More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1179 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02470  ATP-dependent RNA helicase  80.41 
 
 		 444 aa  679    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  87.5 
 
 		 441 aa  800    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1092  DEAD/DEAH box helicase domain protein  80.18 
 
 		 444 aa  678    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.424436  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2944  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.95 
 
 		 444 aa  676    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2837  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.49 
 
 		 444 aa  678    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.42 
 
 		 450 aa  701    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2732  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.41 
 
 		 444 aa  679    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.500334  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1101  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.41 
 
 		 444 aa  679    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.077358  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2855  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.49 
 
 		 444 aa  678    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0723995  normal  0.849039 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2863  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.18 
 
 		 444 aa  685    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202971  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3813  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.41 
 
 		 444 aa  679    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2794  ATP-dependent RNA helicase SrmB  83.56 
 
 		 446 aa  721    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2753  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.49 
 
 		 444 aa  678    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.902304  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  85.23 
 
 		 441 aa  754    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02434  hypothetical protein  80.41 
 
 		 444 aa  679    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  100 
 
 		 441 aa  900    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  99.77 
 
 		 441 aa  899    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2971  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.49 
 
 		 444 aa  678    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2858  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.49 
 
 		 444 aa  678    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.197769 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  85.23 
 
 		 441 aa  763    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  100 
 
 		 441 aa  900    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2729  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.41 
 
 		 444 aa  679    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0618192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3063  ATP-dependent RNA helicase SrmB  74.94 
 
 		 442 aa  617  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.124776  decreased coverage  0.0000384662 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1295  ATP-dependent RNA helicase SrmB  63.16 
 
 		 441 aa  563  1.0000000000000001e-159  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  61.11 
 
 		 407 aa  485  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00952  ATP-dependent RNA helicase SrmB  61.64 
 
 		 407 aa  487  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  59.48 
 
 		 416 aa  482  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  60.42 
 
 		 423 aa  484  1e-135  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  59.04 
 
 		 408 aa  464  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.65 
 
 		 412 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.99 
 
 		 417 aa  447  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.2 
 
 		 613 aa  443  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  52.17 
 
 		 453 aa  442  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.79 
 
 		 420 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.26 
 
 		 419 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.26 
 
 		 419 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.26 
 
 		 419 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.53 
 
 		 420 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.05 
 
 		 419 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.05 
 
 		 419 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55 
 
 		 419 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.79 
 
 		 419 aa  438  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.53 
 
 		 420 aa  438  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.9 
 
 		 406 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.12 
 
 		 411 aa  430  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.02 
 
 		 408 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.3 
 
 		 411 aa  422  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.94 
 
 		 408 aa  420  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  42.79 
 
 		 435 aa  331  2e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1883  DEAD/DEAH box helicase-like  44.44 
 
 		 401 aa  324  2e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632816  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  41.27 
 
 		 452 aa  322  7e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  41.06 
 
 		 472 aa  320  3e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.52 
 
 		 430 aa  319  6e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.36 
 
 		 453 aa  318  1e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.21 
 
 		 449 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.1 
 
 		 456 aa  312  7.999999999999999e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  41.28 
 
 		 537 aa  311  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.75 
 
 		 453 aa  309  5.9999999999999995e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.3 
 
 		 441 aa  308  9e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.03 
 
 		 542 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.16 
 
 		 634 aa  306  6e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  41.75 
 
 		 516 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.75 
 
 		 516 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  42 
 
 		 516 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.75 
 
 		 514 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.78 
 
 		 417 aa  303  4.0000000000000003e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.93 
 
 		 556 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  44.05 
 
 		 533 aa  303  5.000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.36 
 
 		 512 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.06 
 
 		 450 aa  302  8.000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.98 
 
 		 512 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.73 
 
 		 505 aa  301  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.64 
 
 		 632 aa  300  3e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.61 
 
 		 627 aa  300  5e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.61 
 
 		 627 aa  299  5e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.73 
 
 		 454 aa  299  5e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  43.23 
 
 		 440 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.48 
 
 		 482 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  40.1 
 
 		 608 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.23 
 
 		 453 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.512002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.05 
 
 		 549 aa  298  2e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.04 
 
 		 452 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0141763  normal  0.273496 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.81 
 
 		 535 aa  296  3e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  41.48 
 
 		 514 aa  297  3e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  41.48 
 
 		 516 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  41.48 
 
 		 516 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  41.48 
 
 		 516 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  41.48 
 
 		 529 aa  296  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.48 
 
 		 516 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  41.48 
 
 		 513 aa  297  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.81 
 
 		 578 aa  297  3e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.83 
 
 		 550 aa  296  4e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.97 
 
 		 441 aa  296  4e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  40.5 
 
 		 445 aa  296  5e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.18 
 
 		 447 aa  296  5e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  42.52 
 
 		 439 aa  296  6e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0882  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  39.66 
 
 		 439 aa  295  2e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.18261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4039  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.08 
 
 		 453 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541201 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.56 
 
 		 549 aa  293  3e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.26 
 
 		 443 aa  293  4e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>