More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1273 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  74.72 
 
 
449 aa  670    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  74.12 
 
 
451 aa  675    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1417  DEAD/DEAH box helicase-like protein  73.84 
 
 
468 aa  669    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0306268  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.03 
 
 
449 aa  673    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1273  DEAD/DEAH box helicase-like protein  100 
 
 
456 aa  923    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00163925 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  72.04 
 
 
460 aa  643    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000327397 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  75.82 
 
 
449 aa  677    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2606  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  76.17 
 
 
449 aa  675    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.581519  hitchhiker  0.0000000487661 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  74.12 
 
 
451 aa  674    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  75.6 
 
 
449 aa  675    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.82 
 
 
447 aa  644    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2445  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  71.74 
 
 
451 aa  659    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.959093  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.9 
 
 
451 aa  673    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.9 
 
 
451 aa  673    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2624  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.98 
 
 
448 aa  634  1e-180  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.394652  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1594  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.73 
 
 
465 aa  629  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.509668  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001255  ATP-dependent RNA helicase  60.05 
 
 
443 aa  531  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3215  putative ATP-dependent RNA helicase SrmB  60.14 
 
 
448 aa  528  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05125  ATP-dependent RNA helicase  59.5 
 
 
447 aa  518  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1698  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.3 
 
 
448 aa  509  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00759671  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1618  DEAD/DEAH box helicase-like  56.95 
 
 
447 aa  509  1e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0076  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  57.52 
 
 
452 aa  507  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000113664  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0657  ATP-dependent RNA helicase  55.13 
 
 
450 aa  484  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0882  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  56.85 
 
 
439 aa  479  1e-134  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.18261  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01939  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  47.44 
 
 
441 aa  421  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0271466  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  42.89 
 
 
435 aa  331  2e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.48 
 
 
453 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.58 
 
 
454 aa  322  9.000000000000001e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.13 
 
 
441 aa  320  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.63 
 
 
449 aa  320  3e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  41.55 
 
 
533 aa  319  5e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.63 
 
 
453 aa  320  5e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.32 
 
 
450 aa  319  7e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.11 
 
 
456 aa  319  7e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.28 
 
 
634 aa  317  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  41.13 
 
 
452 aa  317  4e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.44 
 
 
430 aa  312  6.999999999999999e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.09 
 
 
627 aa  311  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.09 
 
 
627 aa  311  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.79 
 
 
632 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.45 
 
 
452 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0141763  normal  0.273496 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1437  DEAD/DEAH box helicase-like  39.69 
 
 
446 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  41.4 
 
 
608 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4039  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.45 
 
 
453 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.541201 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  43.31 
 
 
439 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  43.31 
 
 
552 aa  305  1.0000000000000001e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  38.24 
 
 
453 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  38.24 
 
 
445 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.78 
 
 
453 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.512002  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.78 
 
 
440 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1082  ATP-dependent DEAD/DEAH box RNA-helicase  43.04 
 
 
567 aa  301  2e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.25 
 
 
556 aa  298  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  40.79 
 
 
516 aa  298  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  42.04 
 
 
472 aa  296  4e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.65 
 
 
512 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.65 
 
 
512 aa  295  9e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.4 
 
 
516 aa  295  9e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  40.4 
 
 
516 aa  295  9e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.85 
 
 
542 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  40.85 
 
 
537 aa  295  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.65 
 
 
482 aa  294  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.15 
 
 
514 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  40.65 
 
 
516 aa  293  6e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  40.65 
 
 
516 aa  293  6e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.65 
 
 
516 aa  293  6e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  40.65 
 
 
516 aa  293  6e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  40.65 
 
 
529 aa  293  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1306  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.42 
 
 
441 aa  292  7e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.417746 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  40.65 
 
 
514 aa  292  7e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  40.65 
 
 
513 aa  292  8e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.15 
 
 
505 aa  292  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.31 
 
 
441 aa  291  2e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19290  putative ATP-dependent RNA helicase  40.13 
 
 
446 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.41 
 
 
441 aa  287  2.9999999999999996e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.18 
 
 
441 aa  286  5.999999999999999e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.18 
 
 
441 aa  286  5.999999999999999e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.41 
 
 
613 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3711  putative ATP-dependent RNA helicase  38.83 
 
 
436 aa  285  1.0000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0132588  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.2 
 
 
516 aa  284  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.9 
 
 
471 aa  283  4.0000000000000003e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  41.78 
 
 
446 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.6 
 
 
412 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.36 
 
 
419 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.41 
 
 
441 aa  282  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1661  putative ATP-dependent RNA helicase  41.71 
 
 
441 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.62 
 
 
441 aa  282  1e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.62 
 
 
439 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2918  putative ATP-dependent RNA helicase  41.08 
 
 
516 aa  280  4e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.616126  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.62 
 
 
443 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.35 
 
 
443 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.24 
 
 
425 aa  280  5e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.02 
 
 
406 aa  280  5e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.35 
 
 
443 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0899  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.15 
 
 
537 aa  279  8e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.75 
 
 
411 aa  279  8e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2582  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.19 
 
 
556 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0659  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.09 
 
 
500 aa  278  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.49 
 
 
443 aa  277  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40 
 
 
489 aa  278  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.75 
 
 
502 aa  277  3e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>