More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0191 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  84.39 
 
 
407 aa  678    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00952  ATP-dependent RNA helicase SrmB  84.39 
 
 
407 aa  676    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  100 
 
 
423 aa  860    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  76.86 
 
 
416 aa  637    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.1 
 
 
441 aa  500  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.6 
 
 
441 aa  496  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2837  ATP-dependent RNA helicase SrmB  62.53 
 
 
444 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2855  ATP-dependent RNA helicase SrmB  62.53 
 
 
444 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0723995  normal  0.849039 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.6 
 
 
441 aa  496  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2753  ATP-dependent RNA helicase SrmB  62.53 
 
 
444 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.902304  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2858  ATP-dependent RNA helicase SrmB  62.53 
 
 
444 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.197769 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  59.49 
 
 
441 aa  496  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2971  ATP-dependent RNA helicase SrmB  62.53 
 
 
444 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.6 
 
 
441 aa  497  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.73 
 
 
441 aa  492  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2794  ATP-dependent RNA helicase SrmB  60.56 
 
 
446 aa  485  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  57.01 
 
 
453 aa  488  1e-136  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  62.5 
 
 
450 aa  487  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02470  ATP-dependent RNA helicase  63.29 
 
 
444 aa  482  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1092  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.04 
 
 
444 aa  482  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.424436  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2732  ATP-dependent RNA helicase SrmB  63.29 
 
 
444 aa  482  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.500334  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2729  ATP-dependent RNA helicase SrmB  63.29 
 
 
444 aa  482  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0618192  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3813  ATP-dependent RNA helicase SrmB  63.29 
 
 
444 aa  482  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152384  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1101  ATP-dependent RNA helicase SrmB  63.29 
 
 
444 aa  482  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.077358  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2863  ATP-dependent RNA helicase SrmB  61.61 
 
 
444 aa  483  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202971  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02434  hypothetical protein  63.29 
 
 
444 aa  482  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2944  ATP-dependent RNA helicase SrmB  63.04 
 
 
444 aa  481  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  61.48 
 
 
408 aa  480  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1295  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57 
 
 
441 aa  472  1e-132  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.56 
 
 
417 aa  471  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.72 
 
 
412 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.87 
 
 
406 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  58.48 
 
 
408 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3063  ATP-dependent RNA helicase SrmB  60.9 
 
 
442 aa  449  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.124776  decreased coverage  0.0000384662 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.11 
 
 
613 aa  451  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.37 
 
 
419 aa  448  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.84 
 
 
420 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.18 
 
 
408 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.84 
 
 
420 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.84 
 
 
420 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.37 
 
 
419 aa  444  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.84 
 
 
419 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.37 
 
 
419 aa  443  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.58 
 
 
419 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.58 
 
 
419 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.88 
 
 
411 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.58 
 
 
419 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.74 
 
 
411 aa  427  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.11 
 
 
450 aa  330  4e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  42.28 
 
 
452 aa  329  6e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.03 
 
 
456 aa  325  1e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1883  DEAD/DEAH box helicase-like  45.5 
 
 
401 aa  324  2e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632816  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.93 
 
 
430 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.71 
 
 
453 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.49 
 
 
454 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.31 
 
 
449 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.61 
 
 
632 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  42.75 
 
 
472 aa  309  5e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.12 
 
 
453 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.78 
 
 
634 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.48 
 
 
512 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  42.69 
 
 
440 aa  306  6e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.59 
 
 
453 aa  305  7e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.512002  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  41.4 
 
 
516 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.4 
 
 
516 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.45 
 
 
452 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0141763  normal  0.273496 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.65 
 
 
512 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.98 
 
 
482 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.22 
 
 
505 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.15 
 
 
514 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  43.92 
 
 
435 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  40.69 
 
 
537 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  41.73 
 
 
516 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  41.73 
 
 
514 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.73 
 
 
516 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  41.73 
 
 
516 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  41.73 
 
 
516 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  41.73 
 
 
513 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  41.73 
 
 
529 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.47 
 
 
453 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.56 
 
 
445 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  41.15 
 
 
516 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4039  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.45 
 
 
453 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.541201 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.45 
 
 
542 aa  301  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  39.15 
 
 
533 aa  300  3e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  42.41 
 
 
439 aa  300  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.43 
 
 
449 aa  300  4e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.49 
 
 
556 aa  300  5e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1437  DEAD/DEAH box helicase-like  40.84 
 
 
446 aa  299  6e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.86 
 
 
441 aa  299  7e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.3 
 
 
627 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.3 
 
 
627 aa  298  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3215  putative ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.99 
 
 
448 aa  295  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1082  ATP-dependent DEAD/DEAH box RNA-helicase  42.67 
 
 
567 aa  293  4e-78  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.79 
 
 
417 aa  293  4e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.24 
 
 
449 aa  293  5e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  42.93 
 
 
552 aa  293  5e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  40.1 
 
 
608 aa  292  8e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.76 
 
 
447 aa  291  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1324  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.76 
 
 
498 aa  287  2.9999999999999996e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.695587  normal  0.349427 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>