More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2015 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2211  ATP-dependent RNA helicase protein  92.84 
 
 
495 aa  875    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0899  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  75.52 
 
 
537 aa  717    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  97.97 
 
 
493 aa  908    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2582  DEAD/DEAH box helicase-like protein  74.9 
 
 
556 aa  716    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
493 aa  1000    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.2 
 
 
489 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.95 
 
 
509 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  65.2 
 
 
491 aa  599  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.13 
 
 
520 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  64.13 
 
 
520 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2355  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.81 
 
 
497 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651471  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.13 
 
 
520 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.38 
 
 
571 aa  595  1e-169  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65 
 
 
482 aa  597  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.21 
 
 
511 aa  595  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  64.98 
 
 
481 aa  594  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.98 
 
 
482 aa  594  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.98 
 
 
482 aa  594  1e-168  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  64.98 
 
 
559 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  64.98 
 
 
482 aa  594  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  64.98 
 
 
482 aa  594  1e-168  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  64.98 
 
 
482 aa  594  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  62.57 
 
 
527 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.68 
 
 
473 aa  535  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1252  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.03 
 
 
479 aa  535  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.225431  normal  0.30978 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.03 
 
 
504 aa  519  1e-146  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1257  DEAD/DEAH box helicase-like protein  58.47 
 
 
460 aa  511  1e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.41988 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1148  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.29 
 
 
489 aa  510  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0617  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.19 
 
 
479 aa  508  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.028654 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0631  putative ATP-dependent RNA helicase 2  56.03 
 
 
494 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.640854  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.49 
 
 
487 aa  501  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.19 
 
 
484 aa  502  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1516  DEAD/DEAH box helicase-like  56.33 
 
 
492 aa  500  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1053  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.97 
 
 
484 aa  500  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3878  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.27 
 
 
486 aa  492  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.38 
 
 
486 aa  491  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0203924  hitchhiker  0.000949009 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3028  DEAD/DEAH box helicase-like  53.57 
 
 
506 aa  484  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.287974  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3310  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  51.92 
 
 
507 aa  476  1e-133  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.9 
 
 
545 aa  475  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  54.01 
 
 
510 aa  473  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1101  DEAD/DEAH box helicase  55.58 
 
 
460 aa  457  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.173172  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  55.5 
 
 
426 aa  434  1e-120  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.1 
 
 
418 aa  422  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  56.1 
 
 
418 aa  422  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.98 
 
 
479 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.25 
 
 
480 aa  421  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.03 
 
 
522 aa  421  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.99 
 
 
485 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.09 
 
 
492 aa  420  1e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  55.64 
 
 
506 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  55.99 
 
 
485 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  55.56 
 
 
484 aa  418  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  51.56 
 
 
398 aa  420  1e-116  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  55.99 
 
 
485 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  56.25 
 
 
543 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  55.99 
 
 
485 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  55.99 
 
 
485 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.73 
 
 
480 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.04 
 
 
513 aa  420  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.3 
 
 
560 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  55.3 
 
 
540 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.22 
 
 
515 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.73 
 
 
486 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.21 
 
 
477 aa  415  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.21 
 
 
443 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.81 
 
 
494 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.73 
 
 
482 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.73 
 
 
479 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.73 
 
 
486 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  55.73 
 
 
486 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.04 
 
 
565 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  55.73 
 
 
429 aa  418  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.47 
 
 
476 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.73 
 
 
452 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.95 
 
 
453 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.47 
 
 
578 aa  414  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.95 
 
 
453 aa  415  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  56.35 
 
 
477 aa  412  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.17 
 
 
454 aa  412  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.31 
 
 
462 aa  413  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.95 
 
 
453 aa  415  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  56.72 
 
 
473 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.56 
 
 
488 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.1 
 
 
491 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.25 
 
 
549 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.17 
 
 
454 aa  412  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.95 
 
 
453 aa  415  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.19 
 
 
426 aa  412  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.95 
 
 
453 aa  415  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  54.17 
 
 
454 aa  411  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.17 
 
 
454 aa  411  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.91 
 
 
454 aa  410  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.45 
 
 
526 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  55.47 
 
 
535 aa  409  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.45 
 
 
525 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.17 
 
 
456 aa  409  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  54.17 
 
 
454 aa  411  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.91 
 
 
454 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.45 
 
 
525 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  55.01 
 
 
540 aa  411  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>