More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2815 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  100 
 
 
533 aa  1068    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.21 
 
 
441 aa  510  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  56.55 
 
 
472 aa  480  1e-134  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  55.02 
 
 
456 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.85 
 
 
634 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.42 
 
 
453 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  51.22 
 
 
632 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.08 
 
 
453 aa  438  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.83 
 
 
449 aa  436  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  54.69 
 
 
452 aa  430  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.64 
 
 
556 aa  432  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.08 
 
 
450 aa  426  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.16 
 
 
627 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.34 
 
 
514 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.94 
 
 
430 aa  423  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  54.34 
 
 
513 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  42.69 
 
 
608 aa  422  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  54.34 
 
 
516 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.16 
 
 
627 aa  422  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  54.34 
 
 
529 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.09 
 
 
512 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.85 
 
 
505 aa  421  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.09 
 
 
482 aa  420  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.41 
 
 
542 aa  419  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  54.09 
 
 
516 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  54.34 
 
 
516 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.95 
 
 
512 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.09 
 
 
516 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  54.34 
 
 
516 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  54.34 
 
 
514 aa  422  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.34 
 
 
516 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  54.14 
 
 
516 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  54.41 
 
 
537 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.03 
 
 
502 aa  414  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  52.57 
 
 
435 aa  410  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.91 
 
 
454 aa  410  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  51.58 
 
 
552 aa  401  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1082  ATP-dependent DEAD/DEAH box RNA-helicase  45.73 
 
 
567 aa  395  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0659  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.81 
 
 
500 aa  377  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.11 
 
 
516 aa  374  1e-102  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.04 
 
 
482 aa  372  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.174751 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2918  putative ATP-dependent RNA helicase  50.37 
 
 
516 aa  352  1e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.616126  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1225  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.42 
 
 
646 aa  338  1.9999999999999998e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.115574 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3345  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.5 
 
 
625 aa  337  3.9999999999999995e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.049503 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0325  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.46 
 
 
609 aa  337  5e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1413  DEAD/DEAH box helicase-like  43.19 
 
 
623 aa  337  5e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.15568  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.95 
 
 
571 aa  337  5e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03147  ATP-dependent RNA helicase  45.77 
 
 
460 aa  335  1e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.457785  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1471  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.39 
 
 
649 aa  335  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.25269 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1894  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.11 
 
 
619 aa  335  2e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.423242 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1484  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.41 
 
 
661 aa  333  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104154  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  45.95 
 
 
579 aa  333  5e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  44.23 
 
 
629 aa  332  1e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  44.23 
 
 
629 aa  331  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.69 
 
 
626 aa  331  3e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.37 
 
 
471 aa  330  3e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.22 
 
 
628 aa  330  3e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.69 
 
 
627 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.71 
 
 
559 aa  329  7e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.53 
 
 
630 aa  329  8e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.26 
 
 
626 aa  329  9e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.34 
 
 
578 aa  329  9e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.42 
 
 
550 aa  329  1.0000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0924  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.38 
 
 
403 aa  328  1.0000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.26 
 
 
425 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2693  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.34 
 
 
616 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.26 
 
 
515 aa  327  3e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.26 
 
 
515 aa  327  3e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.68 
 
 
540 aa  327  3e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.31 
 
 
598 aa  327  4.0000000000000003e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  45.81 
 
 
543 aa  326  5e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1701  DEAD/DEAH box helicase-like  43.12 
 
 
624 aa  326  6e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.529906  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.81 
 
 
408 aa  326  8.000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  44.23 
 
 
622 aa  326  8.000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.64 
 
 
480 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.29 
 
 
581 aa  325  9e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.46 
 
 
522 aa  325  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  45.29 
 
 
574 aa  325  1e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.65 
 
 
511 aa  325  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.19 
 
 
494 aa  325  1e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.64 
 
 
479 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  41.18 
 
 
495 aa  325  2e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  39.45 
 
 
535 aa  324  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  46.46 
 
 
485 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5336  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.62 
 
 
707 aa  325  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.904936 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  45.45 
 
 
453 aa  324  2e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  46.46 
 
 
485 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  46.46 
 
 
485 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.34 
 
 
515 aa  324  3e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  46.46 
 
 
485 aa  323  4e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.46 
 
 
485 aa  323  4e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.46 
 
 
482 aa  323  5e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  46.46 
 
 
486 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.46 
 
 
486 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  47.11 
 
 
506 aa  323  6e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.46 
 
 
486 aa  323  6e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  38 
 
 
613 aa  322  8e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  46.19 
 
 
484 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0191  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.32 
 
 
609 aa  322  9.000000000000001e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0220  ATP-dependent RNA helicase  46.32 
 
 
609 aa  322  9.000000000000001e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.986223  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>