More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4098 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
233 aa  472  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  63.2 
 
 
237 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  62.77 
 
 
237 aa  278  4e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.83 
 
 
236 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.83 
 
 
236 aa  269  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.09 
 
 
236 aa  263  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.63 
 
 
236 aa  262  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  56.77 
 
 
235 aa  260  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.38 
 
 
240 aa  222  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.67 
 
 
235 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  38.74 
 
 
233 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  37.5 
 
 
236 aa  117  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.12 
 
 
205 aa  115  5e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 
236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.16 
 
 
232 aa  107  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  35.51 
 
 
233 aa  103  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.86 
 
 
209 aa  102  6e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 
232 aa  101  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2584  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.56 
 
 
213 aa  96.7  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  35.12 
 
 
205 aa  97.4  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  34.97 
 
 
1367 aa  82.8  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  34.97 
 
 
1367 aa  82.8  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.25 
 
 
203 aa  82.8  0.000000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.28 
 
 
769 aa  82.4  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.39 
 
 
238 aa  82.4  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  31.35 
 
 
218 aa  82  0.000000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.57 
 
 
247 aa  80.9  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  31.87 
 
 
1390 aa  81.3  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  32.98 
 
 
616 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.38 
 
 
233 aa  80.9  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.14 
 
 
203 aa  79.3  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.95 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  30.06 
 
 
220 aa  78.6  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.63 
 
 
719 aa  78.6  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  34.75 
 
 
209 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.18 
 
 
233 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.85 
 
 
239 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  32.2 
 
 
210 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  27.37 
 
 
209 aa  77  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
223 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.53 
 
 
706 aa  77.4  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  34.45 
 
 
218 aa  76.3  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  34.21 
 
 
719 aa  75.9  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  29.7 
 
 
729 aa  75.1  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  27.6 
 
 
1397 aa  73.9  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  30.94 
 
 
212 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.19 
 
 
233 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.16 
 
 
232 aa  73.2  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.1 
 
 
244 aa  73.2  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  27.37 
 
 
1388 aa  72.8  0.000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.89 
 
 
205 aa  72  0.000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  31.15 
 
 
1402 aa  71.6  0.000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  28.42 
 
 
1444 aa  71.6  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.29 
 
 
226 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  26.67 
 
 
207 aa  70.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  27.93 
 
 
205 aa  70.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  28.02 
 
 
1426 aa  70.1  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  26.45 
 
 
201 aa  69.7  0.00000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  28.8 
 
 
707 aa  69.7  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.75 
 
 
722 aa  68.9  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2250  hypothetical protein  27.37 
 
 
242 aa  68.9  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  27.98 
 
 
223 aa  68.9  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  27.78 
 
 
222 aa  68.6  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  30.07 
 
 
216 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.64 
 
 
226 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.43 
 
 
479 aa  68.2  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  26.29 
 
 
1465 aa  68.2  0.0000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
721 aa  67.4  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.53 
 
 
731 aa  67.4  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  29.38 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.18 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  22.94 
 
 
210 aa  66.6  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.8 
 
 
228 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  26.26 
 
 
1432 aa  66.6  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  29.27 
 
 
208 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  27.17 
 
 
209 aa  66.2  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  30.43 
 
 
584 aa  66.2  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.93 
 
 
228 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  24.24 
 
 
1433 aa  66.2  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  28.93 
 
 
695 aa  65.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  26.86 
 
 
1449 aa  65.5  0.0000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  28.14 
 
 
714 aa  65.9  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.93 
 
 
695 aa  65.5  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.29 
 
 
228 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  26.86 
 
 
1449 aa  65.1  0.0000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  27.86 
 
 
485 aa  65.1  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.29 
 
 
228 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.32 
 
 
956 aa  65.1  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  27.36 
 
 
1435 aa  65.1  0.0000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  26.16 
 
 
320 aa  64.7  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  26.49 
 
 
1407 aa  63.5  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  23.79 
 
 
203 aa  64.3  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.9 
 
 
229 aa  63.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.8 
 
 
228 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  33.33 
 
 
228 aa  63.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  28.27 
 
 
1468 aa  63.5  0.000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  25.87 
 
 
1436 aa  63.2  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.68 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0766  CRISPR-associated endoribonuclease Cas2  28.42 
 
 
359 aa  63.2  0.000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0695815 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.43 
 
 
595 aa  63.2  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>