More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2391 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2205  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  79 
 
 		 449 aa  729    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000325199 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1884  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.6 
 
 		 488 aa  641    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.972108 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2391  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 462 aa  944    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.914149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2926  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.81 
 
 		 468 aa  634  1e-180  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2004  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.22 
 
 		 467 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0563026  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01406  hypothetical protein  69.1 
 
 		 411 aa  595  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.08 
 
 		 439 aa  597  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0826184  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2052  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.44 
 
 		 467 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.15758  hitchhiker  0.00350399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2335  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.5 
 
 		 467 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0940399  normal  0.127544 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1989  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.5 
 
 		 467 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2189  putative ATP-dependent RNA helicase  71.83 
 
 		 398 aa  588  1e-167  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1018  ATP-dependent RNA helicase RhlE  71.68 
 
 		 397 aa  586  1e-166  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004056  ATP-dependent RNA helicase  70.66 
 
 		 402 aa  585  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.668799  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1769  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.55 
 
 		 467 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.327095  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2571  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  60.13 
 
 		 475 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2376  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.53 
 
 		 491 aa  568  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.338708  normal  0.0711537 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0891  DEAD/DEAH box helicase-like protein  61.82 
 
 		 473 aa  568  1e-161  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2168  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.91 
 
 		 487 aa  568  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.177474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2245  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.13 
 
 		 487 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.337747  normal  0.540816 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0383  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.39 
 
 		 464 aa  552  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0838  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  66.5 
 
 		 403 aa  542  1e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0794098  normal  0.50041 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1418  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  67.09 
 
 		 401 aa  532  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1015  DEAD/DEAH box helicase-like  64.38 
 
 		 393 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.100482  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1509  DNA topoisomerase III  63.22 
 
 		 398 aa  516  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.569341  hitchhiker  0.00000206936 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1892  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.78 
 
 		 398 aa  514  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.44 
 
 		 550 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  52.41 
 
 		 445 aa  463  1e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.99 
 
 		 549 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  51.69 
 
 		 535 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.97 
 
 		 515 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.87 
 
 		 525 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.78 
 
 		 578 aa  456  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.22 
 
 		 513 aa  457  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.17 
 
 		 525 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.56 
 
 		 526 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  56.36 
 
 		 516 aa  452  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.11 
 
 		 549 aa  451  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.78 
 
 		 511 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.56 
 
 		 494 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50.45 
 
 		 452 aa  444  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.57 
 
 		 463 aa  444  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.1 
 
 		 491 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.89 
 
 		 496 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  49.77 
 
 		 495 aa  435  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  50.81 
 
 		 435 aa  437  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  53.37 
 
 		 429 aa  429  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.14 
 
 		 533 aa  431  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.33 
 
 		 477 aa  430  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  54.52 
 
 		 466 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.47 
 
 		 451 aa  427  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  45.85 
 
 		 527 aa  422  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.22 
 
 		 522 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.76 
 
 		 480 aa  411  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.58 
 
 		 426 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  54.4 
 
 		 414 aa  405  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  53.19 
 
 		 398 aa  404  1e-111  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.39 
 
 		 443 aa  403  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0320  hypothetical protein  53.87 
 
 		 414 aa  400  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.46 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.42 
 
 		 476 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  45.59 
 
 		 543 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.89 
 
 		 477 aa  396  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  52.25 
 
 		 506 aa  398  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.13 
 
 		 515 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  51.06 
 
 		 454 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.06 
 
 		 454 aa  393  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 454 aa  393  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  51.06 
 
 		 454 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.91 
 
 		 456 aa  394  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 454 aa  392  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.56 
 
 		 540 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 454 aa  392  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 455 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 454 aa  393  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.22 
 
 		 565 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.32 
 
 		 452 aa  389  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.24 
 
 		 480 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  51.43 
 
 		 425 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.79 
 
 		 454 aa  390  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 453 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 453 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  51.98 
 
 		 486 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.98 
 
 		 486 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.98 
 
 		 486 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 453 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  49.16 
 
 		 540 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.72 
 
 		 485 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  51.72 
 
 		 485 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.72 
 
 		 479 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  51.72 
 
 		 485 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  51.72 
 
 		 484 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 453 aa  388  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.04 
 
 		 471 aa  386  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.53 
 
 		 418 aa  387  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  51.72 
 
 		 485 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.59 
 
 		 522 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.53 
 
 		 418 aa  387  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  51.72 
 
 		 485 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.72 
 
 		 480 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 453 aa  388  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>