More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0767 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.91 
 
 		 420 aa  663    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.36 
 
 		 411 aa  646    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  77.78 
 
 		 408 aa  640    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.83 
 
 		 408 aa  640    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.88 
 
 		 419 aa  658    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.05 
 
 		 419 aa  653    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.31 
 
 		 419 aa  655    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  100 
 
 		 419 aa  859    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.31 
 
 		 419 aa  656    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.79 
 
 		 411 aa  650    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.35 
 
 		 419 aa  658    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.1 
 
 		 613 aa  649    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.31 
 
 		 419 aa  656    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.4 
 
 		 420 aa  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.65 
 
 		 420 aa  660    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.85 
 
 		 406 aa  667    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.83 
 
 		 412 aa  476  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.4 
 
 		 417 aa  457  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.42 
 
 		 408 aa  450  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.07 
 
 		 441 aa  443  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  55.08 
 
 		 453 aa  443  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.07 
 
 		 441 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.07 
 
 		 441 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.55 
 
 		 441 aa  442  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.04 
 
 		 441 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.18 
 
 		 423 aa  435  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2794  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.16 
 
 		 446 aa  432  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.83 
 
 		 441 aa  434  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2855  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.46 
 
 		 444 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0723995  normal  0.849039 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2753  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.46 
 
 		 444 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.902304  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2971  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.46 
 
 		 444 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2858  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.46 
 
 		 444 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.197769 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2837  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.46 
 
 		 444 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02470  ATP-dependent RNA helicase  56.66 
 
 		 444 aa  421  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1092  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.66 
 
 		 444 aa  422  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.424436  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2729  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.66 
 
 		 444 aa  421  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0618192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3813  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.66 
 
 		 444 aa  421  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2732  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.66 
 
 		 444 aa  421  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.500334  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1101  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.66 
 
 		 444 aa  421  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.077358  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2863  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.66 
 
 		 444 aa  422  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202971  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02434  hypothetical protein  56.66 
 
 		 444 aa  421  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.55 
 
 		 450 aa  420  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2944  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.4 
 
 		 444 aa  420  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00952  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.2 
 
 		 407 aa  413  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1295  ATP-dependent RNA helicase SrmB  50.99 
 
 		 441 aa  410  1e-113  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.4 
 
 		 407 aa  411  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.43 
 
 		 416 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3063  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.35 
 
 		 442 aa  396  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.124776  decreased coverage  0.0000384662 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1883  DEAD/DEAH box helicase-like  45.65 
 
 		 401 aa  322  8e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632816  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  42.51 
 
 		 435 aa  318  1e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.97 
 
 		 453 aa  312  9e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  41.77 
 
 		 452 aa  309  6.999999999999999e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.59 
 
 		 454 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  44.76 
 
 		 449 aa  307  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.12 
 
 		 430 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  43.16 
 
 		 445 aa  305  7e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.77 
 
 		 456 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.67 
 
 		 417 aa  303  4.0000000000000003e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.72 
 
 		 526 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.72 
 
 		 525 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.78 
 
 		 550 aa  302  9e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.9 
 
 		 450 aa  301  1e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.52 
 
 		 515 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  44.24 
 
 		 447 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.72 
 
 		 525 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  40.38 
 
 		 516 aa  300  4e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.32 
 
 		 449 aa  298  9e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.1 
 
 		 449 aa  298  9e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  41.8 
 
 		 429 aa  298  1e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.1 
 
 		 453 aa  298  1e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.38 
 
 		 443 aa  296  3e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.65 
 
 		 439 aa  295  8e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0826184  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.11 
 
 		 535 aa  295  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0657  ATP-dependent RNA helicase  39.76 
 
 		 450 aa  295  1e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.11 
 
 		 549 aa  295  1e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.05 
 
 		 463 aa  294  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  43.64 
 
 		 472 aa  293  3e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1776  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.71 
 
 		 423 aa  294  3e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0838  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  41.38 
 
 		 403 aa  292  6e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0794098  normal  0.50041 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.32 
 
 		 496 aa  292  8e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.1 
 
 		 578 aa  292  9e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  42.06 
 
 		 398 aa  292  9e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.34 
 
 		 549 aa  292  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1989  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.86 
 
 		 467 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.94 
 
 		 511 aa  290  2e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.83 
 
 		 441 aa  290  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  42.93 
 
 		 533 aa  291  2e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.73 
 
 		 451 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2004  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.34 
 
 		 467 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0563026  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.73 
 
 		 451 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.73 
 
 		 451 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2335  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.6 
 
 		 467 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0940399  normal  0.127544 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.73 
 
 		 451 aa  290  4e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2052  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.48 
 
 		 467 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.15758  hitchhiker  0.00350399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.64 
 
 		 449 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7264  DEAD/DEAH box helicase  44.01 
 
 		 481 aa  289  7e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.27 
 
 		 494 aa  289  7e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001255  ATP-dependent RNA helicase  39.76 
 
 		 443 aa  289  8e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.7 
 
 		 441 aa  289  8e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.15 
 
 		 439 aa  289  8e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>