15 
 
 		 344 aa  85.9  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4175  hypothetical protein  28.3 
 
 		 339 aa  85.5  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0228535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  23.51 
 
 		 368 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  23.77 
 
 		 659 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2311  hypothetical protein  25.93 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  26.81 
 
 		 350 aa  84.7  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3566  hypothetical protein  25.86 
 
 		 657 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  28.09 
 
 		 405 aa  85.1  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  25.32 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2910  hypothetical protein  27.61 
 
 		 660 aa  84.3  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381639  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  23.51 
 
 		 368 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  23.51 
 
 		 368 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  23.3 
 
 		 404 aa  84  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0555  hypothetical protein  24.79 
 
 		 380 aa  83.6  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.11052 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2398  hypothetical protein  26.28 
 
 		 389 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.17382  normal  0.699282 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  24.7 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  24.7 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  24.7 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2954  hypothetical protein  25.27 
 
 		 386 aa  82.8  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  22.57 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  22.57 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  22.57 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0209  protein of unknown function UPF0118  25.86 
 
 		 651 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  22.57 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  23.2 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>