More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0660 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  85.01 
 
 		 419 aa  692    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  85.01 
 
 		 419 aa  696    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  82.64 
 
 		 420 aa  679    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  84.5 
 
 		 419 aa  691    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.35 
 
 		 613 aa  663    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.26 
 
 		 408 aa  657    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  83.16 
 
 		 419 aa  684    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  84.75 
 
 		 419 aa  693    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  86.82 
 
 		 411 aa  702    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  84.75 
 
 		 419 aa  693    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  82.37 
 
 		 411 aa  659    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  82.38 
 
 		 420 aa  675    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.09 
 
 		 419 aa  659    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  82.64 
 
 		 420 aa  677    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  100 
 
 		 406 aa  833    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  81.03 
 
 		 408 aa  664    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.63 
 
 		 412 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.85 
 
 		 417 aa  461  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  58.35 
 
 		 453 aa  462  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.16 
 
 		 408 aa  456  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.51 
 
 		 423 aa  449  1e-125  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.35 
 
 		 441 aa  436  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.35 
 
 		 441 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.35 
 
 		 441 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.76 
 
 		 441 aa  435  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.53 
 
 		 407 aa  434  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00952  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.27 
 
 		 407 aa  432  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.24 
 
 		 441 aa  431  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2794  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.98 
 
 		 446 aa  429  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  51.85 
 
 		 441 aa  427  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2753  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.65 
 
 		 444 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.902304  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2855  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.65 
 
 		 444 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0723995  normal  0.849039 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2837  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.65 
 
 		 444 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2971  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.65 
 
 		 444 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2858  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.65 
 
 		 444 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.197769 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.03 
 
 		 416 aa  415  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.54 
 
 		 450 aa  414  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2944  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.95 
 
 		 444 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2863  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.38 
 
 		 444 aa  413  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202971  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02470  ATP-dependent RNA helicase  54.69 
 
 		 444 aa  411  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1092  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.69 
 
 		 444 aa  411  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.424436  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1101  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.69 
 
 		 444 aa  411  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.077358  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3813  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.69 
 
 		 444 aa  411  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02434  hypothetical protein  54.69 
 
 		 444 aa  411  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2732  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.69 
 
 		 444 aa  411  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.500334  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2729  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.69 
 
 		 444 aa  411  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0618192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1295  ATP-dependent RNA helicase SrmB  51.85 
 
 		 441 aa  410  1e-113  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3063  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.52 
 
 		 442 aa  385  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.124776  decreased coverage  0.0000384662 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1883  DEAD/DEAH box helicase-like  43.54 
 
 		 401 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632816  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.54 
 
 		 453 aa  317  2e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.48 
 
 		 454 aa  317  3e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  42.6 
 
 		 435 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.92 
 
 		 453 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.92 
 
 		 449 aa  306  6e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.21 
 
 		 456 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.8 
 
 		 430 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  41.44 
 
 		 452 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  43.86 
 
 		 449 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  41.38 
 
 		 533 aa  301  1e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.84 
 
 		 417 aa  300  3e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.69 
 
 		 450 aa  297  2e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.05 
 
 		 535 aa  297  2e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.76 
 
 		 451 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  43.34 
 
 		 447 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3215  putative ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.84 
 
 		 448 aa  293  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.83 
 
 		 447 aa  293  3e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.76 
 
 		 451 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.76 
 
 		 451 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.76 
 
 		 451 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.05 
 
 		 449 aa  293  4e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.8 
 
 		 443 aa  293  5e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.54 
 
 		 549 aa  292  6e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.05 
 
 		 550 aa  292  6e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.83 
 
 		 441 aa  291  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  40.98 
 
 		 516 aa  291  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.21 
 
 		 549 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.41 
 
 		 512 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.52 
 
 		 460 aa  290  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000327397 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40 
 
 		 511 aa  290  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.94 
 
 		 578 aa  290  4e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.75 
 
 		 512 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  39.9 
 
 		 516 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.06 
 
 		 449 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.18 
 
 		 526 aa  289  6e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.18 
 
 		 525 aa  289  7e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.63 
 
 		 513 aa  289  7e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.18 
 
 		 525 aa  289  8e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.18 
 
 		 515 aa  289  8e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  41.82 
 
 		 472 aa  288  1e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1594  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.77 
 
 		 465 aa  288  1e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.509668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.75 
 
 		 514 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.75 
 
 		 516 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  39.75 
 
 		 516 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.13 
 
 		 441 aa  287  2e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1417  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.2 
 
 		 468 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0306268  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.45 
 
 		 634 aa  287  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40 
 
 		 632 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.63 
 
 		 494 aa  286  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.82 
 
 		 449 aa  286  5e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2445  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.41 
 
 		 451 aa  286  5e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.959093  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>