More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2527 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
502 aa  1007    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  56.85 
 
 
456 aa  434  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  52.03 
 
 
533 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  47.4 
 
 
632 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  53.75 
 
 
634 aa  409  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.55 
 
 
441 aa  404  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  53.18 
 
 
472 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.31 
 
 
453 aa  397  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.62 
 
 
505 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.25 
 
 
627 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.7 
 
 
453 aa  391  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.25 
 
 
627 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.11 
 
 
556 aa  391  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.73 
 
 
449 aa  392  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  51.5 
 
 
608 aa  386  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  48.83 
 
 
452 aa  388  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.52 
 
 
430 aa  387  1e-106  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.47 
 
 
454 aa  388  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.12 
 
 
542 aa  385  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.86 
 
 
512 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  50.12 
 
 
516 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0659  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.23 
 
 
500 aa  385  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.97 
 
 
482 aa  385  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.174751 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.88 
 
 
482 aa  383  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  50.12 
 
 
514 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  50.5 
 
 
516 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  50.12 
 
 
516 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.12 
 
 
516 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  50.12 
 
 
516 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.36 
 
 
512 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.5 
 
 
516 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.88 
 
 
450 aa  379  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  50.12 
 
 
529 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  50.25 
 
 
516 aa  381  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.25 
 
 
514 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  49.75 
 
 
537 aa  382  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  50.12 
 
 
513 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2918  putative ATP-dependent RNA helicase  51.22 
 
 
516 aa  374  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.616126  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  49.44 
 
 
435 aa  371  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3345  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.11 
 
 
625 aa  367  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.049503 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1082  ATP-dependent DEAD/DEAH box RNA-helicase  40.54 
 
 
567 aa  362  1e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1413  DEAD/DEAH box helicase-like  41.97 
 
 
623 aa  362  1e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.15568  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  40.46 
 
 
552 aa  361  1e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1471  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.24 
 
 
649 aa  360  4e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.25269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2693  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.69 
 
 
616 aa  360  4e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1701  DEAD/DEAH box helicase-like  41.96 
 
 
624 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.529906  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.5 
 
 
516 aa  354  2e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1894  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.17 
 
 
619 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.423242 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1484  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.6 
 
 
661 aa  353  4e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104154  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5336  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.33 
 
 
707 aa  349  7e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.904936 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0325  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.42 
 
 
609 aa  347  3e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.04 
 
 
550 aa  339  7e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40 
 
 
515 aa  325  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0924  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.53 
 
 
403 aa  323  3e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  39.13 
 
 
543 aa  323  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  42.75 
 
 
445 aa  321  1.9999999999999998e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.58 
 
 
494 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.69 
 
 
571 aa  320  3e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.41 
 
 
513 aa  319  6e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.54 
 
 
479 aa  318  1e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.54 
 
 
522 aa  317  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.21 
 
 
578 aa  318  2e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.49 
 
 
515 aa  317  3e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  38.75 
 
 
527 aa  317  5e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.71 
 
 
504 aa  316  6e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.16 
 
 
601 aa  316  8e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.12 
 
 
626 aa  315  9e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.07 
 
 
426 aa  315  9e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.9 
 
 
425 aa  315  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.9 
 
 
549 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.53 
 
 
535 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.45 
 
 
522 aa  315  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  42.22 
 
 
579 aa  314  1.9999999999999998e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.8 
 
 
486 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.47 
 
 
630 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  43.8 
 
 
486 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.8 
 
 
486 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.94 
 
 
511 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.11 
 
 
549 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.78 
 
 
525 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  43.54 
 
 
484 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.1 
 
 
526 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.54 
 
 
480 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2120  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.91 
 
 
521 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308058  decreased coverage  0.00839171 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  43.54 
 
 
626 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  40.08 
 
 
574 aa  313  5.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.98 
 
 
525 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.37 
 
 
627 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.54 
 
 
480 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  43.19 
 
 
540 aa  312  7.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.62 
 
 
581 aa  312  7.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.54 
 
 
479 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.23 
 
 
466 aa  312  1e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1225  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.01 
 
 
646 aa  312  1e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.115574 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.75 
 
 
418 aa  311  2e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.01 
 
 
628 aa  311  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.75 
 
 
418 aa  311  2e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  44.82 
 
 
557 aa  310  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1809  DEAD/DEAH box helicase-like  40.18 
 
 
493 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0916178 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2391  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.55 
 
 
462 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.914149  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>