More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1022 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1383  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  83.45 
 
 		 433 aa  757    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0808  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.44 
 
 		 432 aa  635    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1195  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  82.99 
 
 		 433 aa  754    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1279  DEAD/DEAH box helicase domain protein  83.45 
 
 		 433 aa  758    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0871578 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  88.45 
 
 		 432 aa  792    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.627345 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2988  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  83.45 
 
 		 433 aa  753    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3241  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  83.45 
 
 		 433 aa  758    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0886  DEAD/DEAH box helicase-like protein  81.84 
 
 		 433 aa  734    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0950  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  86.37 
 
 		 432 aa  782    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1022  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 435 aa  889    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0284952 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  82.99 
 
 		 433 aa  752    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2892  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  83.45 
 
 		 433 aa  754    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  83.45 
 
 		 433 aa  758    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3068  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  82.53 
 
 		 433 aa  749    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546349  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0919  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  84.6 
 
 		 432 aa  770    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3098  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  83.45 
 
 		 433 aa  758    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.872049  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1312  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  56.42 
 
 		 434 aa  507  9.999999999999999e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.539045  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001506  ATP-dependent RNA helicase  56.72 
 
 		 430 aa  490  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000291883  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05443  ATP-dependent RNA helicase  54.55 
 
 		 430 aa  490  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1590  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.4 
 
 		 455 aa  470  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1807  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  54.1 
 
 		 433 aa  466  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.527975  normal  0.043326 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2330  DEAD/DEAH box helicase-like  56.92 
 
 		 426 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  55.7 
 
 		 454 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.7 
 
 		 454 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.7 
 
 		 455 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  55.7 
 
 		 454 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.7 
 
 		 454 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.44 
 
 		 454 aa  438  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.7 
 
 		 454 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.7 
 
 		 454 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.7 
 
 		 454 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.44 
 
 		 453 aa  438  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.44 
 
 		 453 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.44 
 
 		 453 aa  438  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.91 
 
 		 452 aa  436  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.76 
 
 		 462 aa  435  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.44 
 
 		 453 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  55.44 
 
 		 453 aa  438  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.38 
 
 		 455 aa  428  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  53.97 
 
 		 418 aa  426  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3005  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.32 
 
 		 445 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.20592  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  51.83 
 
 		 420 aa  424  1e-117  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.52 
 
 		 418 aa  421  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.72 
 
 		 471 aa  422  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  51.83 
 
 		 411 aa  425  1e-117  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.17 
 
 		 456 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.52 
 
 		 418 aa  421  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.17 
 
 		 480 aa  420  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.2 
 
 		 438 aa  420  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  50.59 
 
 		 426 aa  419  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.33 
 
 		 477 aa  418  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.62 
 
 		 492 aa  419  1e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1501  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.39 
 
 		 456 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  52.38 
 
 		 485 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.38 
 
 		 485 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.38 
 
 		 486 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  52.38 
 
 		 485 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  52.38 
 
 		 485 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.38 
 
 		 486 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  52.65 
 
 		 484 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.09 
 
 		 476 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.38 
 
 		 482 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1337  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.26 
 
 		 472 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.99 
 
 		 443 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50.12 
 
 		 540 aa  417  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  52.38 
 
 		 486 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.89 
 
 		 436 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.65 
 
 		 479 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.65 
 
 		 480 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  52.38 
 
 		 485 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  51.83 
 
 		 540 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0042  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.48 
 
 		 420 aa  415  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1327  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.74 
 
 		 472 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.66 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  50.36 
 
 		 425 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.71 
 
 		 488 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  51.86 
 
 		 398 aa  414  1e-114  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.23 
 
 		 436 aa  414  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2928  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.03 
 
 		 487 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.09 
 
 		 565 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  51.98 
 
 		 543 aa  412  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2576  DEAD/DEAH box helicase-like protein  53.02 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3021  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.74 
 
 		 472 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1363  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.74 
 
 		 472 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3506  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.35 
 
 		 428 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2752  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.56 
 
 		 461 aa  413  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.25 
 
 		 522 aa  414  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2830  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.56 
 
 		 461 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  53.01 
 
 		 473 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  51.59 
 
 		 506 aa  411  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.98 
 
 		 515 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.16 
 
 		 418 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.09 
 
 		 560 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000199  ATP-dependent RNA helicase  52.94 
 
 		 419 aa  410  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00545239  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1254  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.09 
 
 		 481 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.66 
 
 		 491 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  50.4 
 
 		 579 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 		 571 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.86 
 
 		 426 aa  403  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1101  DEAD/DEAH box helicase  52.22 
 
 		 460 aa  403  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.173172  normal  0.740894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>