More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2714 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  100 
 
 		 280 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  50.58 
 
 		 270 aa  248  7e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  49.81 
 
 		 276 aa  244  9.999999999999999e-64  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  50.21 
 
 		 281 aa  214  9e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  48.21 
 
 		 276 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  36.15 
 
 		 269 aa  163  3e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 259 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 267 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.69 
 
 		 245 aa  130  3e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.22 
 
 		 244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 		 258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.22 
 
 		 246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.1 
 
 		 245 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  35.2 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  36.18 
 
 		 259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 248 aa  118  7.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  33.99 
 
 		 261 aa  118  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  33.99 
 
 		 261 aa  118  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  36.1 
 
 		 271 aa  117  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 246 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  36.96 
 
 		 286 aa  115  5e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 262 aa  116  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.51 
 
 		 270 aa  116  5e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 271 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.07 
 
 		 272 aa  115  6.9999999999999995e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.06 
 
 		 245 aa  114  3e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 269 aa  114  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 		 247 aa  113  3e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 274 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.43 
 
 		 278 aa  112  5e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  37.82 
 
 		 233 aa  112  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 		 264 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  32.78 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 252 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  29.39 
 
 		 247 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  34.1 
 
 		 252 aa  112  9e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 		 250 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  29.39 
 
 		 252 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  35.93 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  28.98 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  35.93 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 		 267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 		 267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  34.71 
 
 		 262 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  34.58 
 
 		 250 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28572  predicted protein  33.09 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0301527  hitchhiker  0.000000212396 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  28.57 
 
 		 252 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  34.92 
 
 		 265 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  31.87 
 
 		 264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 288 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  34.66 
 
 		 289 aa  109  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 247 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  34.93 
 
 		 285 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  30.42 
 
 		 246 aa  109  5e-23  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  35.93 
 
 		 287 aa  109  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 243 aa  109  6e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  34.67 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 243 aa  108  7.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  34.06 
 
 		 285 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 		 259 aa  108  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  29.73 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  33.06 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.1 
 
 		 270 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  33.06 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  29.53 
 
 		 248 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  36.96 
 
 		 346 aa  107  2e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  29.73 
 
 		 262 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  34.26 
 
 		 263 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0744  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  29.13 
 
 		 248 aa  107  3e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  33.84 
 
 		 267 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 261 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  35.15 
 
 		 252 aa  106  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 267 aa  105  6e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 		 264 aa  105  6e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  34.22 
 
 		 270 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 275 aa  105  8e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>