More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2463 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2755  DEAD/DEAH box helicase domain protein  77 
 
 
472 aa  742    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0813357  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1657  DEAD/DEAH box helicase  71.57 
 
 
483 aa  686    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0121598  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2985  DEAD/DEAH box helicase  88.42 
 
 
516 aa  828    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0305282 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2833  DEAD/DEAH box helicase-like  78.24 
 
 
503 aa  744    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.900807  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3974  putative ATP-dependent RNA helicase  75.9 
 
 
478 aa  707    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.522913  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2463  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
500 aa  995    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.710449  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2321  DEAD/DEAH box helicase-like  72.8 
 
 
487 aa  684    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4464  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.52 
 
 
501 aa  609  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.414589 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0999  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.79 
 
 
527 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.431733  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3984  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.45 
 
 
519 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.950119 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4353  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.68 
 
 
519 aa  600  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.807247 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4333  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.99 
 
 
482 aa  598  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.341636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3323  DEAD/DEAH box helicase domain protein  76.18 
 
 
465 aa  593  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.469232  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4759  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  77.04 
 
 
537 aa  590  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346691 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0106  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.8 
 
 
484 aa  570  1e-161  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0954  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.06 
 
 
494 aa  554  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000813647 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2431  ATP-dependent RNA helicase  60.29 
 
 
516 aa  552  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1913  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.77 
 
 
505 aa  549  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.857916 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1773  DEAD/DEAH box helicase-like  72.46 
 
 
477 aa  547  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2120  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.83 
 
 
521 aa  547  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308058  decreased coverage  0.00839171 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1478  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.59 
 
 
499 aa  543  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0142934  hitchhiker  0.00960181 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2249  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.35 
 
 
498 aa  538  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0938  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  63.45 
 
 
482 aa  535  1e-150  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.556655  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0933  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  63.45 
 
 
482 aa  534  1e-150  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0608  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.74 
 
 
462 aa  526  1e-148  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.166251  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.57 
 
 
504 aa  524  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1987  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.45 
 
 
507 aa  490  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.173393  normal  0.464072 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1333  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.64 
 
 
493 aa  485  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.218178  normal  0.0904092 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2536  ATP-dependent helicase, DEAD-box  62 
 
 
518 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.314913  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1195  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.25 
 
 
516 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2746  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.84 
 
 
678 aa  476  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633229  normal  0.123801 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1324  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.2 
 
 
498 aa  476  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.695587  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0856  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.4 
 
 
503 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0104833  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1809  DEAD/DEAH box helicase-like  56.11 
 
 
493 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0916178 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1051  DEAD/DEAH box helicase-like protein  58.16 
 
 
458 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0480198  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1200  DEAD/DEAH box helicase-like  61.28 
 
 
644 aa  466  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.994083  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1292  DEAD/DEAH box helicase-like  57.73 
 
 
464 aa  461  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2718  DEAD/DEAH box helicase  60.7 
 
 
799 aa  457  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.370248  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3319  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.94 
 
 
555 aa  450  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.131298 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0140  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.47 
 
 
448 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.398154  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.54 
 
 
487 aa  360  4e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1516  DEAD/DEAH box helicase-like  45.33 
 
 
492 aa  357  3.9999999999999996e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.81 
 
 
540 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1148  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.35 
 
 
489 aa  352  5.9999999999999994e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.83 
 
 
526 aa  352  1e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.06 
 
 
491 aa  352  1e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.94 
 
 
486 aa  352  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0203924  hitchhiker  0.000949009 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.83 
 
 
515 aa  350  3e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.23 
 
 
525 aa  349  6e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  49.19 
 
 
559 aa  349  6e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.15 
 
 
477 aa  349  6e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.19 
 
 
571 aa  349  8e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.54 
 
 
482 aa  349  8e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.19 
 
 
482 aa  348  9e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.19 
 
 
482 aa  348  9e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  49.19 
 
 
481 aa  348  9e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  49.19 
 
 
482 aa  348  9e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  49.19 
 
 
482 aa  348  9e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  49.19 
 
 
482 aa  348  9e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.83 
 
 
525 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  50.94 
 
 
506 aa  348  1e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.8 
 
 
511 aa  348  1e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.75 
 
 
489 aa  348  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.11 
 
 
494 aa  348  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.12 
 
 
515 aa  347  3e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.12 
 
 
515 aa  347  3e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
509 aa  347  3e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.73 
 
 
511 aa  346  4e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  47.7 
 
 
398 aa  347  4e-94  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2355  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.73 
 
 
497 aa  347  4e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651471  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.07 
 
 
443 aa  345  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.22 
 
 
504 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.23 
 
 
485 aa  344  2e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.89 
 
 
626 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.84 
 
 
513 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  50 
 
 
527 aa  343  4e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  48.51 
 
 
510 aa  343  5e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.46 
 
 
520 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  49.46 
 
 
520 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.46 
 
 
520 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  49.73 
 
 
491 aa  342  9e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.38 
 
 
479 aa  342  1e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.98 
 
 
629 aa  342  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.84 
 
 
496 aa  341  2e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  45.22 
 
 
557 aa  341  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  47.13 
 
 
540 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.5 
 
 
550 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  42.09 
 
 
495 aa  340  2.9999999999999998e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1053  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.79 
 
 
484 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.55 
 
 
578 aa  340  4e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.39 
 
 
628 aa  340  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0617  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.79 
 
 
479 aa  340  4e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.028654 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3878  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.6 
 
 
486 aa  338  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  48.93 
 
 
484 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.52 
 
 
484 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0631  putative ATP-dependent RNA helicase 2  47.98 
 
 
494 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.640854  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.93 
 
 
479 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  44.29 
 
 
426 aa  338  1.9999999999999998e-91  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.93 
 
 
480 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.33 
 
 
480 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>