More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1306 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  76.91 
 
 
440 aa  649    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  80.98 
 
 
439 aa  684    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  75.33 
 
 
453 aa  651    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  75.56 
 
 
445 aa  654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4039  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  76.23 
 
 
453 aa  649    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.541201 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  75.85 
 
 
452 aa  644    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0141763  normal  0.273496 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1437  DEAD/DEAH box helicase-like  79.6 
 
 
446 aa  690    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  76.68 
 
 
453 aa  647    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.512002  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1306  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
441 aa  896    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.417746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19290  putative ATP-dependent RNA helicase  75.17 
 
 
446 aa  610  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1661  putative ATP-dependent RNA helicase  75.4 
 
 
441 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3711  putative ATP-dependent RNA helicase  47.56 
 
 
436 aa  363  2e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0132588  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1417  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.86 
 
 
468 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0306268  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.49 
 
 
449 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.52 
 
 
450 aa  306  6e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.04 
 
 
436 aa  306  6e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.54 
 
 
451 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.54 
 
 
451 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.32 
 
 
451 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.95 
 
 
422 aa  303  4.0000000000000003e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.32 
 
 
451 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.31 
 
 
493 aa  302  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.72 
 
 
447 aa  301  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.31 
 
 
493 aa  300  2e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.8 
 
 
449 aa  301  2e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.55 
 
 
430 aa  300  3e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.8 
 
 
449 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.58 
 
 
412 aa  298  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2445  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.56 
 
 
451 aa  297  3e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.959093  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2606  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.07 
 
 
449 aa  296  6e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.581519  hitchhiker  0.0000000487661 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.62 
 
 
441 aa  296  6e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.04 
 
 
456 aa  296  7e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.45 
 
 
441 aa  294  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.13 
 
 
454 aa  294  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2211  ATP-dependent RNA helicase protein  42.52 
 
 
495 aa  294  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.19 
 
 
447 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.45 
 
 
441 aa  294  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  44.16 
 
 
417 aa  293  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.21 
 
 
441 aa  293  5e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.05 
 
 
449 aa  293  6e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1273  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.86 
 
 
456 aa  292  6e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00163925 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  42.55 
 
 
452 aa  292  7e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.1 
 
 
453 aa  290  3e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001255  ATP-dependent RNA helicase  39.86 
 
 
443 aa  290  3e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.81 
 
 
460 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000327397 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1594  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.49 
 
 
465 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.509668  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  40.6 
 
 
472 aa  289  5.0000000000000004e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  44 
 
 
527 aa  289  8e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  39.02 
 
 
540 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.88 
 
 
449 aa  288  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.69 
 
 
565 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  43.73 
 
 
520 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.73 
 
 
520 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.73 
 
 
520 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1423  DEAD/DEAH box helicase-like  41.77 
 
 
460 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.73 
 
 
509 aa  286  5e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0808  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.62 
 
 
432 aa  286  5e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.04 
 
 
453 aa  286  5e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0076  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.81 
 
 
452 aa  286  5.999999999999999e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000113664  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.11 
 
 
502 aa  286  7e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.76 
 
 
438 aa  285  9e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  41.41 
 
 
447 aa  285  9e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0899  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.48 
 
 
537 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  38.76 
 
 
510 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.62 
 
 
560 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2624  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.82 
 
 
448 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.394652  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  42.67 
 
 
482 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.67 
 
 
482 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  40.54 
 
 
418 aa  284  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  38.53 
 
 
476 aa  284  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  42.67 
 
 
559 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.29 
 
 
571 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.67 
 
 
482 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.02 
 
 
413 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  42.67 
 
 
482 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1022  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.25 
 
 
435 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0284952 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2582  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.48 
 
 
556 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  42.67 
 
 
482 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  42.67 
 
 
481 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  41.67 
 
 
449 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.11 
 
 
432 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.627345 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.04 
 
 
613 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.4 
 
 
482 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.97 
 
 
477 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0919  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.32 
 
 
432 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.32 
 
 
549 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.16 
 
 
511 aa  282  9e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.37 
 
 
419 aa  282  9e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.37 
 
 
506 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.87 
 
 
545 aa  281  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.38 
 
 
420 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.02 
 
 
549 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.15 
 
 
419 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4297  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.69 
 
 
442 aa  281  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.29 
 
 
403 aa  281  2e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000744604 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.93 
 
 
419 aa  281  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.2 
 
 
511 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  43.13 
 
 
491 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.68 
 
 
578 aa  281  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.38 
 
 
420 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>