More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2564 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  84 
 
 
608 aa  686    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.39 
 
 
627 aa  689    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  75.52 
 
 
632 aa  888    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.94 
 
 
627 aa  691    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  100 
 
 
634 aa  1264    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.82 
 
 
556 aa  533  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  63.9 
 
 
482 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  64.08 
 
 
516 aa  513  1e-144  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.08 
 
 
516 aa  513  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  64.08 
 
 
516 aa  513  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  64.08 
 
 
529 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  64.08 
 
 
516 aa  513  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  64.08 
 
 
513 aa  513  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  64.08 
 
 
514 aa  508  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.53 
 
 
512 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.69 
 
 
514 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  63.75 
 
 
537 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  64.44 
 
 
516 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64 
 
 
542 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.65 
 
 
512 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.44 
 
 
516 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.81 
 
 
505 aa  503  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  64.36 
 
 
516 aa  500  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  60.9 
 
 
472 aa  482  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  56 
 
 
456 aa  474  1e-132  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.81 
 
 
453 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  53.09 
 
 
533 aa  457  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.5 
 
 
449 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.74 
 
 
430 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.11 
 
 
453 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  50.97 
 
 
452 aa  433  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.32 
 
 
441 aa  434  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.51 
 
 
454 aa  432  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.54 
 
 
450 aa  422  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  52.47 
 
 
435 aa  424  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.3 
 
 
502 aa  414  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1082  ATP-dependent DEAD/DEAH box RNA-helicase  43.62 
 
 
567 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  47.8 
 
 
552 aa  401  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.25 
 
 
482 aa  390  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.174751 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0659  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.64 
 
 
500 aa  391  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3345  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.91 
 
 
625 aa  380  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.049503 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1471  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.17 
 
 
649 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.25269 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1413  DEAD/DEAH box helicase-like  44.09 
 
 
623 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.15568  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.73 
 
 
516 aa  370  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1484  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.62 
 
 
661 aa  369  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104154  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.07 
 
 
626 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2918  putative ATP-dependent RNA helicase  49.53 
 
 
516 aa  364  3e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.616126  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2693  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.91 
 
 
616 aa  364  3e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0325  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.76 
 
 
609 aa  362  8e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.07 
 
 
626 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1701  DEAD/DEAH box helicase-like  42.6 
 
 
624 aa  359  9.999999999999999e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.529906  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41 
 
 
627 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  42.24 
 
 
622 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.5 
 
 
629 aa  356  7.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.33 
 
 
628 aa  353  4e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5336  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.83 
 
 
707 aa  353  5e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.904936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1894  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.03 
 
 
619 aa  350  5e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.423242 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.46 
 
 
630 aa  350  5e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  42.71 
 
 
629 aa  350  6e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  48.63 
 
 
425 aa  350  6e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0924  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.78 
 
 
403 aa  347  4e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  49.23 
 
 
506 aa  347  5e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.49 
 
 
540 aa  345  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.48 
 
 
471 aa  343  7e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  40.42 
 
 
527 aa  343  8e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.45 
 
 
413 aa  341  2e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.23 
 
 
485 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.71 
 
 
441 aa  341  2.9999999999999998e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  48.21 
 
 
557 aa  340  4e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.25 
 
 
418 aa  339  7e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.08 
 
 
571 aa  339  7e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.25 
 
 
418 aa  339  7e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.12 
 
 
485 aa  339  8e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.12 
 
 
485 aa  339  8e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  47.12 
 
 
485 aa  339  9e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.12 
 
 
485 aa  339  9e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.37 
 
 
480 aa  339  9e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.75 
 
 
482 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.25 
 
 
479 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  46.87 
 
 
543 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.84 
 
 
578 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.06 
 
 
515 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.06 
 
 
515 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.39 
 
 
511 aa  338  2.9999999999999997e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.84 
 
 
577 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.12 
 
 
515 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  47.37 
 
 
486 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.37 
 
 
486 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.37 
 
 
486 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.33 
 
 
598 aa  337  5e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.82 
 
 
581 aa  337  5e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  47.33 
 
 
579 aa  336  5.999999999999999e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.78 
 
 
488 aa  336  7.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  44.92 
 
 
469 aa  335  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  46.35 
 
 
477 aa  335  2e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  43.59 
 
 
574 aa  334  2e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.12 
 
 
480 aa  335  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 
479 aa  334  3e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.85 
 
 
565 aa  334  4e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  40.11 
 
 
639 aa  333  5e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>