More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1378 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  99.77 
 
 		 440 aa  893    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  93.6 
 
 		 452 aa  848    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0141763  normal  0.273496 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1306  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  76.68 
 
 		 441 aa  645    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.417746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.22 
 
 		 453 aa  702    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  78.03 
 
 		 445 aa  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1437  DEAD/DEAH box helicase-like  79.46 
 
 		 446 aa  708    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4039  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  97.35 
 
 		 453 aa  863    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541201 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  76.14 
 
 		 439 aa  665    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 453 aa  922    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.512002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19290  putative ATP-dependent RNA helicase  70.2 
 
 		 446 aa  586  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1661  putative ATP-dependent RNA helicase  69.91 
 
 		 441 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3711  putative ATP-dependent RNA helicase  48.97 
 
 		 436 aa  376  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0132588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  42.01 
 
 		 452 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.71 
 
 		 450 aa  317  4e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.11 
 
 		 449 aa  316  6e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2445  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.29 
 
 		 451 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.959093  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1417  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.6 
 
 		 468 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0306268  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.59 
 
 		 453 aa  312  9e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.77 
 
 		 449 aa  310  2e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.77 
 
 		 449 aa  311  2e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.09 
 
 		 451 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.09 
 
 		 451 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.87 
 
 		 451 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.89 
 
 		 441 aa  309  8e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.89 
 
 		 441 aa  309  8e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.87 
 
 		 451 aa  309  8e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.01 
 
 		 447 aa  308  9e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.65 
 
 		 441 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2606  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.51 
 
 		 449 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.581519  hitchhiker  0.0000000487661 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1273  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.78 
 
 		 456 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163925 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39 
 
 		 449 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001255  ATP-dependent RNA helicase  40.18 
 
 		 443 aa  306  5.0000000000000004e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.62 
 
 		 430 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.38 
 
 		 422 aa  304  2.0000000000000002e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.24 
 
 		 454 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.77 
 
 		 441 aa  303  5.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.29 
 
 		 447 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.33 
 
 		 417 aa  301  2e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  41.8 
 
 		 540 aa  300  5e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2624  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.04 
 
 		 448 aa  299  8e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.394652  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3215  putative ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.37 
 
 		 448 aa  298  1e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.72 
 
 		 484 aa  298  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.69 
 
 		 565 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.69 
 
 		 560 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.27 
 
 		 460 aa  298  2e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000327397 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.32 
 
 		 423 aa  297  3e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.06 
 
 		 441 aa  297  3e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  43.67 
 
 		 447 aa  297  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1148  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.7 
 
 		 489 aa  296  4e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.39 
 
 		 511 aa  296  5e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  39.62 
 
 		 466 aa  295  8e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1053  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.49 
 
 		 484 aa  295  8e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.89 
 
 		 418 aa  295  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.89 
 
 		 418 aa  295  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  39.8 
 
 		 418 aa  295  1e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.4 
 
 		 441 aa  295  1e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.19 
 
 		 493 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.35 
 
 		 411 aa  293  3e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  43.35 
 
 		 420 aa  293  3e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05125  ATP-dependent RNA helicase  40.64 
 
 		 447 aa  293  4e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0076  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.3 
 
 		 452 aa  293  4e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000113664  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0042  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.82 
 
 		 420 aa  293  6e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.29 
 
 		 412 aa  292  6e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.4 
 
 		 487 aa  293  6e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.4 
 
 		 453 aa  292  7e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  42.51 
 
 		 491 aa  292  7e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  43.13 
 
 		 449 aa  292  7e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  37.59 
 
 		 435 aa  291  1e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  42.74 
 
 		 527 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.64 
 
 		 482 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.15 
 
 		 449 aa  291  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.55 
 
 		 416 aa  291  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.65 
 
 		 441 aa  291  2e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.16 
 
 		 456 aa  291  2e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.96 
 
 		 540 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.19 
 
 		 493 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.9 
 
 		 450 aa  290  4e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.94 
 
 		 482 aa  289  6e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  41.94 
 
 		 482 aa  289  6e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.94 
 
 		 482 aa  289  6e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  41.94 
 
 		 482 aa  289  6e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  41.94 
 
 		 559 aa  289  6e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  41.94 
 
 		 482 aa  289  6e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  41.94 
 
 		 481 aa  289  6e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.4 
 
 		 520 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.76 
 
 		 403 aa  289  7e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000744604 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  42.4 
 
 		 520 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.4 
 
 		 520 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2211  ATP-dependent RNA helicase protein  41.19 
 
 		 495 aa  289  8e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.44 
 
 		 436 aa  288  1e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.67 
 
 		 571 aa  288  1e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.29 
 
 		 413 aa  287  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.47 
 
 		 425 aa  287  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.64 
 
 		 506 aa  288  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.4 
 
 		 509 aa  288  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  38.78 
 
 		 557 aa  287  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2582  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.06 
 
 		 556 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1594  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.47 
 
 		 465 aa  288  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.509668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.82 
 
 		 511 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.22 
 
 		 515 aa  288  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>