More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4920 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  79.15 
 
 
443 aa  698    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  78.92 
 
 
439 aa  690    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4664  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  81.61 
 
 
442 aa  719    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  78.48 
 
 
443 aa  692    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4297  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  81.61 
 
 
442 aa  691    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  79.15 
 
 
443 aa  699    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
446 aa  902    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.93 
 
 
447 aa  617  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  71.2 
 
 
449 aa  598  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  68.97 
 
 
447 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  71.61 
 
 
447 aa  558  1e-158  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4569  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.27 
 
 
483 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474956 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.54 
 
 
507 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.110628 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5192  DEAD/DEAH box helicase-like  68.54 
 
 
507 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10010  DEAD/DEAH box ATP-dependent RNA helicase  61.8 
 
 
434 aa  543  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00123792  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7264  DEAD/DEAH box helicase  67.77 
 
 
481 aa  544  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2189  putative ATP-dependent RNA helicase, rhlE  67.6 
 
 
523 aa  543  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00692457 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5967  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.26 
 
 
477 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7154  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.52 
 
 
479 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.557352 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6264  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.75 
 
 
511 aa  538  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5193  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.5 
 
 
481 aa  527  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0459636 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  59.31 
 
 
516 aa  486  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.4 
 
 
463 aa  473  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  59.38 
 
 
445 aa  468  9.999999999999999e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  58.33 
 
 
535 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.81 
 
 
550 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.96 
 
 
513 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.77 
 
 
511 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  54.78 
 
 
495 aa  458  9.999999999999999e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.3 
 
 
494 aa  457  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.18 
 
 
525 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.55 
 
 
578 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  54.89 
 
 
452 aa  457  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.29 
 
 
526 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.29 
 
 
515 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.55 
 
 
549 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.29 
 
 
525 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  54.9 
 
 
466 aa  454  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.86 
 
 
491 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.18 
 
 
549 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50 
 
 
480 aa  447  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.58 
 
 
454 aa  443  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.31 
 
 
454 aa  442  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  57.55 
 
 
451 aa  443  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.31 
 
 
454 aa  442  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.84 
 
 
477 aa  443  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  58.31 
 
 
454 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.31 
 
 
454 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.05 
 
 
454 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.31 
 
 
455 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  55.36 
 
 
533 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.31 
 
 
454 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  58.31 
 
 
454 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.27 
 
 
453 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.72 
 
 
443 aa  440  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  57.82 
 
 
429 aa  441  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.42 
 
 
452 aa  440  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  57.78 
 
 
453 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  57.78 
 
 
453 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.21 
 
 
455 aa  436  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  57.78 
 
 
453 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  54.1 
 
 
496 aa  437  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  54.95 
 
 
435 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  57.78 
 
 
453 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.55 
 
 
476 aa  433  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.31 
 
 
456 aa  435  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  56.51 
 
 
522 aa  433  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  55.99 
 
 
527 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.87 
 
 
462 aa  431  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.29 
 
 
477 aa  430  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  56.32 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  56.38 
 
 
506 aa  427  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  56.32 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  56.32 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  56.32 
 
 
482 aa  427  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  56.32 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  56.32 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.53 
 
 
480 aa  422  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.87 
 
 
488 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.76 
 
 
515 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  55.5 
 
 
543 aa  422  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  53.81 
 
 
540 aa  424  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.28 
 
 
441 aa  418  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  54.92 
 
 
484 aa  421  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.26 
 
 
486 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  55.26 
 
 
486 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.26 
 
 
486 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.67 
 
 
522 aa  421  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55 
 
 
479 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55 
 
 
480 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  52.65 
 
 
398 aa  416  9.999999999999999e-116  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.82 
 
 
418 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.82 
 
 
418 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  52.59 
 
 
425 aa  411  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  55.61 
 
 
426 aa  413  1e-114  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.24 
 
 
451 aa  415  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.24 
 
 
451 aa  415  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  54.17 
 
 
540 aa  410  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  50.98 
 
 
414 aa  410  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.02 
 
 
479 aa  411  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>