More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3284 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  100 
 
 
412 aa  852    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  73.28 
 
 
408 aa  588  1e-167  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  61.52 
 
 
417 aa  508  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.14 
 
 
419 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.14 
 
 
419 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.14 
 
 
419 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.03 
 
 
420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.63 
 
 
406 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.03 
 
 
419 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.41 
 
 
408 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.77 
 
 
420 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.56 
 
 
407 aa  465  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00952  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.82 
 
 
407 aa  466  9.999999999999999e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.59 
 
 
419 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.88 
 
 
419 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.62 
 
 
613 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.03 
 
 
420 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.81 
 
 
408 aa  463  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.88 
 
 
419 aa  462  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  57.47 
 
 
453 aa  462  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.96 
 
 
441 aa  462  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.96 
 
 
441 aa  462  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.22 
 
 
411 aa  463  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.96 
 
 
441 aa  462  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.67 
 
 
423 aa  461  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.22 
 
 
416 aa  461  9.999999999999999e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.23 
 
 
441 aa  458  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.88 
 
 
411 aa  457  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.43 
 
 
441 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.38 
 
 
450 aa  445  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.68 
 
 
441 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2971  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.44 
 
 
444 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2753  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.44 
 
 
444 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.902304  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2837  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.44 
 
 
444 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2855  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.44 
 
 
444 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0723995  normal  0.849039 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2858  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.44 
 
 
444 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.197769 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2794  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.54 
 
 
446 aa  432  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1295  ATP-dependent RNA helicase SrmB  51.86 
 
 
441 aa  429  1e-119  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2863  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.22 
 
 
444 aa  425  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202971  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02470  ATP-dependent RNA helicase  54.57 
 
 
444 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1092  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.57 
 
 
444 aa  424  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.424436  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2732  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.57 
 
 
444 aa  424  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.500334  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02434  hypothetical protein  54.57 
 
 
444 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1101  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.57 
 
 
444 aa  424  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.077358  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2729  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.57 
 
 
444 aa  424  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0618192  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2944  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.31 
 
 
444 aa  422  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3813  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.57 
 
 
444 aa  424  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152384  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3063  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.5 
 
 
442 aa  397  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.124776  decreased coverage  0.0000384662 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  44.97 
 
 
452 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.43 
 
 
453 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  43.5 
 
 
435 aa  324  1e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.12 
 
 
450 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.59 
 
 
454 aa  319  6e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.1 
 
 
456 aa  318  1e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1883  DEAD/DEAH box helicase-like  45.24 
 
 
401 aa  316  6e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632816  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.53 
 
 
441 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.98 
 
 
449 aa  312  6.999999999999999e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.98 
 
 
453 aa  311  1e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.71 
 
 
443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.14 
 
 
634 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.58 
 
 
430 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1437  DEAD/DEAH box helicase-like  39.41 
 
 
446 aa  306  6e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.14 
 
 
632 aa  305  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  41.2 
 
 
472 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.11 
 
 
417 aa  304  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.95 
 
 
627 aa  302  9e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.95 
 
 
627 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  43.08 
 
 
533 aa  300  2e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  42.82 
 
 
439 aa  301  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.52 
 
 
482 aa  300  4e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  41.52 
 
 
513 aa  299  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.98 
 
 
512 aa  299  6e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  41.52 
 
 
516 aa  299  7e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  41.52 
 
 
529 aa  299  7e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.52 
 
 
516 aa  299  7e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  41.52 
 
 
516 aa  299  7e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  41.52 
 
 
516 aa  299  7e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.25 
 
 
512 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  39.75 
 
 
608 aa  296  3e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  41.5 
 
 
514 aa  297  3e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.63 
 
 
445 aa  296  4e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  42 
 
 
516 aa  296  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3701  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.9 
 
 
467 aa  295  9e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000590991  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.03 
 
 
556 aa  295  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  40.45 
 
 
537 aa  295  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3215  putative ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.99 
 
 
448 aa  294  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1306  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.38 
 
 
441 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.417746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.37 
 
 
453 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.75 
 
 
516 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  41.75 
 
 
516 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.75 
 
 
514 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.21 
 
 
542 aa  294  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.27 
 
 
440 aa  293  5e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.71 
 
 
426 aa  293  5e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.95 
 
 
403 aa  292  7e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000744604 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.52 
 
 
479 aa  292  8e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.52 
 
 
480 aa  292  8e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  41.6 
 
 
579 aa  291  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.05 
 
 
505 aa  291  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.26 
 
 
486 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>