More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1884 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2205  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.84 
 
 		 449 aa  650    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000325199 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1884  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 488 aa  992    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.972108 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2391  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  71.62 
 
 		 462 aa  623  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.914149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2926  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.17 
 
 		 468 aa  592  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01406  hypothetical protein  71.07 
 
 		 411 aa  580  1e-164  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004056  ATP-dependent RNA helicase  70.56 
 
 		 402 aa  578  1e-164  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.668799  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1018  ATP-dependent RNA helicase RhlE  69.97 
 
 		 397 aa  578  1.0000000000000001e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.19 
 
 		 439 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0826184  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0383  ATP-dependent RNA helicase RhlE  60.04 
 
 		 464 aa  559  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2189  putative ATP-dependent RNA helicase  67.94 
 
 		 398 aa  559  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2168  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.11 
 
 		 487 aa  558  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.177474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2245  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.52 
 
 		 487 aa  561  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.337747  normal  0.540816 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1769  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.14 
 
 		 467 aa  553  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.327095  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2571  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  57.46 
 
 		 475 aa  551  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1989  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.26 
 
 		 467 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2004  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.47 
 
 		 467 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0563026  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2052  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.85 
 
 		 467 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.15758  hitchhiker  0.00350399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2335  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.26 
 
 		 467 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0940399  normal  0.127544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2376  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.43 
 
 		 491 aa  545  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.338708  normal  0.0711537 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0891  DEAD/DEAH box helicase-like protein  59.28 
 
 		 473 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1509  DNA topoisomerase III  62.94 
 
 		 398 aa  511  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.569341  hitchhiker  0.00000206936 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0838  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  63.59 
 
 		 403 aa  511  1e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0794098  normal  0.50041 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1418  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  62.53 
 
 		 401 aa  504  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1015  DEAD/DEAH box helicase-like  61.32 
 
 		 393 aa  497  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.100482  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1892  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.3 
 
 		 398 aa  495  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  51.34 
 
 		 445 aa  432  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  49.14 
 
 		 516 aa  420  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.8 
 
 		 550 aa  419  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.09 
 
 		 463 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.78 
 
 		 535 aa  410  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.17 
 
 		 578 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  52.7 
 
 		 435 aa  410  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.42 
 
 		 525 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.67 
 
 		 525 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.67 
 
 		 515 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  51.3 
 
 		 429 aa  406  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.95 
 
 		 549 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.83 
 
 		 549 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.67 
 
 		 526 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  47.32 
 
 		 495 aa  405  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.59 
 
 		 491 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.09 
 
 		 511 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.41 
 
 		 513 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.63 
 
 		 496 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.04 
 
 		 494 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.01 
 
 		 451 aa  394  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.2 
 
 		 533 aa  394  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  45.03 
 
 		 527 aa  394  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.9 
 
 		 522 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 		 443 aa  389  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.78 
 
 		 477 aa  390  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.86 
 
 		 452 aa  388  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.27 
 
 		 466 aa  382  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.64 
 
 		 480 aa  382  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  51.34 
 
 		 414 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  46.68 
 
 		 540 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0320  hypothetical protein  51.07 
 
 		 414 aa  375  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.91 
 
 		 565 aa  375  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.31 
 
 		 426 aa  375  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.39 
 
 		 560 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.47 
 
 		 462 aa  371  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  50 
 
 		 506 aa  368  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  47.64 
 
 		 449 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.94 
 
 		 454 aa  364  1e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.47 
 
 		 476 aa  365  1e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  48.94 
 
 		 454 aa  364  2e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.94 
 
 		 454 aa  364  2e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.94 
 
 		 454 aa  364  2e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.94 
 
 		 455 aa  364  2e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.21 
 
 		 441 aa  364  2e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.94 
 
 		 454 aa  364  2e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  48.94 
 
 		 454 aa  364  2e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.66 
 
 		 439 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.94 
 
 		 454 aa  364  2e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  47.4 
 
 		 443 aa  363  3e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.68 
 
 		 453 aa  363  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.68 
 
 		 453 aa  363  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  48.67 
 
 		 398 aa  363  3e-99  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.68 
 
 		 453 aa  363  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.68 
 
 		 453 aa  363  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.4 
 
 		 443 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.68 
 
 		 453 aa  363  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4664  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  48.43 
 
 		 442 aa  362  8e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.68 
 
 		 454 aa  362  9e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50 
 
 		 456 aa  362  1e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.21 
 
 		 477 aa  361  2e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.4 
 
 		 443 aa  361  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4569  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.17 
 
 		 483 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5192  DEAD/DEAH box helicase-like  48.17 
 
 		 507 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1362  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.1 
 
 		 469 aa  360  3e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.17 
 
 		 507 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.110628 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.09 
 
 		 540 aa  360  3e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  47.38 
 
 		 447 aa  360  3e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  48.04 
 
 		 446 aa  360  4e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4297  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  47.64 
 
 		 442 aa  359  5e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  47.14 
 
 		 447 aa  359  5e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  48.84 
 
 		 425 aa  359  6e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7264  DEAD/DEAH box helicase  47.38 
 
 		 481 aa  359  6e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.21 
 
 		 492 aa  359  7e-98  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.82 
 
 		 628 aa  359  7e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>