More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2478 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
249 aa  502  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  47.89 
 
 
236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0740  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.28 
 
 
255 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  39.91 
 
 
241 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1012  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.99 
 
 
241 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.88102  normal  0.736744 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3191  transcriptional regulator Dnr  36.84 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  35.07 
 
 
235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2636  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
234 aa  113  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 
227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
227 aa  106  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.34 
 
 
229 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  34.34 
 
 
230 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.34 
 
 
229 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2752  cyclic nucleotide-binding protein  34.34 
 
 
230 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.339389  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.34 
 
 
230 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.34 
 
 
230 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  34.34 
 
 
229 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
246 aa  105  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
229 aa  105  7e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.59 
 
 
227 aa  105  8e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.84 
 
 
229 aa  104  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5024  cyclic nucleotide-binding protein  32.39 
 
 
221 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923745  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 
243 aa  103  4e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
231 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
224 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06870  transcriptional regulator Dnr  34.2 
 
 
227 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0628  transcriptional regulator Dnr  34.2 
 
 
227 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
230 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.34 
 
 
222 aa  99.4  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.34 
 
 
222 aa  99.4  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
232 aa  99.4  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1454  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
252 aa  99  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.42 
 
 
236 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
223 aa  96.7  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3331  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
258 aa  97.1  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.59 
 
 
229 aa  96.3  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
241 aa  95.1  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
232 aa  94.4  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.16 
 
 
234 aa  94.4  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
237 aa  93.6  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
229 aa  93.2  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4954  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.56 
 
 
223 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00163752  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
241 aa  92.8  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  30.95 
 
 
245 aa  92  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2709  transcriptional activator FtrB  27.4 
 
 
232 aa  92  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0829617 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
231 aa  90.9  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
234 aa  90.5  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1709  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.15 
 
 
254 aa  90.9  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0525745  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1904  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
254 aa  90.9  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0603838  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.51 
 
 
253 aa  90.9  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
254 aa  89.4  5e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
248 aa  89.4  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.1 
 
 
229 aa  89  6e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2685  cAMP-binding protein  28.57 
 
 
272 aa  89  7e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.24 
 
 
225 aa  88.6  9e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.23 
 
 
229 aa  87.8  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
254 aa  87.8  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.49 
 
 
227 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.306356 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
238 aa  87.8  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.65 
 
 
227 aa  86.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.11 
 
 
226 aa  86.7  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2635  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
252 aa  86.3  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.545323  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2376  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.56 
 
 
226 aa  86.3  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.253524 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.46 
 
 
229 aa  86.3  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5927  cyclic nucleotide-binding protein  30.21 
 
 
226 aa  85.5  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.514964 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
228 aa  85.5  8e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3081  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
249 aa  85.1  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0390484  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0301  transcriptional activator FtrB  28.37 
 
 
236 aa  84  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.025844  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0277  transcriptional activator FtrB  28.37 
 
 
236 aa  84  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3444  cyclic nucleotide-binding  26.76 
 
 
250 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.17 
 
 
236 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2132  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
293 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.263338  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.94 
 
 
222 aa  82.4  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4014  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.03 
 
 
233 aa  82  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2889  transcriptional activator FtrB  27.31 
 
 
239 aa  82  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3861  transcriptional activator FtrB  29.44 
 
 
256 aa  81.6  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
249 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.83 
 
 
226 aa  80.1  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.16 
 
 
215 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.96 
 
 
257 aa  80.1  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
234 aa  80.1  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.64 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
219 aa  79.7  0.00000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000181532  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  28.57 
 
 
223 aa  79.7  0.00000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4238  transcriptional activator FtrB  27.62 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  29.63 
 
 
215 aa  79  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.4 
 
 
223 aa  79.3  0.00000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
261 aa  79  0.00000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  29.63 
 
 
215 aa  78.6  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 
227 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.25 
 
 
224 aa  77  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
226 aa  76.3  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
232 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.23 
 
 
225 aa  75.9  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.12 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  31.07 
 
 
254 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>