More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0890 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.5 
 
 		 420 aa  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.76 
 
 		 613 aa  641    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  87.63 
 
 		 411 aa  701    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  94.4 
 
 		 408 aa  773    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.81 
 
 		 419 aa  653    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.07 
 
 		 419 aa  655    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.59 
 
 		 419 aa  656    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.81 
 
 		 419 aa  653    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.29 
 
 		 411 aa  641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.02 
 
 		 420 aa  652    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  100 
 
 		 408 aa  838    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.27 
 
 		 420 aa  655    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.03 
 
 		 406 aa  664    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.55 
 
 		 419 aa  650    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  77.98 
 
 		 419 aa  642    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.5 
 
 		 419 aa  632  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.81 
 
 		 412 aa  463  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57 
 
 		 417 aa  455  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  56.92 
 
 		 453 aa  452  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  59.04 
 
 		 423 aa  448  1e-125  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.59 
 
 		 441 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.59 
 
 		 441 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.84 
 
 		 408 aa  435  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.59 
 
 		 441 aa  435  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  51.97 
 
 		 441 aa  429  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.26 
 
 		 441 aa  428  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52 
 
 		 441 aa  427  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.53 
 
 		 407 aa  426  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00952  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56 
 
 		 407 aa  423  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2794  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.77 
 
 		 446 aa  419  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.21 
 
 		 416 aa  418  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1295  ATP-dependent RNA helicase SrmB  50.99 
 
 		 441 aa  414  1e-114  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2971  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.55 
 
 		 444 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2858  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.55 
 
 		 444 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.197769 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2837  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.55 
 
 		 444 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2855  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.55 
 
 		 444 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0723995  normal  0.849039 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2753  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.55 
 
 		 444 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.902304  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.11 
 
 		 450 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2863  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.01 
 
 		 444 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2729  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.17 
 
 		 444 aa  402  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0618192  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02470  ATP-dependent RNA helicase  54.17 
 
 		 444 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1092  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.17 
 
 		 444 aa  403  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.424436  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3813  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.17 
 
 		 444 aa  402  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2944  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.17 
 
 		 444 aa  404  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02434  hypothetical protein  54.17 
 
 		 444 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1101  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.17 
 
 		 444 aa  402  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.077358  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2732  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.17 
 
 		 444 aa  402  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.500334  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3063  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.93 
 
 		 442 aa  386  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.124776  decreased coverage  0.0000384662 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1883  DEAD/DEAH box helicase-like  45.79 
 
 		 401 aa  331  2e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632816  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  45.15 
 
 		 533 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.47 
 
 		 453 aa  317  2e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  46.49 
 
 		 449 aa  317  3e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.96 
 
 		 454 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  46.23 
 
 		 447 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  42.64 
 
 		 435 aa  313  4.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  40.29 
 
 		 452 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.73 
 
 		 512 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.71 
 
 		 512 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.48 
 
 		 450 aa  305  7e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  42.82 
 
 		 472 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.81 
 
 		 441 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  41.9 
 
 		 516 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.29 
 
 		 453 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42 
 
 		 514 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.33 
 
 		 430 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  42 
 
 		 516 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42 
 
 		 516 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.48 
 
 		 449 aa  302  6.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  42.59 
 
 		 398 aa  302  7.000000000000001e-81  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.78 
 
 		 417 aa  301  2e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.2 
 
 		 505 aa  300  3e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.71 
 
 		 482 aa  300  4e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  41.71 
 
 		 529 aa  299  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  41.71 
 
 		 516 aa  299  6e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.71 
 
 		 516 aa  299  6e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  41.71 
 
 		 513 aa  299  6e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  41.71 
 
 		 516 aa  299  6e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  41.71 
 
 		 516 aa  299  6e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.47 
 
 		 456 aa  297  2e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  41.71 
 
 		 514 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.59 
 
 		 449 aa  295  8e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.85 
 
 		 556 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  42.82 
 
 		 446 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.01 
 
 		 447 aa  292  9e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  40.45 
 
 		 537 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.06 
 
 		 439 aa  291  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0826184  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.45 
 
 		 542 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3215  putative ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.31 
 
 		 448 aa  290  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.9 
 
 		 632 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  40.58 
 
 		 516 aa  290  3e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01406  hypothetical protein  40.58 
 
 		 411 aa  289  5.0000000000000004e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.23 
 
 		 447 aa  289  7e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1594  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.05 
 
 		 465 aa  288  1e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.509668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.05 
 
 		 451 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.44 
 
 		 449 aa  287  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.05 
 
 		 451 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5192  DEAD/DEAH box helicase-like  42.86 
 
 		 507 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.05 
 
 		 449 aa  288  2e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.05 
 
 		 449 aa  288  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.05 
 
 		 451 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>