More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3036 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  100 
 
 
453 aa  927    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  60.47 
 
 
423 aa  480  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00952  ATP-dependent RNA helicase SrmB  60.37 
 
 
407 aa  474  1e-133  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  60.63 
 
 
407 aa  477  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.97 
 
 
416 aa  469  1.0000000000000001e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.36 
 
 
412 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.68 
 
 
406 aa  463  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.18 
 
 
408 aa  451  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.8 
 
 
408 aa  451  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.17 
 
 
441 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  51.12 
 
 
441 aa  446  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.17 
 
 
441 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.04 
 
 
613 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.17 
 
 
441 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.44 
 
 
408 aa  448  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.53 
 
 
419 aa  444  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.04 
 
 
419 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.53 
 
 
419 aa  442  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.3 
 
 
419 aa  442  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.96 
 
 
411 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.78 
 
 
419 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.79 
 
 
417 aa  440  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.78 
 
 
419 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.78 
 
 
419 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.5 
 
 
420 aa  437  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.24 
 
 
420 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.24 
 
 
420 aa  435  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.55 
 
 
441 aa  431  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  50.7 
 
 
441 aa  434  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.01 
 
 
411 aa  430  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1295  ATP-dependent RNA helicase SrmB  50.69 
 
 
441 aa  426  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2794  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.08 
 
 
446 aa  424  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2753  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.31 
 
 
444 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.902304  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2837  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.31 
 
 
444 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2855  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.31 
 
 
444 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0723995  normal  0.849039 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2971  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.31 
 
 
444 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2858  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.31 
 
 
444 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.197769 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.03 
 
 
450 aa  418  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2863  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.6 
 
 
444 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202971  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02470  ATP-dependent RNA helicase  52.6 
 
 
444 aa  413  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1092  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.82 
 
 
444 aa  414  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.424436  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2732  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.6 
 
 
444 aa  413  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.500334  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2729  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.6 
 
 
444 aa  413  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0618192  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2944  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.6 
 
 
444 aa  414  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02434  hypothetical protein  52.6 
 
 
444 aa  413  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3813  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.6 
 
 
444 aa  413  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152384  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1101  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.6 
 
 
444 aa  413  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.077358  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3063  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.29 
 
 
442 aa  393  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.124776  decreased coverage  0.0000384662 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1883  DEAD/DEAH box helicase-like  43.3 
 
 
401 aa  300  3e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632816  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.15 
 
 
449 aa  299  6e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.7 
 
 
453 aa  299  7e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.46 
 
 
453 aa  295  9e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  40.09 
 
 
472 aa  294  2e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.73 
 
 
454 aa  292  7e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  36.94 
 
 
450 aa  292  1e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1437  DEAD/DEAH box helicase-like  42.56 
 
 
446 aa  291  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4039  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.04 
 
 
453 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.541201 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.21 
 
 
430 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.71 
 
 
445 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.71 
 
 
453 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  39.22 
 
 
452 aa  286  5e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.78 
 
 
440 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.78 
 
 
453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.512002  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.22 
 
 
417 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  38.5 
 
 
632 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.95 
 
 
441 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.74 
 
 
634 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.84 
 
 
447 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  42.45 
 
 
439 aa  284  3.0000000000000004e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.39 
 
 
627 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.78 
 
 
452 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0141763  normal  0.273496 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.39 
 
 
627 aa  283  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  38.39 
 
 
435 aa  281  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  39.21 
 
 
533 aa  280  5e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  38.69 
 
 
608 aa  279  6e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001255  ATP-dependent RNA helicase  37.26 
 
 
443 aa  278  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.66 
 
 
451 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.7 
 
 
456 aa  276  6e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.66 
 
 
451 aa  276  7e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.26 
 
 
449 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.44 
 
 
451 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.44 
 
 
451 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.38 
 
 
449 aa  273  6e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.01 
 
 
449 aa  272  7e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2391  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.51 
 
 
462 aa  272  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.914149  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.01 
 
 
449 aa  272  1e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.02 
 
 
439 aa  272  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0826184  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.72 
 
 
502 aa  271  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.44 
 
 
550 aa  271  2e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2606  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.74 
 
 
449 aa  270  5e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.581519  hitchhiker  0.0000000487661 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.29 
 
 
460 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000327397 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1417  DEAD/DEAH box helicase-like protein  36.47 
 
 
468 aa  268  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0306268  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.79 
 
 
514 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  34.05 
 
 
537 aa  268  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2624  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.84 
 
 
448 aa  268  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.394652  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  36.54 
 
 
516 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.54 
 
 
516 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.77 
 
 
542 aa  266  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.28 
 
 
452 aa  266  5e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05125  ATP-dependent RNA helicase  36.43 
 
 
447 aa  266  5e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>