More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1809 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1333  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.41 
 
 
493 aa  645    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.218178  normal  0.0904092 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1200  DEAD/DEAH box helicase-like  68.23 
 
 
644 aa  636    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.994083  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1809  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
493 aa  998    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0916178 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1987  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.33 
 
 
507 aa  632  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.173393  normal  0.464072 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1195  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  78.74 
 
 
516 aa  621  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2536  ATP-dependent helicase, DEAD-box  78.74 
 
 
518 aa  621  1e-176  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.314913  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1324  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.4 
 
 
498 aa  528  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.695587  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0999  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.7 
 
 
527 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.431733  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4464  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.72 
 
 
501 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.414589 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.66 
 
 
504 aa  515  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_004310  BR0938  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.75 
 
 
482 aa  513  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.556655  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0933  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.75 
 
 
482 aa  512  1e-144  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3984  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.34 
 
 
519 aa  513  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.950119 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4353  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.14 
 
 
519 aa  511  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.807247 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2249  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.47 
 
 
498 aa  511  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2746  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.58 
 
 
678 aa  507  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633229  normal  0.123801 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1913  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.83 
 
 
505 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.857916 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1773  DEAD/DEAH box helicase-like  63.25 
 
 
477 aa  504  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3323  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.75 
 
 
465 aa  496  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.469232  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1478  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.72 
 
 
499 aa  495  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0142934  hitchhiker  0.00960181 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2120  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.34 
 
 
521 aa  497  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308058  decreased coverage  0.00839171 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0106  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.58 
 
 
484 aa  493  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4333  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.59 
 
 
482 aa  490  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.341636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3974  putative ATP-dependent RNA helicase  61.46 
 
 
478 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.522913  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2985  DEAD/DEAH box helicase  55.96 
 
 
516 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0305282 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2463  DEAD/DEAH box helicase-like  64.25 
 
 
500 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.710449  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4759  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.36 
 
 
537 aa  478  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346691 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2431  ATP-dependent RNA helicase  51.36 
 
 
516 aa  480  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0608  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.89 
 
 
462 aa  477  1e-133  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.166251  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0954  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.04 
 
 
494 aa  475  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000813647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2755  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.71 
 
 
472 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0813357  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1657  DEAD/DEAH box helicase  64.29 
 
 
483 aa  467  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0121598  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2833  DEAD/DEAH box helicase-like  62.9 
 
 
503 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.900807  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2718  DEAD/DEAH box helicase  55.05 
 
 
799 aa  462  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.370248  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0856  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.27 
 
 
503 aa  462  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0104833  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1051  DEAD/DEAH box helicase-like protein  53.29 
 
 
458 aa  456  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0480198  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2321  DEAD/DEAH box helicase-like  57.93 
 
 
487 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3319  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.57 
 
 
555 aa  449  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.131298 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0140  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.47 
 
 
448 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.398154  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1292  DEAD/DEAH box helicase-like  54.1 
 
 
464 aa  411  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.7 
 
 
489 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  48.08 
 
 
491 aa  365  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.81 
 
 
511 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2355  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.81 
 
 
497 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651471  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.81 
 
 
482 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.34 
 
 
509 aa  362  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  47.88 
 
 
482 aa  361  2e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  47.88 
 
 
482 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.34 
 
 
520 aa  361  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.88 
 
 
482 aa  361  2e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  48.94 
 
 
559 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  47.88 
 
 
481 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  47.88 
 
 
482 aa  361  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.88 
 
 
482 aa  361  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.34 
 
 
520 aa  361  2e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  49.34 
 
 
520 aa  361  2e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.68 
 
 
571 aa  360  3e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0899  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.88 
 
 
537 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2582  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.17 
 
 
556 aa  358  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  49.34 
 
 
527 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0617  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.68 
 
 
479 aa  354  2e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.028654 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1252  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.73 
 
 
479 aa  353  2.9999999999999997e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.225431  normal  0.30978 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.72 
 
 
493 aa  352  8e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.91 
 
 
456 aa  351  1e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.79 
 
 
473 aa  351  2e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0631  putative ATP-dependent RNA helicase 2  47.62 
 
 
494 aa  351  2e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.640854  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.72 
 
 
493 aa  350  3e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1257  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.08 
 
 
460 aa  350  3e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.41988 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.05 
 
 
439 aa  350  4e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1053  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.54 
 
 
484 aa  349  8e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.78 
 
 
415 aa  348  2e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1516  DEAD/DEAH box helicase-like  46.17 
 
 
492 aa  348  2e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.31 
 
 
484 aa  348  2e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1148  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.78 
 
 
489 aa  347  3e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.21 
 
 
545 aa  346  4e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.38 
 
 
486 aa  346  7e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0203924  hitchhiker  0.000949009 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2211  ATP-dependent RNA helicase protein  46.19 
 
 
495 aa  345  1e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.67 
 
 
504 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.24 
 
 
463 aa  344  2e-93  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  47.76 
 
 
557 aa  343  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  42.77 
 
 
472 aa  343  2.9999999999999997e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.42 
 
 
506 aa  344  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  44.44 
 
 
469 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.72 
 
 
452 aa  343  5e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.93 
 
 
515 aa  343  5.999999999999999e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.93 
 
 
515 aa  343  5.999999999999999e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.54 
 
 
479 aa  342  9e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.65 
 
 
487 aa  340  2e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  45.02 
 
 
452 aa  340  2e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.05 
 
 
525 aa  341  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.68 
 
 
510 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.68 
 
 
506 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.51 
 
 
550 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.88 
 
 
626 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.48 
 
 
423 aa  340  2.9999999999999998e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.68 
 
 
510 aa  340  4e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2009  DEAD/DEAH box helicase-like  46.84 
 
 
574 aa  339  5.9999999999999996e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  46.89 
 
 
510 aa  338  9e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.89 
 
 
491 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.38 
 
 
454 aa  338  9.999999999999999e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>