More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2571 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2571  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  100 
 
 		 475 aa  972    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1769  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  77.26 
 
 		 467 aa  737    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.327095  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2335  DEAD/DEAH box helicase domain protein  73.47 
 
 		 467 aa  702    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0940399  normal  0.127544 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1989  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73 
 
 		 467 aa  699    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2052  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73 
 
 		 467 aa  697    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.15758  hitchhiker  0.00350399 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2168  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  84.69 
 
 		 487 aa  823    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.177474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2004  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.21 
 
 		 467 aa  699    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0563026  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2245  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  84.08 
 
 		 487 aa  819    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.337747  normal  0.540816 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2376  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  82.69 
 
 		 491 aa  814    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.338708  normal  0.0711537 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0838  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  74.1 
 
 		 403 aa  593  1e-168  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0794098  normal  0.50041 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2189  putative ATP-dependent RNA helicase  71.79 
 
 		 398 aa  587  1e-166  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2926  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.59 
 
 		 468 aa  580  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.84 
 
 		 439 aa  579  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0826184  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0891  DEAD/DEAH box helicase-like protein  65.39 
 
 		 473 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2205  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.56 
 
 		 449 aa  568  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000325199 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2391  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.83 
 
 		 462 aa  561  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.914149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1884  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.46 
 
 		 488 aa  551  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.972108 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1509  DNA topoisomerase III  66.75 
 
 		 398 aa  548  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.569341  hitchhiker  0.00000206936 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1018  ATP-dependent RNA helicase RhlE  68.21 
 
 		 397 aa  550  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004056  ATP-dependent RNA helicase  65.98 
 
 		 402 aa  545  1e-154  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.668799  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01406  hypothetical protein  66.24 
 
 		 411 aa  547  1e-154  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1418  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  66.08 
 
 		 401 aa  541  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0383  ATP-dependent RNA helicase RhlE  60.96 
 
 		 464 aa  543  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1892  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.65 
 
 		 398 aa  524  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1015  DEAD/DEAH box helicase-like  63.43 
 
 		 393 aa  509  1e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.100482  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.85 
 
 		 550 aa  442  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  51.68 
 
 		 445 aa  439  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  53.44 
 
 		 516 aa  438  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.72 
 
 		 578 aa  433  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.2 
 
 		 549 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  49.02 
 
 		 495 aa  434  1e-120  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  54.52 
 
 		 466 aa  429  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.31 
 
 		 535 aa  430  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.96 
 
 		 549 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.2 
 
 		 525 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.25 
 
 		 526 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.98 
 
 		 525 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.67 
 
 		 451 aa  426  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.23 
 
 		 515 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  52.37 
 
 		 452 aa  422  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  53.21 
 
 		 435 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  49.42 
 
 		 429 aa  423  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.36 
 
 		 443 aa  424  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.92 
 
 		 491 aa  423  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  50.39 
 
 		 527 aa  418  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.17 
 
 		 463 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.25 
 
 		 477 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.39 
 
 		 522 aa  414  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.52 
 
 		 513 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.78 
 
 		 494 aa  413  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.44 
 
 		 496 aa  412  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.21 
 
 		 511 aa  415  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4664  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  52.62 
 
 		 442 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  54.13 
 
 		 414 aa  410  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.7 
 
 		 533 aa  409  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.84 
 
 		 462 aa  410  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4297  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  52.09 
 
 		 442 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.39 
 
 		 480 aa  405  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  52.45 
 
 		 454 aa  404  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.45 
 
 		 454 aa  404  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  52.45 
 
 		 454 aa  404  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.68 
 
 		 479 aa  402  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.45 
 
 		 455 aa  404  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.45 
 
 		 454 aa  404  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.45 
 
 		 454 aa  404  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.2 
 
 		 454 aa  402  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.45 
 
 		 454 aa  404  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.2 
 
 		 565 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.52 
 
 		 426 aa  405  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.56 
 
 		 480 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  52.05 
 
 		 540 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.56 
 
 		 486 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.42 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0320  hypothetical protein  53.07 
 
 		 414 aa  400  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  50.12 
 
 		 425 aa  400  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.42 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.56 
 
 		 486 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.2 
 
 		 560 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  53.68 
 
 		 484 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.42 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.2 
 
 		 454 aa  401  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.42 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.42 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  52.11 
 
 		 543 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  53.56 
 
 		 486 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.26 
 
 		 443 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.77 
 
 		 480 aa  398  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  52.63 
 
 		 485 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.63 
 
 		 485 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.94 
 
 		 452 aa  396  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  52.52 
 
 		 506 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  52.63 
 
 		 485 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.77 
 
 		 479 aa  398  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.67 
 
 		 476 aa  396  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 		 439 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.38 
 
 		 522 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.37 
 
 		 515 aa  398  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 		 443 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  52.63 
 
 		 485 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 		 443 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>