204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0745 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 		 411 aa  845    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  42.01 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.93 
 
 		 400 aa  208  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  34.77 
 
 		 434 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  34.1 
 
 		 417 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  32.95 
 
 		 427 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  33.03 
 
 		 423 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  33.85 
 
 		 427 aa  178  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  32.7 
 
 		 427 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  40.91 
 
 		 383 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  30.41 
 
 		 437 aa  174  3.9999999999999995e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  45.55 
 
 		 419 aa  163  7e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.47 
 
 		 406 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  31.81 
 
 		 435 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  40.78 
 
 		 405 aa  127  5e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  28.48 
 
 		 469 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  37.43 
 
 		 375 aa  118  1.9999999999999998e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  34.12 
 
 		 453 aa  110  6e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  28.4 
 
 		 387 aa  101  3e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  26.16 
 
 		 430 aa  100  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  27.15 
 
 		 439 aa  100  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  26.71 
 
 		 413 aa  99.8  7e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  27.55 
 
 		 349 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  28.85 
 
 		 420 aa  95.1  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  28.09 
 
 		 417 aa  95.5  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  23.1 
 
 		 400 aa  89  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.12 
 
 		 413 aa  88.2  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  32.69 
 
 		 391 aa  88.2  3e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  25.27 
 
 		 374 aa  86.3  9e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  24.16 
 
 		 477 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.02 
 
 		 413 aa  85.1  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  27.02 
 
 		 425 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  23.93 
 
 		 429 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  28.14 
 
 		 409 aa  85.5  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  26.23 
 
 		 413 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  26.77 
 
 		 425 aa  82  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  26.94 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.35 
 
 		 422 aa  80.9  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  24.54 
 
 		 410 aa  80.1  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.72 
 
 		 385 aa  79.7  0.00000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  35.11 
 
 		 433 aa  79.3  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  30.23 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  25.61 
 
 		 422 aa  78.2  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  23.49 
 
 		 432 aa  76.6  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.99 
 
 		 386 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  24.43 
 
 		 461 aa  75.9  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  30.43 
 
 		 438 aa  76.3  0.000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.06 
 
 		 423 aa  76.3  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.9 
 
 		 456 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.82 
 
 		 388 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.92 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  26.33 
 
 		 401 aa  73.9  0.000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  27.84 
 
 		 402 aa  72.4  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.63 
 
 		 419 aa  72.8  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  24.93 
 
 		 495 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  27.57 
 
 		 409 aa  71.2  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  27.57 
 
 		 409 aa  71.2  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  28.44 
 
 		 405 aa  70.5  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  27.55 
 
 		 386 aa  70.1  0.00000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.97 
 
 		 409 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  22.94 
 
 		 425 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  25.34 
 
 		 393 aa  69.3  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  25.16 
 
 		 419 aa  68.9  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  29.44 
 
 		 363 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  29.05 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  24.2 
 
 		 453 aa  67.8  0.0000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  22.81 
 
 		 417 aa  67.8  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  28.21 
 
 		 398 aa  67.4  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  22.02 
 
 		 394 aa  66.6  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.61 
 
 		 401 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  23.26 
 
 		 415 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  21.64 
 
 		 390 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  23.71 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.46 
 
 		 390 aa  65.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  23.71 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.67 
 
 		 378 aa  64.3  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  29.85 
 
 		 424 aa  64.3  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 413 aa  63.2  0.000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  28.74 
 
 		 399 aa  63.5  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  27.54 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  23.73 
 
 		 429 aa  62.8  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  27.48 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 		 511 aa  62  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  31.43 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  27.74 
 
 		 473 aa  60.1  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.12 
 
 		 436 aa  59.7  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  24.31 
 
 		 401 aa  59.7  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  22.28 
 
 		 464 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.14 
 
 		 428 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  24.4 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.1 
 
 		 433 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  32.23 
 
 		 457 aa  58.5  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.61 
 
 		 453 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  31.2 
 
 		 236 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.17 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.72 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  23.1 
 
 		 426 aa  58.9  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.7 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  23.83 
 
 		 392 aa  57.8  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>