More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3043 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  81.68 
 
 
450 aa  736    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
452 aa  907    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.54 
 
 
453 aa  625  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.52 
 
 
449 aa  601  1.0000000000000001e-171  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.15 
 
 
453 aa  595  1e-169  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.27 
 
 
454 aa  571  1e-161  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.11 
 
 
430 aa  518  1e-146  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  62.65 
 
 
435 aa  511  1e-144  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  64.91 
 
 
472 aa  498  1e-140  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  54.95 
 
 
456 aa  474  1e-132  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.89 
 
 
441 aa  434  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  54.69 
 
 
533 aa  431  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  55.3 
 
 
634 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  55.05 
 
 
632 aa  428  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.11 
 
 
627 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.11 
 
 
627 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  52.77 
 
 
608 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.22 
 
 
556 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.12 
 
 
482 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.12 
 
 
512 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.12 
 
 
512 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  52.87 
 
 
516 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.87 
 
 
516 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  52.87 
 
 
513 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  52.87 
 
 
516 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  52.87 
 
 
516 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  52.87 
 
 
529 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  52.87 
 
 
516 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.87 
 
 
516 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.87 
 
 
514 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  52.87 
 
 
516 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.13 
 
 
542 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  52.87 
 
 
514 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.61 
 
 
516 aa  404  1e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  51.88 
 
 
537 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1082  ATP-dependent DEAD/DEAH box RNA-helicase  51.32 
 
 
567 aa  398  9.999999999999999e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  51.58 
 
 
552 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.85 
 
 
505 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.25 
 
 
502 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  45.74 
 
 
495 aa  380  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.46 
 
 
628 aa  374  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  50.37 
 
 
477 aa  369  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.21 
 
 
426 aa  372  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  47.59 
 
 
510 aa  371  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.71 
 
 
452 aa  370  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.59 
 
 
513 aa  366  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  45.24 
 
 
543 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.92 
 
 
456 aa  366  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  47.58 
 
 
435 aa  367  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  50.79 
 
 
485 aa  364  1e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  50.79 
 
 
485 aa  364  2e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.79 
 
 
485 aa  364  2e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.52 
 
 
598 aa  364  2e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  50.79 
 
 
485 aa  364  2e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.66 
 
 
515 aa  364  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  50.79 
 
 
485 aa  364  2e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  47.12 
 
 
447 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.66 
 
 
522 aa  363  4e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.13 
 
 
452 aa  363  4e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.57 
 
 
463 aa  363  4e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.06 
 
 
599 aa  363  4e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  50.53 
 
 
445 aa  362  5.0000000000000005e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.79 
 
 
482 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  51.85 
 
 
506 aa  362  7.0000000000000005e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.66 
 
 
581 aa  360  2e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.79 
 
 
486 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  50.79 
 
 
484 aa  361  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.87 
 
 
601 aa  360  2e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.96 
 
 
515 aa  360  2e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.96 
 
 
515 aa  360  2e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.79 
 
 
486 aa  361  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  50.79 
 
 
486 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.53 
 
 
480 aa  361  2e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.53 
 
 
479 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 
577 aa  360  4e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.26 
 
 
578 aa  360  4e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.87 
 
 
453 aa  359  5e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.13 
 
 
455 aa  359  6e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.39 
 
 
488 aa  359  7e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.17 
 
 
540 aa  358  8e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
454 aa  358  8e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  49.87 
 
 
454 aa  358  9e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.87 
 
 
454 aa  358  9e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
454 aa  358  9e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
455 aa  358  9e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 
480 aa  358  9e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  49.87 
 
 
454 aa  358  9e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
454 aa  358  9e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.03 
 
 
494 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  48.69 
 
 
540 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  50.52 
 
 
557 aa  357  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.6 
 
 
454 aa  357  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  47.09 
 
 
469 aa  356  3.9999999999999996e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.66 
 
 
511 aa  356  5e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.6 
 
 
454 aa  356  5e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  47.71 
 
 
449 aa  356  5e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.41 
 
 
499 aa  356  5.999999999999999e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  46.19 
 
 
574 aa  355  7.999999999999999e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.34 
 
 
453 aa  355  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.34 
 
 
453 aa  355  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>