165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3645 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  90.18 
 
 		 398 aa  665    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  100 
 
 		 396 aa  783    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  88.69 
 
 		 398 aa  661    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  76.44 
 
 		 400 aa  555  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  68.43 
 
 		 397 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  65.75 
 
 		 407 aa  478  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  63.84 
 
 		 403 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  65.66 
 
 		 406 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  63.54 
 
 		 405 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  33.75 
 
 		 415 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  32.58 
 
 		 415 aa  192  8e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  31.58 
 
 		 417 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  32.58 
 
 		 415 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  32.39 
 
 		 417 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  34.67 
 
 		 427 aa  187  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  32.33 
 
 		 415 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  31.75 
 
 		 415 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  35.22 
 
 		 405 aa  178  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  32.22 
 
 		 416 aa  178  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.08 
 
 		 416 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  31.17 
 
 		 417 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  31.17 
 
 		 417 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  31.02 
 
 		 415 aa  176  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  30.92 
 
 		 417 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.92 
 
 		 417 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  31.01 
 
 		 417 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  33 
 
 		 424 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  30.71 
 
 		 436 aa  160  4e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  31.35 
 
 		 403 aa  159  8e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  37.18 
 
 		 443 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  34.26 
 
 		 399 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  31.59 
 
 		 395 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  29.86 
 
 		 418 aa  152  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  35.07 
 
 		 296 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  26.3 
 
 		 404 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.42 
 
 		 399 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.59 
 
 		 428 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  29.16 
 
 		 432 aa  130  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  26.57 
 
 		 404 aa  129  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.03 
 
 		 407 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  26.58 
 
 		 405 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  27.56 
 
 		 433 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  27.39 
 
 		 403 aa  123  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  34.82 
 
 		 389 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  31.75 
 
 		 405 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  24.43 
 
 		 404 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  31.58 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  29.56 
 
 		 279 aa  97.1  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  30.98 
 
 		 337 aa  96.7  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  30.98 
 
 		 337 aa  96.7  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.89 
 
 		 408 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.47 
 
 		 426 aa  91.3  3e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  27.52 
 
 		 466 aa  90.9  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.4 
 
 		 408 aa  90.9  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.4 
 
 		 408 aa  90.1  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  25.94 
 
 		 387 aa  88.6  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.94 
 
 		 426 aa  84  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.44 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  24.93 
 
 		 426 aa  80.9  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  29.27 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  25.91 
 
 		 228 aa  79  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  32.61 
 
 		 312 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.95 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  29.96 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  26.64 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.4 
 
 		 390 aa  75.1  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  31.55 
 
 		 224 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.57 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3539  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  38.13 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  28.64 
 
 		 382 aa  73.2  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0491  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  37.41 
 
 		 224 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  26.96 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  32.64 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.35 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  29.3 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0492  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  38.13 
 
 		 224 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.76 
 
 		 372 aa  70.1  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  25.36 
 
 		 367 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  22.84 
 
 		 471 aa  68.9  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  28.44 
 
 		 407 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.33 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  31 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  31.54 
 
 		 198 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  31.54 
 
 		 198 aa  67  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  31.54 
 
 		 198 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.54 
 
 		 198 aa  67  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.54 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.54 
 
 		 198 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.54 
 
 		 198 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.73 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.54 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  30.27 
 
 		 224 aa  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  21.63 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  23.83 
 
 		 389 aa  63.5  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  22.43 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  25 
 
 		 366 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  24.62 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.54 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  26.04 
 
 		 379 aa  59.3  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.78 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>