More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0790 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.58 
 
 		 411 aa  652    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  90.67 
 
 		 419 aa  737    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  97.52 
 
 		 419 aa  778    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  98.81 
 
 		 420 aa  846    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.57 
 
 		 408 aa  656    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.4 
 
 		 419 aa  660    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  82.69 
 
 		 613 aa  672    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.57 
 
 		 408 aa  660    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  93.26 
 
 		 419 aa  751    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  82.12 
 
 		 411 aa  676    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  90.67 
 
 		 419 aa  737    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  100 
 
 		 420 aa  855    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  90.41 
 
 		 419 aa  734    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  99.76 
 
 		 420 aa  853    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  90.93 
 
 		 419 aa  739    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.98 
 
 		 406 aa  686    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.93 
 
 		 412 aa  480  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.67 
 
 		 417 aa  472  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.16 
 
 		 408 aa  455  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.86 
 
 		 441 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.86 
 
 		 441 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.62 
 
 		 441 aa  449  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.73 
 
 		 441 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.14 
 
 		 441 aa  444  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.71 
 
 		 441 aa  442  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.91 
 
 		 423 aa  444  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  51.65 
 
 		 453 aa  440  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2794  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.91 
 
 		 446 aa  435  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2971  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.59 
 
 		 444 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2753  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.59 
 
 		 444 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.902304  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2855  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.59 
 
 		 444 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0723995  normal  0.849039 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00952  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.73 
 
 		 407 aa  431  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56 
 
 		 407 aa  431  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2858  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.59 
 
 		 444 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.197769 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2837  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.59 
 
 		 444 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2944  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.14 
 
 		 444 aa  422  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02470  ATP-dependent RNA helicase  55.87 
 
 		 444 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1092  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.87 
 
 		 444 aa  421  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.424436  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2863  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.19 
 
 		 444 aa  421  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202971  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2732  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.87 
 
 		 444 aa  420  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.500334  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1101  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.87 
 
 		 444 aa  420  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.077358  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02434  hypothetical protein  55.87 
 
 		 444 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2729  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.87 
 
 		 444 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0618192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3813  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.87 
 
 		 444 aa  420  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.9 
 
 		 450 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1295  ATP-dependent RNA helicase SrmB  51.88 
 
 		 441 aa  416  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.91 
 
 		 416 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3063  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.14 
 
 		 442 aa  392  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.124776  decreased coverage  0.0000384662 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1883  DEAD/DEAH box helicase-like  46.97 
 
 		 401 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632816  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  41.23 
 
 		 452 aa  317  2e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.09 
 
 		 453 aa  316  5e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  43.54 
 
 		 435 aa  313  4.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.57 
 
 		 454 aa  312  5.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.03 
 
 		 450 aa  311  1e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  43.98 
 
 		 533 aa  310  4e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.33 
 
 		 430 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  43.9 
 
 		 472 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.11 
 
 		 456 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  45.04 
 
 		 449 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.6 
 
 		 452 aa  301  1e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  40.61 
 
 		 516 aa  300  3e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.29 
 
 		 449 aa  299  6e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.67 
 
 		 453 aa  299  7e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.22 
 
 		 494 aa  299  8e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.73 
 
 		 451 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.95 
 
 		 449 aa  298  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.56 
 
 		 451 aa  297  3e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.34 
 
 		 525 aa  296  6e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.88 
 
 		 441 aa  296  6e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.34 
 
 		 526 aa  296  6e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.56 
 
 		 451 aa  296  6e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.56 
 
 		 451 aa  296  6e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  41.99 
 
 		 445 aa  295  7e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.34 
 
 		 515 aa  295  7e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.58 
 
 		 550 aa  295  8e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.75 
 
 		 535 aa  295  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.66 
 
 		 447 aa  295  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  43.75 
 
 		 447 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.54 
 
 		 441 aa  293  3e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.02 
 
 		 525 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.11 
 
 		 449 aa  293  4e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1594  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.84 
 
 		 465 aa  293  5e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.509668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.12 
 
 		 512 aa  293  5e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.39 
 
 		 439 aa  292  6e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0826184  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.11 
 
 		 549 aa  292  7e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3364  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.1 
 
 		 419 aa  292  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.89 
 
 		 449 aa  292  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.97 
 
 		 512 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.51 
 
 		 632 aa  291  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.58 
 
 		 578 aa  290  2e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  39.36 
 
 		 516 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.16 
 
 		 513 aa  291  2e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  38.95 
 
 		 557 aa  290  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.21 
 
 		 516 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.21 
 
 		 514 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.64 
 
 		 443 aa  290  5.0000000000000004e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  39.21 
 
 		 516 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.84 
 
 		 449 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.1 
 
 		 445 aa  289  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2606  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.58 
 
 		 449 aa  289  6e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.581519  hitchhiker  0.0000000487661 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>