More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01939 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01939  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  100 
 
 
441 aa  911    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0271466  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1618  DEAD/DEAH box helicase-like  55.18 
 
 
447 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.11 
 
 
449 aa  436  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.22 
 
 
449 aa  436  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.44 
 
 
451 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.44 
 
 
451 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.22 
 
 
451 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.22 
 
 
451 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001255  ATP-dependent RNA helicase  49.54 
 
 
443 aa  432  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2445  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.55 
 
 
451 aa  434  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.959093  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.65 
 
 
460 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000327397 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.77 
 
 
447 aa  422  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05125  ATP-dependent RNA helicase  50 
 
 
447 aa  420  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1417  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.21 
 
 
468 aa  421  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0306268  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1273  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.72 
 
 
456 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00163925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.22 
 
 
449 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.22 
 
 
449 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2606  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.65 
 
 
449 aa  414  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.581519  hitchhiker  0.0000000487661 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0657  ATP-dependent RNA helicase  48.31 
 
 
450 aa  411  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3215  putative ATP-dependent RNA helicase SrmB  48.64 
 
 
448 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0076  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.87 
 
 
452 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000113664  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2624  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.44 
 
 
448 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.394652  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0882  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  46.49 
 
 
439 aa  398  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.18261  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1594  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.05 
 
 
465 aa  395  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.509668  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1698  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.77 
 
 
448 aa  389  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00759671  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.31 
 
 
441 aa  282  9e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.93 
 
 
430 aa  272  1e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.66 
 
 
453 aa  270  5e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  37.65 
 
 
533 aa  267  2e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  38.7 
 
 
435 aa  265  8.999999999999999e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.72 
 
 
454 aa  265  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.6 
 
 
449 aa  263  3e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1437  DEAD/DEAH box helicase-like  35.75 
 
 
446 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.08 
 
 
453 aa  262  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  34.24 
 
 
440 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.24 
 
 
453 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.512002  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.19 
 
 
634 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19290  putative ATP-dependent RNA helicase  37.41 
 
 
446 aa  259  9e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  35.67 
 
 
445 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.57 
 
 
632 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4039  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.92 
 
 
453 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.541201 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  35.44 
 
 
453 aa  256  7e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.2 
 
 
627 aa  255  9e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.2 
 
 
627 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1661  putative ATP-dependent RNA helicase  38.5 
 
 
441 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.66 
 
 
452 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0141763  normal  0.273496 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1306  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.62 
 
 
441 aa  253  6e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.417746 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  35.6 
 
 
439 aa  253  7e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  38.26 
 
 
608 aa  250  3e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.91 
 
 
516 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  36.91 
 
 
516 aa  250  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  36.5 
 
 
452 aa  250  3e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  36.91 
 
 
516 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1082  ATP-dependent DEAD/DEAH box RNA-helicase  37.31 
 
 
567 aa  249  6e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.66 
 
 
514 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.41 
 
 
512 aa  249  7e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.04 
 
 
512 aa  249  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.66 
 
 
505 aa  249  9e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.44 
 
 
542 aa  247  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.29 
 
 
502 aa  247  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  36.66 
 
 
482 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  35.11 
 
 
441 aa  246  8e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  38.19 
 
 
472 aa  246  8e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  35.11 
 
 
441 aa  246  8e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  36.66 
 
 
516 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  36.66 
 
 
516 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  36.66 
 
 
516 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  36.66 
 
 
516 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  36.66 
 
 
514 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  36.66 
 
 
513 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  35.32 
 
 
441 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  36.66 
 
 
529 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.12 
 
 
556 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  36.48 
 
 
456 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  37.19 
 
 
537 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  36.27 
 
 
552 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  37.11 
 
 
412 aa  244  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  34.59 
 
 
450 aa  242  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.3 
 
 
438 aa  241  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3711  putative ATP-dependent RNA helicase  35.28 
 
 
436 aa  241  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0132588  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0659  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.2 
 
 
500 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.94 
 
 
482 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.174751 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  36.24 
 
 
450 aa  240  4e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  35.27 
 
 
441 aa  240  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  36.36 
 
 
419 aa  238  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.33 
 
 
408 aa  238  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  37.3 
 
 
411 aa  238  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.17 
 
 
487 aa  238  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1516  DEAD/DEAH box helicase-like  36.36 
 
 
492 aa  238  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.82 
 
 
441 aa  237  3e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  36.39 
 
 
408 aa  236  4e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  36.03 
 
 
408 aa  236  6e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.99 
 
 
509 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  34.61 
 
 
441 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  36.49 
 
 
411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  32.88 
 
 
495 aa  234  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.29 
 
 
516 aa  234  3e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.71 
 
 
511 aa  234  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  34.1 
 
 
441 aa  234  3e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2746  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.31 
 
 
678 aa  233  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633229  normal  0.123801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>