More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2452 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  75.55 
 
 		 449 aa  687    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  76.51 
 
 		 449 aa  704    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 460 aa  937    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000327397 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2606  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  76.51 
 
 		 449 aa  694    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.581519  hitchhiker  0.0000000487661 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  79.19 
 
 		 447 aa  731    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  75.5 
 
 		 451 aa  687    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2624  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  77.23 
 
 		 448 aa  701    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.394652  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1417  DEAD/DEAH box helicase-like protein  73.54 
 
 		 468 aa  664    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0306268  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  75.72 
 
 		 451 aa  689    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  75.5 
 
 		 451 aa  687    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1273  DEAD/DEAH box helicase-like protein  72.04 
 
 		 456 aa  644    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  76.6 
 
 		 449 aa  692    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  76.38 
 
 		 449 aa  690    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2445  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.97 
 
 		 451 aa  664    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.959093  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  75.95 
 
 		 451 aa  691    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1594  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  78.38 
 
 		 465 aa  715    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.509668  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3215  putative ATP-dependent RNA helicase SrmB  61.19 
 
 		 448 aa  550  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1618  DEAD/DEAH box helicase-like  57.56 
 
 		 447 aa  526  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001255  ATP-dependent RNA helicase  58.71 
 
 		 443 aa  521  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1698  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.79 
 
 		 448 aa  508  9.999999999999999e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00759671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0882  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  58.81 
 
 		 439 aa  505  9.999999999999999e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.18261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05125  ATP-dependent RNA helicase  57.24 
 
 		 447 aa  503  1e-141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0076  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  57.27 
 
 		 452 aa  500  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000113664  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0657  ATP-dependent RNA helicase  56.46 
 
 		 450 aa  489  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01939  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  48.88 
 
 		 441 aa  433  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0271466  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  44.88 
 
 		 435 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.54 
 
 		 453 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.51 
 
 		 627 aa  319  6e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.3 
 
 		 627 aa  319  7e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.01 
 
 		 449 aa  317  2e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.48 
 
 		 454 aa  317  3e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.53 
 
 		 634 aa  315  8e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  42.39 
 
 		 608 aa  312  5.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.03 
 
 		 632 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.54 
 
 		 430 aa  311  2e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.53 
 
 		 441 aa  311  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.35 
 
 		 453 aa  309  5.9999999999999995e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.73 
 
 		 556 aa  307  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  43.31 
 
 		 552 aa  307  3e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  41.5 
 
 		 537 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.5 
 
 		 542 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  42.42 
 
 		 472 aa  306  6e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1082  ATP-dependent DEAD/DEAH box RNA-helicase  43.31 
 
 		 567 aa  304  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  40.8 
 
 		 452 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.15 
 
 		 512 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  41.52 
 
 		 516 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  41.65 
 
 		 516 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.15 
 
 		 512 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.65 
 
 		 516 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.4 
 
 		 514 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.3 
 
 		 441 aa  302  7.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.48 
 
 		 450 aa  301  1e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.65 
 
 		 505 aa  301  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  41.71 
 
 		 439 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.5 
 
 		 440 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4039  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.5 
 
 		 453 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541201 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.5 
 
 		 453 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.512002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.82 
 
 		 613 aa  301  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.36 
 
 		 452 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0141763  normal  0.273496 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.65 
 
 		 482 aa  299  8e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  40.65 
 
 		 516 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.65 
 
 		 516 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  40.65 
 
 		 516 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  40.65 
 
 		 529 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  40.65 
 
 		 514 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  40.65 
 
 		 516 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.37 
 
 		 456 aa  298  1e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  40.65 
 
 		 513 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1437  DEAD/DEAH box helicase-like  41.35 
 
 		 446 aa  297  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  40.91 
 
 		 533 aa  296  4e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.95 
 
 		 441 aa  296  5e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.18 
 
 		 441 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.18 
 
 		 441 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1661  putative ATP-dependent RNA helicase  43.6 
 
 		 441 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19290  putative ATP-dependent RNA helicase  43.34 
 
 		 446 aa  295  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2794  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.03 
 
 		 446 aa  292  9e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.88 
 
 		 419 aa  291  1e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.8 
 
 		 406 aa  290  3e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.6 
 
 		 516 aa  290  4e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.8 
 
 		 408 aa  289  8e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.15 
 
 		 453 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.04 
 
 		 441 aa  288  1e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.05 
 
 		 411 aa  288  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1306  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.56 
 
 		 441 aa  288  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.417746 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.15 
 
 		 445 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.1 
 
 		 419 aa  288  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.73 
 
 		 411 aa  287  2e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.1 
 
 		 419 aa  288  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.1 
 
 		 419 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.73 
 
 		 441 aa  287  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.11 
 
 		 408 aa  286  4e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.6 
 
 		 419 aa  286  4e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.1 
 
 		 419 aa  286  4e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.26 
 
 		 441 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.36 
 
 		 420 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.36 
 
 		 420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.1 
 
 		 419 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.36 
 
 		 420 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.05 
 
 		 533 aa  281  2e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.19 
 
 		 416 aa  280  4e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>