More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4039 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  97.27 
 
 
440 aa  840    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4039  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
453 aa  920    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.541201 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.89 
 
 
453 aa  701    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  78.7 
 
 
445 aa  695    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1437  DEAD/DEAH box helicase-like  79.46 
 
 
446 aa  706    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1306  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  76.23 
 
 
441 aa  642    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.417746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  97.35 
 
 
453 aa  869    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.512002  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  92.94 
 
 
452 aa  848    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0141763  normal  0.273496 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  75.23 
 
 
439 aa  656    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19290  putative ATP-dependent RNA helicase  69.3 
 
 
446 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1661  putative ATP-dependent RNA helicase  69.23 
 
 
441 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3711  putative ATP-dependent RNA helicase  47.71 
 
 
436 aa  368  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0132588  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.14 
 
 
449 aa  317  3e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1417  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.3 
 
 
468 aa  315  7e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0306268  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.45 
 
 
449 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  41.61 
 
 
452 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.45 
 
 
449 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2445  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.54 
 
 
451 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.959093  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.79 
 
 
450 aa  311  1e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.91 
 
 
451 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.91 
 
 
451 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.27 
 
 
451 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.68 
 
 
451 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.73 
 
 
453 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2606  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.04 
 
 
449 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.581519  hitchhiker  0.0000000487661 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1273  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.46 
 
 
456 aa  310  4e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00163925 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.37 
 
 
449 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.62 
 
 
441 aa  306  6e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.62 
 
 
441 aa  306  6e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.38 
 
 
441 aa  305  1.0000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001255  ATP-dependent RNA helicase  39.46 
 
 
443 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.81 
 
 
447 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.79 
 
 
430 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2624  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.82 
 
 
448 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.394652  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.95 
 
 
460 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000327397 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.46 
 
 
454 aa  301  1e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.94 
 
 
447 aa  301  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3215  putative ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.86 
 
 
448 aa  300  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  38.41 
 
 
540 aa  298  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.62 
 
 
422 aa  298  1e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.47 
 
 
441 aa  297  3e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.76 
 
 
417 aa  296  4e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.16 
 
 
565 aa  296  6e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.16 
 
 
560 aa  295  8e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.32 
 
 
423 aa  295  1e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0076  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.55 
 
 
452 aa  293  4e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000113664  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05125  ATP-dependent RNA helicase  40.39 
 
 
447 aa  293  5e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.02 
 
 
418 aa  293  6e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.02 
 
 
418 aa  293  6e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  39.81 
 
 
466 aa  292  8e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0042  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.71 
 
 
420 aa  292  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  41.12 
 
 
420 aa  291  2e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.92 
 
 
441 aa  291  2e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.25 
 
 
441 aa  291  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1594  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.99 
 
 
465 aa  291  2e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.509668  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  41.12 
 
 
411 aa  291  2e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.41 
 
 
493 aa  291  2e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  42.86 
 
 
447 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.55 
 
 
484 aa  290  5.0000000000000004e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.85 
 
 
412 aa  289  6e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.65 
 
 
453 aa  289  6e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.32 
 
 
540 aa  289  8e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.6 
 
 
487 aa  288  1e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  39.89 
 
 
435 aa  288  1e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.4 
 
 
449 aa  288  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.68 
 
 
511 aa  288  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.25 
 
 
416 aa  288  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  41.04 
 
 
453 aa  287  2e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.5 
 
 
441 aa  287  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1148  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.07 
 
 
489 aa  288  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.79 
 
 
456 aa  287  2e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.16 
 
 
493 aa  288  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  41.44 
 
 
491 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1053  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.32 
 
 
484 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.21 
 
 
436 aa  286  4e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.02 
 
 
482 aa  286  4e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.53 
 
 
515 aa  286  4e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1022  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.57 
 
 
435 aa  286  5e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0284952 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  41.69 
 
 
527 aa  286  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  39.07 
 
 
418 aa  286  5e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2211  ATP-dependent RNA helicase protein  40.41 
 
 
495 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.48 
 
 
522 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1588  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.63 
 
 
403 aa  286  7e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0287382 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.75 
 
 
450 aa  285  8e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.95 
 
 
506 aa  285  9e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0882  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  38.71 
 
 
439 aa  285  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.18261  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  38.93 
 
 
425 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.11 
 
 
482 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.29 
 
 
413 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  42.32 
 
 
449 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.86 
 
 
482 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.86 
 
 
482 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0657  ATP-dependent RNA helicase  40.58 
 
 
450 aa  285  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.33 
 
 
520 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  40.37 
 
 
484 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0631  putative ATP-dependent RNA helicase 2  42.59 
 
 
494 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.640854  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  41.33 
 
 
520 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  40.86 
 
 
482 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  40.86 
 
 
482 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.33 
 
 
520 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>