More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1883 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1883  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
401 aa  816    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632816  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.6 
 
 
613 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.07 
 
 
441 aa  341  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.7 
 
 
411 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.5 
 
 
408 aa  336  5e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  44.53 
 
 
452 aa  336  5e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.28 
 
 
450 aa  333  4e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  47.11 
 
 
408 aa  332  9e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.72 
 
 
419 aa  330  3e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.2 
 
 
408 aa  330  3e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.41 
 
 
441 aa  330  4e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.41 
 
 
441 aa  329  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.7 
 
 
456 aa  329  4e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.41 
 
 
441 aa  329  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  44.88 
 
 
411 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.72 
 
 
419 aa  328  8e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.46 
 
 
419 aa  328  9e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.46 
 
 
419 aa  328  9e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.46 
 
 
419 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.98 
 
 
420 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.98 
 
 
420 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.98 
 
 
420 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.72 
 
 
419 aa  327  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.29 
 
 
417 aa  325  1e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.18 
 
 
406 aa  324  1e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.62 
 
 
423 aa  325  1e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.67 
 
 
419 aa  324  2e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.41 
 
 
412 aa  324  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  43.15 
 
 
435 aa  323  4e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.09 
 
 
441 aa  322  9.000000000000001e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  44.84 
 
 
441 aa  321  9.999999999999999e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.81 
 
 
450 aa  321  9.999999999999999e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2794  ATP-dependent RNA helicase SrmB  44.58 
 
 
446 aa  317  3e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.93 
 
 
454 aa  316  4e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.64 
 
 
453 aa  315  8e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00952  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.07 
 
 
407 aa  313  2.9999999999999996e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  44.91 
 
 
416 aa  313  3.9999999999999997e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2855  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.84 
 
 
444 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0723995  normal  0.849039 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2858  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.84 
 
 
444 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.197769 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2753  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.84 
 
 
444 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.902304  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2837  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.84 
 
 
444 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2971  ATP-dependent RNA helicase SrmB  45.84 
 
 
444 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  46.07 
 
 
407 aa  311  2e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  45.55 
 
 
472 aa  308  8e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1295  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.03 
 
 
441 aa  307  2.0000000000000002e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.97 
 
 
430 aa  306  6e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.46 
 
 
581 aa  305  7e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.67 
 
 
453 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.67 
 
 
449 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  43.33 
 
 
453 aa  304  2.0000000000000002e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.68 
 
 
441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.6 
 
 
411 aa  303  5.000000000000001e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  43.6 
 
 
420 aa  303  5.000000000000001e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  43.86 
 
 
398 aa  302  7.000000000000001e-81  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.71 
 
 
634 aa  302  8.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  43.98 
 
 
510 aa  302  9e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.71 
 
 
632 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2582  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.19 
 
 
556 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.81 
 
 
627 aa  300  3e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.81 
 
 
627 aa  300  3e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2944  ATP-dependent RNA helicase SrmB  44.27 
 
 
444 aa  300  4e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1092  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.27 
 
 
444 aa  299  5e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.424436  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.82 
 
 
578 aa  299  5e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2863  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.96 
 
 
444 aa  299  5e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202971  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.82 
 
 
577 aa  299  5e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02470  ATP-dependent RNA helicase  44.27 
 
 
444 aa  299  7e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2729  ATP-dependent RNA helicase SrmB  44.27 
 
 
444 aa  299  7e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0618192  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2732  ATP-dependent RNA helicase SrmB  44.27 
 
 
444 aa  299  7e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.500334  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02434  hypothetical protein  44.27 
 
 
444 aa  299  7e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1101  ATP-dependent RNA helicase SrmB  44.27 
 
 
444 aa  299  7e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.077358  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3813  ATP-dependent RNA helicase SrmB  44.27 
 
 
444 aa  299  7e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152384  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.15 
 
 
443 aa  298  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0899  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  43.12 
 
 
537 aa  297  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.97 
 
 
471 aa  295  1e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  40 
 
 
608 aa  294  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.22 
 
 
599 aa  294  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  43.23 
 
 
439 aa  293  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.93 
 
 
598 aa  293  4e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.89 
 
 
426 aa  293  4e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  42.93 
 
 
574 aa  292  6e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.64 
 
 
456 aa  292  6e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.89 
 
 
476 aa  291  2e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.89 
 
 
418 aa  291  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.25 
 
 
505 aa  290  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.49 
 
 
565 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0924  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.69 
 
 
403 aa  290  4e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.2 
 
 
441 aa  290  4e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  42.49 
 
 
540 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.9 
 
 
413 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  41.78 
 
 
453 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  41.16 
 
 
533 aa  289  6e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  40 
 
 
516 aa  289  6e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.9 
 
 
512 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40 
 
 
516 aa  289  6e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40 
 
 
512 aa  289  7e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40 
 
 
514 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3310  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.84 
 
 
507 aa  289  7e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  41.53 
 
 
445 aa  288  8e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.97 
 
 
439 aa  288  9e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  40.85 
 
 
495 aa  288  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>